LXL04_012915 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012915

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 20796257-20801311 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2712 bp · LXL04_012915|LXL04_012915|OH1004|cDNA

ATGCTAGCAAGCAGTAGCTTTCATGGCCGACCTTATTCCCACTTCGTGCACACAACAAGTAATAGAGACAACAAATCCTCTATCTCCTACTTTCCAGTTGCAAAACCCCACTCTATTTCTTCTGTCTGCGGTTTACTTTTGTCCAGAAGAATAACCTCGAAGCGGTTCAAAATACGGGCTTTAAAACGTGAGTCTGATTTCGAGTCAGCTGCAGAAAAAGAAGCAGTACCTTTTTTTCCTCACCGACATTCCGTTAAAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2712 bp · LXL04_012915|LXL04_012915|OH1004|CDS

ATGCTAGCAAGCAGTAGCTTTCATGGCCGACCTTATTCCCACTTCGTGCACACAACAAGTAATAGAGACAACAAATCCTCTATCTCCTACTTTCCAGTTGCAAAACCCCACTCTATTTCTTCTGTCTGCGGTTTACTTTTGTCCAGAAGAATAACCTCGAAGCGGTTCAAAATACGGGCTTTAAAACGTGAGTCTGATTTCGAGTCAGCTGCAGAAAAAGAAGCAGTACCTTTTTTTCCTCACCGACATTCCGTTAAAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

903 aa · LXL04_012915|LXL04_012915|OH1004|PROTEIN

MLASSSFHGRPYSHFVHTTSNRDNKSSISYFPVAKPHSISSVCGLLLSRRITSKRFKIRALKRESDFESAAEKEAVPFFPHRHSVKIPVGDRHIIVETGQIGRQASGSVIVRDGETILYTSVCLSDTPSEPSDFFPMSVNYQERFSAAGRTSGGFFKREGRTKDHEVLICRLIDRPIRPTMRKGFYHETQILSWVLSYDGLHPPDSLAVTAAGIAVALSEVPNTTTISGVRIGLIDDKFVVNPTTAEMEKSKLDLLLAGS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012915`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012915

位置 Chr03:20796257-20801311 (+)

描述 Similar to PNP1: Probable polyribonucleotide nucleotidyltransferase 1, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g03710`	参与所有主要类别质体 RNA 的代谢。	Unexpected Diversity of Chloroplast Noncoding RNAs as Revealed by Deep Sequencing of the Arabidopsis Transcriptome.2011 · DOI: 10.1534/g3.111.000752

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0168000`	参与所有主要类别质体 RNA 的代谢。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012915 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000958 mitochondrial mRNA catabolic process 生物过程

GO:0000965 mitochondrial RNA 3'-end processing 生物过程

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006401 RNA catabolic process 生物过程

GO:0006402 mRNA catabolic process 生物过程

GO:0008033 tRNA processing 生物过程

GO:0010323 negative regulation of isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway 生物过程

GO:0015995 chlorophyll biosynthetic process 生物过程

GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程

GO:0016120 carotene biosynthetic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G03710

cab:CAB730

cca:CCA_00762

dosa:Os07g0168000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.754

排名 1 · LXL04_012915 · OH-1004

线粒体0.316

排名 2 · LXL04_012915 · OH-1004

细胞质0.066

排名 3 · LXL04_012915 · OH-1004

细胞核0.040

排名 4 · LXL04_012915 · OH-1004

过氧化物酶体0.025

排名 5 · LXL04_012915 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01138.28RNase_PH92-222 aa

PF03725.21RNase_PH_C227-289 aa

PF01138.28RNase_PH450-584 aa

PF00013.36KH_1691-747 aa

PF00575.30S1763-826 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012915	`PF01138.28`	RNase_PH	92	222	6.4e-55	185.8
LXL04_012915	`PF03725.21`	RNase_PH_C	227	289	3.6e-20	72.4
LXL04_012915	`PF01138.28`	RNase_PH	450	584	6.4e-55	185.8
LXL04_012915	`PF00013.36`	KH_1	691	747	4.7e-06	27.0
LXL04_012915	`PF00575.30`	S1	763	826	1.9e-13	51.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GZQ3`	拟南芥	Polyribonucleotide nucleotidyltransferase 1, chloroplastic	68.627%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q69LE7`	水稻	Probable polyribonucleotide nucleotidyltransferase 1, chloroplastic	74.419%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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