LXL04_013002 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013002

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 22152837-22162989 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5418 bp · LXL04_013002|LXL04_013002|OH1004|cDNA

ATGGGATCTTTGACGAGCGAAGAGGAACTAGAGGTGATCGGAGAAGTGTCAAAGGATGCTATTTTGTATGTTAATGGAGTCCGTAAAGTGCTCCCTGATGGTCTGGCTCACTTAACTCTACTCGAGTATCTCAGAGATATAGGTTTGACAGGAACAAAACTAGGATGTGGGGAAGGAGGTTGTGGGGCATGTACTGTAATGGTTTCATACTTGGATCCAAATTCAAAAAAATGCGTCCACCAGGCAATGAATGCTTGCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

5418 bp · LXL04_013002|LXL04_013002|OH1004|CDS

ATGGGATCTTTGACGAGCGAAGAGGAACTAGAGGTGATCGGAGAAGTGTCAAAGGATGCTATTTTGTATGTTAATGGAGTCCGTAAAGTGCTCCCTGATGGTCTGGCTCACTTAACTCTACTCGAGTATCTCAGAGATATAGGTTTGACAGGAACAAAACTAGGATGTGGGGAAGGAGGTTGTGGGGCATGTACTGTAATGGTTTCATACTTGGATCCAAATTCAAAAAAATGCGTCCACCAGGCAATGAATGCTTGCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1805 aa · LXL04_013002|LXL04_013002|OH1004|PROTEIN

MGSLTSEEELEVIGEVSKDAILYVNGVRKVLPDGLAHLTLLEYLRDIGLTGTKLGCGEGGCGACTVMVSYLDPNSKKCVHQAMNACLAPLYSVEGMQVITVEGLGNRKFGLHPVQETLARNHGSQCGFCTPGFIMSMYALLRSSKTPPTEEQIEESLAGNLCRCTGYRPILDAFRVFSKTNDLLYTNNSVSVSSLKDGDFVCPSTGKPCSCGSKTVQKDNICHDYKPVSYNEIDGSSYTNKEIIFPPQLLMRKPSYLSLN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013002`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013002

位置 Chr03:22152837-22162989 (-)

描述 Similar to XDH1: Xanthine dehydrogenase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g34890`	参与嘌呤分解代谢的关键酶。	Tandem orientation of duplicated xanthine dehydrogenase genes from Arabidopsis thaliana: differential gene expression and enzyme activities.2004 · DOI: 10.1074/jbc.m312929200 The plant Mo-hydroxylases aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase have distinct reactive oxygen species signatures and are induced by drought and abscisic acid.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02422.x The RNAi-mediated silencing of xanthine dehydrogenase impairs growth and fertility and accelerates leaf senescence in transgenic Arabidopsis plants.2007 · DOI: 10.1093/pcp/pcm119 A critical role for ureides in dark and senescence-induced purine remobilization is unmasked in the Atxdh1 Arabidopsis mutant.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03440.x Xanthine dehydrogenase AtXDH1 from Arabidopsis thaliana is a potent producer of superoxide anions via its NADH oxidase activity.2010 · DOI: 10.1007/s11103-009-9570-2
`At4g34900`	参与嘌呤分解代谢的关键酶。	The RNAi-mediated silencing of xanthine dehydrogenase impairs growth and fertility and accelerates leaf senescence in transgenic Arabidopsis plants.2007 · DOI: 10.1093/pcp/pcm119

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0429800`	参与嘌呤分解代谢的关键酶。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013002 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000302 response to reactive oxygen species 生物过程

GO:0006145 purine nucleobase catabolic process 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0042554 superoxide anion generation 生物过程

GO:0046110 xanthine metabolic process 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0004854 xanthine dehydrogenase activity 分子功能

GO:0005506 iron ion binding 分子功能

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

GO:0051537 2 iron, 2 sulfur cluster binding 分子功能

GO:0071949 FAD binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G34890

ath:AT4G34900

dosa:Os03g0429800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.594

排名 1 · LXL04_013002 · OH-1004

细胞核0.185

排名 2 · LXL04_013002 · OH-1004

线粒体0.141

排名 3 · LXL04_013002 · OH-1004

过氧化物酶体0.099

排名 4 · LXL04_013002 · OH-1004

内质网0.097

排名 5 · LXL04_013002 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00111.33Fer237-88 aa

PF01799.26Fer2_2100-174 aa

PF00941.28FAD_binding_5265-442 aa

PF03450.23CO_deh_flav_C451-556 aa

PF01315.28Ald_Xan_dh_C615-722 aa

PF02738.24MoCoBD_1744-980 aa

PF20256.4MoCoBD_21005-1277 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013002	`PF00111.33`	Fer2	37	88	3.4e-07	30.8
LXL04_013002	`PF01799.26`	Fer2_2	100	174	3.6e-32	111.0
LXL04_013002	`PF00941.28`	FAD_binding_5	265	442	4e-47	160.9
LXL04_013002	`PF03450.23`	CO_deh_flav_C	451	556	7.8e-28	97.3
LXL04_013002	`PF01315.28`	Ald_Xan_dh_C	615	722	3.2e-31	108.6
LXL04_013002	`PF02738.24`	MoCoBD_1	744	980	7.2e-85	284.7
LXL04_013002	`PF20256.4`	MoCoBD_2	1005	1277	9.5e-90	301.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GUQ8`	拟南芥	Xanthine dehydrogenase 1	73.080%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4JLI5`	拟南芥	Xanthine dehydrogenase 2	72.053%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6AUV1`	水稻	Xanthine dehydrogenase	69.259%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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