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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_012951
当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 21465670-21468684 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3015 bp · LXL04_012951|LXL04_012951|OH1004|cDNA

ATGAAATTATTGTTCAATTTCCGAGCAGTATACTCGAGTGCTAATCTTTTGCCCGTCCATCTGAAGAATCTACAGTCTTCTAGTTTTTCAATCATCACTCGAAGAAACCCAAATCGAAAGAACACTGAAGAAGTCTCTACGAATAttggaaaagaaaagaaagattTCGCTGATCTTTTCGAGGAAATCACCCAGATTTTAGGAACCCATAATTTCAATGCGGATACCACCAATGAAGGAATCCCGTTTCCAACAATGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

3015 bp · LXL04_012951|LXL04_012951|OH1004|CDS

ATGAAATTATTGTTCAATTTCCGAGCAGTATACTCGAGTGCTAATCTTTTGCCCGTCCATCTGAAGAATCTACAGTCTTCTAGTTTTTCAATCATCACTCGAAGAAACCCAAATCGAAAGAACACTGAAGAAGTCTCTACGAATATTGGAAAAGAAAAGAAAGATTTCGCTGATCTTTTCGAGGAAATCACCCAGATTTTAGGAACCCATAATTTCAATGCGGATACCACCAATGAAGGAATCCCGTTTCCAACAATGAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1004 aa · LXL04_012951|LXL04_012951|OH1004|PROTEIN

MKLLFNFRAVYSSANLLPVHLKNLQSSSFSIITRRNPNRKNTEEVSTNIGKEKKDFADLFEEITQILGTHNFNADTTNEGIPFPTMNTMNEKAGDSSDCTEAVCENAYMSRELMAEKDVSPIVHKVTQILRGEEAEVSIEEQLEYIDVKFDSEVVDKVLKRCFKVPDLALRFFNWIKDKHQSSITTATYNTMIYILGESKKLNMVEDLLKEMEKNSYNKDIKTWTILISQYGKSNAVGKVLLLFEDIKKAGFEPDLALYK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_012951
TK1151 IDTkA02G527090
OH-1004 IDLXL04_012951
关系 / 置信度序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 19.124
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_012951
位置Chr03:21465670-21468684 (+)
描述Similar to At5g06400: Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g06400, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g06400 推测含五重复肽的蛋白 At5g06400，线粒体。 暂无已核实直接文献
At3g06920 含五重复肽序列的蛋白 At3g06920。 暂无已核实直接文献
At4g31850 在稳定编码细胞色素 b6-f 复合物亚基的 petL 操纵子的初级多顺反子转录本中发挥作用。
PPR motifs of the nucleus-encoded factor, PGR3, function in the selective and distinct steps of chloroplast gene expression in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02035.x
At4g19440 含五聚肽重复序列的蛋白 At4g19440，叶绿体的。 暂无已核实直接文献
At5g65560 含五基重复肽结构蛋白 At5g65560。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012951 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000965 mitochondrial RNA 3'-end processing 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G19440
ath:AT5G06400
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.844
排名 1 · LXL04_012951 · OH-1004
质体0.091
排名 2 · LXL04_012951 · OH-1004
细胞核0.062
排名 3 · LXL04_012951 · OH-1004
细胞质0.037
排名 4 · LXL04_012951 · OH-1004
细胞膜0.014
排名 5 · LXL04_012951 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070.1MSC6_N148-244 aa
PF17177.11PPR_long158-314 aa
PF13041.13PPR_2186-229 aa
PF13041.13PPR_2220-267 aa
PF17177.11PPR_long229-375 aa
PF29070.1MSC6_N271-351 aa
PF13041.13PPR_2329-374 aa
PF01535.27PPR329-358 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_012951PF29070.1MSC6_N1482443.7e-32112.6
LXL04_012951PF17177.11PPR_long1583146.1e-39134.3
LXL04_012951PF13041.13PPR_21862292e-101332.7
LXL04_012951PF13041.13PPR_22202672e-101332.7
LXL04_012951PF17177.11PPR_long2293756.1e-39134.3
LXL04_012951PF29070.1MSC6_N2713513.7e-32112.6
LXL04_012951PF13041.13PPR_23293742e-101332.7
LXL04_012951PF01535.27PPR3293585.5e-74240.1
LXL04_012951PF17177.11PPR_long4075366.1e-39134.3
LXL04_012951PF29070.1MSC6_N4095243.7e-32112.6
LXL04_012951PF13041.13PPR_24314682e-101332.7
LXL04_012951PF13812.13PPR_34535092.7e-48162.6
LXL04_012951PF13041.13PPR_24655132e-101332.7
LXL04_012951PF13812.13PPR_36717332.7e-48162.6
LXL04_012951PF13041.13PPR_26867312e-101332.7
LXL04_012951PF01535.27PPR6877165.5e-74240.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FNG8拟南芥Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g06400, mitochondrial48.216%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9M907拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g0692019.290%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9SZ52拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g31850, chloroplastic23.106%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q940A6拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g19440, chloroplastic24.688%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9LSL9拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g6556023.887%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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