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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_012840
当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 19617578-19619635 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

782 bp · LXL04_012840|LXL04_012840|OH1004|cDNA

ATGTTGACAAGTCCAGGTTGTATTGTGGATGTGACAGGCGACACATATCAGACCATTCACCGTTGTGTGAATAAGGTCGTAGATGGCGTTGATGCGTTTTTACTGGTCATCTCAGTTTGCAGTCGTTTTGAAAGAGATGAAACATCTACAATAGTATTCGATTACATGATAGTAGTTTTCACTTGTGGAgaagaacttgaagatgatgGAAACCGTTGGCATGTGTGGGAATTGCGCTTGGATGCCTTGAATCAATCCCA...

CDS

下载 CDS FASTA

732 bp · LXL04_012840|LXL04_012840|OH1004|CDS

ATGTTGACAAGTCCAGGTTGTATTGTGGATGTGACAGGCGACACATATCAGACCATTCACCGTTGTGTGAATAAGGTCGTAGATGGCGTTGATGCGTTTTTACTGGTCATCTCAGTTTGCAGTCGTTTTGAAAGAGATGAAACATCTACAATAGTATTCGATTACATGATAGTAGTTTTCACTTGTGGAGAAGAACTTGAAGATGATGGAAACCGTTGGCATGTGTGGGAATTGCGCTTGGATGCCTTGAATCAATCCCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

243 aa · LXL04_012840|LXL04_012840|OH1004|PROTEIN

MLTSPGCIVDVTGDTYQTIHRCVNKVVDGVDAFLLVISVCSRFERDETSTIVFDYMIVVFTCGEELEDDGNRWHVWELRLDALNQSQQAIEQFAISSLAFQGQFWVFTKTVKILSRFGVLIRFKGMLFDFLGLYWSNKVIWQPFFSMIGRQGQFRKAAYVCFWGRVLLISLLWWQQQMIRYASSYSHLEYSRLIPGWTKPICIGRHAFGDQYKATDAVIKGPGKLKLVFGKWKDGLRLERNGR

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_012840
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_012840
位置Chr03:19617578-19619635 (-)
描述Similar to Isocitrate dehydrogenase [NADP], chloroplastic (Fragment)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g65930 可能通过谷氨酰胺合成酶/谷氨酸合成酶 途径为氨基酸生物合成和氨同化提供 2-酮戊二酸。
Cytosolic NADP-dependent isocitrate dehydrogenase contributes to redox homeostasis and the regulation of pathogen responses in Arabidopsis leaves.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-3040.2010.02133.x
At5g14590 可能参与对氧化应激的响应。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012840 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006097 glyoxylate cycle 生物过程
GO:0006099 tricarboxylic acid cycle 生物过程
GO:0006102 isocitrate metabolic process 生物过程
GO:0006739 NADP+ metabolic process 生物过程
GO:0010043 response to zinc ion 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009506 plasmodesma 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G65930
ath:AT5G14590
nta:107815853
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.336
排名 1 · LXL04_012840 · OH-1004
细胞质0.268
排名 2 · LXL04_012840 · OH-1004
细胞核0.196
排名 3 · LXL04_012840 · OH-1004
内质网0.101
排名 4 · LXL04_012840 · OH-1004
细胞膜0.093
排名 5 · LXL04_012840 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04548.23AIG114-70 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_012840PF04548.23AIG114701.7e-0628.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SRZ6拟南芥Cytosolic isocitrate dehydrogenase [NADP]79.545%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q8LPJ5拟南芥Isocitrate dehydrogenase [NADP], chloroplastic/mitochondrial86.842%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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