LXL04_012884 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012884

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 20387260-20389447 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1167 bp · LXL04_012884|LXL04_012884|OH1004|cDNA

ATGGAAGGCGGTGTCGCGGCGGAGCAAGGAACGGTGACTTGTGCGTCATGGATCAAGCGGCCGGAGAATGCGCATCTAGTTGCCTTAGGGAAGTTGAAGCACGAAAATCACCCTGCCTCTTTCCAAATTTTCTCTTTCGATCATCTCACCACATCTCTCTCGTCCTCTCCGTCGGCCAGTTTCGAGTTTGAAGATGGATGTGATCCAGTGAGCCTCGCGGTGCATCCGAGCGGTGACGATATTGTCTGCTCTACTACCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1167 bp · LXL04_012884|LXL04_012884|OH1004|CDS

ATGGAAGGCGGTGTCGCGGCGGAGCAAGGAACGGTGACTTGTGCGTCATGGATCAAGCGGCCGGAGAATGCGCATCTAGTTGCCTTAGGGAAGTTGAAGCACGAAAATCACCCTGCCTCTTTCCAAATTTTCTCTTTCGATCATCTCACCACATCTCTCTCGTCCTCTCCGTCGGCCAGTTTCGAGTTTGAAGATGGATGTGATCCAGTGAGCCTCGCGGTGCATCCGAGCGGTGACGATATTGTCTGCTCTACTACCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

388 aa · LXL04_012884|LXL04_012884|OH1004|PROTEIN

MEGGVAAEQGTVTCASWIKRPENAHLVALGKLKHENHPASFQIFSFDHLTTSLSSSPSASFEFEDGCDPVSLAVHPSGDDIVCSTTKGGCRLFQLYVQEKSVKLLYKDLKPLQDVGPQKCLAFSTDGSKFATGGVDGHLRIYEWPSMRVIADHQRAHPGFSDMDFSLDSEFLATTSTDGSGRIWNANDGVPVNSLTRNSDEKIELCRFSKDGTKPFLFCTVQKGNKSVTVVYDISTWNKIGFKRLLRKPACVMSISLDGK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012884`
TK1151 ID	TkA02G532530
OH-1004 ID	LXL04_012884
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012884

位置 Chr03:20387260-20389447 (-)

描述 Similar to PHF1: SEC12-like protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g52190`	可能促进 PHT1-1/PHT1;1 从内质网向质膜的运输，参与无机磷酸盐吸收。	PHOSPHATE TRANSPORTER TRAFFIC FACILITATOR1 is a plant-specific SEC12-related protein that enables the endoplasmic reticulum exit of a high-affinity phosphate transporter in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1105/tpc.105.036640
`At2g01470`	内质网运输囊泡形成或出芽所需的。	Fission yeast and a plant have functional homologues of the Sar1 and Sec12 proteins involved in ER to Golgi traffic in budding yeast.1992 · DOI: 10.1002/j.1460-2075.1992.tb05514.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012884 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000381 regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0003400 regulation of COPII vesicle coating 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006817 phosphate ion transport 生物过程

GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程

GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0048208 COPII vesicle coating 生物过程

GO:0090110 COPII-coated vesicle cargo loading 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G01470

ath:AT3G52190

gga:427377

mmu:50907

rno:58842

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.509

排名 1 · LXL04_012884 · OH-1004

细胞核0.196

排名 2 · LXL04_012884 · OH-1004

高尔基体0.156

排名 3 · LXL04_012884 · OH-1004

细胞质0.153

排名 4 · LXL04_012884 · OH-1004

细胞膜0.117

排名 5 · LXL04_012884 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25174.2Beta-prop_THOC368-213 aa

PF24796.2WDR5569-224 aa

PF23414.2Beta-prop_EML_271-213 aa

PF24814.2WD40_Prp1971-239 aa

PF25172.2Beta-prop_WDR3_2nd103-271 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st117-197 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st117-306 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st119-201 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012884	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	68	213	3.2e-20	73.0
LXL04_012884	`PF24796.2`	WDR55	69	224	4.3e-12	46.4
LXL04_012884	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	71	213	2e-20	74.0
LXL04_012884	`PF24814.2`	WD40_Prp19	71	239	1.1e-16	61.5
LXL04_012884	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	103	271	9.9e-07	29.0
LXL04_012884	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	117	197	2.1e-20	73.8
LXL04_012884	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	117	306	2.1e-20	73.8
LXL04_012884	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	119	201	6e-11	43.1
LXL04_012884	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	120	213	7.6e-17	62.3
LXL04_012884	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	120	312	2.6e-16	60.5
LXL04_012884	`PF24814.2`	WD40_Prp19	154	311	1.1e-16	61.5
LXL04_012884	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	161	309	2.2e-12	47.6
LXL04_012884	`PF24805.2`	EIF3I	162	321	4.3e-14	53.1
LXL04_012884	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	174	318	2e-20	74.0
LXL04_012884	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	225	306	3.2e-20	73.0
LXL04_012884	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	250	309	7.6e-17	62.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GYE0`	拟南芥	SEC12-like protein 1	58.056%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q39221`	拟南芥	SEC12-like protein 2	30.450%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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