LXL04_012930 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012930

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 21032783-21039159 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3639 bp · LXL04_012930|LXL04_012930|OH1004|cDNA

ATGGAGAAgctttttttgtgttttttcacaattttggtgatATGTTCATGGGCTATCATGGCTGAATCAGATATAAAATACAAAGACCCCAAACAACCGTTAGGTGTTCGAATAAGGGATTTGATGAATCGAATGACATTGGAAGAAAAAATCGGTCAAATGACACAGATTGATAGCAGGGTAGCTACACGAGAAGTACTCCAAAATTACTCCATAGGGAGCTTATTGACCAATGCAGCGAGCCCTTCATCACTGGACCC...

CDS

下载 CDS FASTA

3639 bp · LXL04_012930|LXL04_012930|OH1004|CDS

ATGGAGAAGCTTTTTTTGTGTTTTTTCACAATTTTGGTGATATGTTCATGGGCTATCATGGCTGAATCAGATATAAAATACAAAGACCCCAAACAACCGTTAGGTGTTCGAATAAGGGATTTGATGAATCGAATGACATTGGAAGAAAAAATCGGTCAAATGACACAGATTGATAGCAGGGTAGCTACACGAGAAGTACTCCAAAATTACTCCATAGGGAGCTTATTGACCAATGCAGCGAGCCCTTCATCACTGGACCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1212 aa · LXL04_012930|LXL04_012930|OH1004|PROTEIN

MEKLFLCFFTILVICSWAIMAESDIKYKDPKQPLGVRIRDLMNRMTLEEKIGQMTQIDSRVATREVLQNYSIGSLLTNAASPSSLDPTSPQGWINMVNNFQRDSLSSRLGIPLMYGIDAVHGNSRVVNATIFPQNIGLGKIGAATALEVRATGVNYAFAPCVAVCRDPRWGRCFESFSEDPKIVRAMTEIIPGLQGEIPRNGRLGVPFVGGQEKVAACAKHYVGDGGTTRGINANNTLTSFHGLLSIHMPPYFDAVRKGV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012930`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_012930`
位置	Chr03:21032783-21039159 (+)
描述	Similar to BACOVA_02659: Beta-glucosidase BoGH3B (Bacteroides ovatus (strain ATCC 8483 / DSM 1896 / JCM 5824 / NCTC 11153)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_012930` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0009251 glucan catabolic process 生物过程 GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程 GO:0085030 symbiotic process benefiting host 生物过程 GO:2000899 xyloglucan catabolic process 生物过程 GO:0005764 lysosome 细胞组分 GO:0008422 beta-glucosidase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ddi:DDB_G0292810 stm:STM2166 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.640

排名 1 · LXL04_012930 · OH-1004

溶酶体／液泡0.157

排名 2 · LXL04_012930 · OH-1004

细胞质0.114

排名 3 · LXL04_012930 · OH-1004

细胞膜0.080

排名 4 · LXL04_012930 · OH-1004

内质网0.057

排名 5 · LXL04_012930 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00933.28Glyco_hydro_346-366 aa

PF01915.28Glyco_hydro_3_C403-593 aa

PF00933.28Glyco_hydro_3642-961 aa

PF01915.28Glyco_hydro_3_C998-1206 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012930	`PF00933.28`	Glyco_hydro_3	46	366	1.9e-121	406.1
LXL04_012930	`PF01915.28`	Glyco_hydro_3_C	403	593	1.6e-70	237.9
LXL04_012930	`PF00933.28`	Glyco_hydro_3	642	961	1.9e-121	406.1
LXL04_012930	`PF01915.28`	Glyco_hydro_3_C	998	1206	1.6e-70	237.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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