LXL04_012832 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012832

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 19506202-19517571 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5199 bp · LXL04_012832|LXL04_012832|OH1004|cDNA

ATGGTGGCAGATGCAGTGGTTGATAAGGAGGCTGAGGAGCTACAATATAGTGACTCGAGGACGAGCTATTCGGCTTGTGTTGAAGCCGTTGACATGGGATCGGAAGCTGAAATTCCGGAATGGGCATCAACGCCTTGTATAATGGGCATCGACGAAGCTGGTCGCGGCCCTGTTTTAGGACCGATGGTTTATGGATGCCTGTATTGTCCGGTTTCATACAAGAAAACCCTTTCCACTTTGGAATTTGCAGATTCAAAGAC...

CDS

下载 CDS FASTA

5199 bp · LXL04_012832|LXL04_012832|OH1004|CDS

ATGGTGGCAGATGCAGTGGTTGATAAGGAGGCTGAGGAGCTACAATATAGTGACTCGAGGACGAGCTATTCGGCTTGTGTTGAAGCCGTTGACATGGGATCGGAAGCTGAAATTCCGGAATGGGCATCAACGCCTTGTATAATGGGCATCGACGAAGCTGGTCGCGGCCCTGTTTTAGGACCGATGGTTTATGGATGCCTGTATTGTCCGGTTTCATACAAGAAAACCCTTTCCACTTTGGAATTTGCAGATTCAAAGAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1732 aa · LXL04_012832|LXL04_012832|OH1004|PROTEIN

MVADAVVDKEAEELQYSDSRTSYSACVEAVDMGSEAEIPEWASTPCIMGIDEAGRGPVLGPMVYGCLYCPVSYKKTLSTLEFADSKTLKEEKREELFESLKTDVTIGWAVDVIDPRDLSAKMLRKNKINLNEISHESAMGLVKRVLDMGYLLTEVYVDTVGDPEKYTVKLSARFPSIKFVVAKKADSLYPVVSGASIVAKVTRDRALRNWNFDETAENMHRVFGSGYPGDPGTKDWLKDHSHSVFGFPSLVRFSWGTCSS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012832`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012832

位置 Chr03:19506202-19517571 (+)

描述 Similar to At2g25100: Ribonuclease H2 subunit A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g25100`	RNase HII 的催化亚基，这是一种专门降解RNA:DNA杂交中RNA的核酸内切酶。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012832 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006298 mismatch repair 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0019677 NAD+ catabolic process 生物过程

GO:0043068 positive regulation of programmed cell death 生物过程

GO:0043137 DNA replication, removal of RNA primer 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0032299 ribonuclease H2 complex 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G25100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.434

排名 1 · LXL04_012832 · OH-1004

细胞核0.404

排名 2 · LXL04_012832 · OH-1004

细胞膜0.158

排名 3 · LXL04_012832 · OH-1004

内质网0.085

排名 4 · LXL04_012832 · OH-1004

质体0.056

排名 5 · LXL04_012832 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01351.26RNase_HII48-258 aa

PF01582.26TIR335-498 aa

PF13676.12TIR_2337-432 aa

PF00931.29NB-ARC512-685 aa

PF23282.2WHD_ROQ1755-821 aa

PF03297.22Ribosomal_S251631-1729 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012832	`PF01351.26`	RNase_HII	48	258	1.9e-50	172.2
LXL04_012832	`PF01582.26`	TIR	335	498	1.8e-43	149.1
LXL04_012832	`PF13676.12`	TIR_2	337	432	9.5e-16	59.1
LXL04_012832	`PF00931.29`	NB-ARC	512	685	3e-21	76.4
LXL04_012832	`PF23282.2`	WHD_ROQ1	755	821	1.8e-13	51.2
LXL04_012832	`PF03297.22`	Ribosomal_S25	1631	1729	4.8e-39	133.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SEZ6`	拟南芥	Ribonuclease H2 subunit A	73.404%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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