LXL04_012916 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012916

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 20802467-20804615 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1192 bp · LXL04_012916|LXL04_012916|OH1004|cDNA

TCGGCCCATTTCCATAGGGCCCGCTCGATAAAATGGCTCCAAAAACAAGTCCTGGCTTGCTCAGATCCTTTCCCGCCAGTTCTTCATTCACTGTCACCGGCACACATCCTCTTCCAGACCTTGAAAGATGCTGTGGGTGGACAAATACAGGCCAAAATCCCTCGACAAGGTTCTTGTACATGAAGATATCGCTCAAAATCTCAAGAAATTGGTCACGGAGCAGGATTGCCCACACTTACTGTTCTATGGCCCATCCGGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1065 bp · LXL04_012916|LXL04_012916|OH1004|CDS

ATGCTGTGGGTGGACAAATACAGGCCAAAATCCCTCGACAAGGTTCTTGTACATGAAGATATCGCTCAAAATCTCAAGAAATTGGTCACGGAGCAGGATTGCCCACACTTACTGTTCTATGGCCCATCCGGTTCCGGGAAGAAAACCCTAATTATGGCCCTTCTCAGGCAGATGTTCGGGGCTGGTGCCGAGAAGGTGAAAGTGGAGAACAAAAACTGGAAAGTTGATGCTGGAAGCAGAACTATCGATTTGGAACTCAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

354 aa · LXL04_012916|LXL04_012916|OH1004|PROTEIN

MLWVDKYRPKSLDKVLVHEDIAQNLKKLVTEQDCPHLLFYGPSGSGKKTLIMALLRQMFGAGAEKVKVENKNWKVDAGSRTIDLELTTLSSTNHVELNPSDAGFQDRYVVQEIIKEMAKNRPIDTKGKKTFKVLVLNEVDKLSREAQHSLRRTMEKYSASCRLILCCDSSSKVTEAVRSRCLNIRVNAPKEDQIVKVLEFIGKKEGLQLPPGFAARIAEKSGRSLRRAILSFETCRVKQYPFTNNQVIPPMDWEEYVCEI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012916`
TK1151 ID	TkA02G530740
OH-1004 ID	LXL04_012916
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.297 / OH-1004 71.186 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012916

位置 Chr03:20802467-20804615 (+)

描述 Similar to RFC3: Replication factor C subunit 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g27740`	可能参与DNA复制，从而调节细胞增殖。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0792600`	可能参与DNA复制，从而调节细胞增殖。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012916 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006261 DNA-templated DNA replication 生物过程

GO:0006271 DNA strand elongation involved in DNA replication 生物过程

GO:0006272 leading strand elongation 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:1900264 positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005663 DNA replication factor C complex 细胞组分

GO:0031389 Rad17 RFC-like complex 细胞组分

GO:0031390 Ctf18 RFC-like complex 细胞组分

GO:0031391 Elg1 RFC-like complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G27740

bta:515602

ddi:DDB_G0293702

dosa:Os03g0792600

mmu:69263

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.918

排名 1 · LXL04_012916 · OH-1004

细胞质0.158

排名 2 · LXL04_012916 · OH-1004

细胞膜0.023

排名 3 · LXL04_012916 · OH-1004

线粒体0.019

排名 4 · LXL04_012916 · OH-1004

内质网0.012

排名 5 · LXL04_012916 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03215.22Rad172-58 aa

PF13177.13DNA_pol3_delta218-187 aa

PF00004.36AAA37-182 aa

PF21960.3RCF1-5-like_lid196-236 aa

PF22534.3RFC_C253-347 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012916	`PF03215.22`	Rad17	2	58	8e-06	26.6
LXL04_012916	`PF13177.13`	DNA_pol3_delta2	18	187	7.6e-11	43.0
LXL04_012916	`PF00004.36`	AAA	37	182	8.7e-07	30.2
LXL04_012916	`PF21960.3`	RCF1-5-like_lid	196	236	9.9e-10	38.9
LXL04_012916	`PF22534.3`	RFC_C	253	347	1.3e-34	119.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VXX4`	拟南芥	Replication factor C subunit 3	88.136%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q852K3`	水稻	Replication factor C subunit 5	83.333%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情