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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_012783
当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 18712632-18715837 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2613 bp · LXL04_012783|LXL04_012783|OH1004|cDNA

ATGACGATTTCATTGTTCCAAACGCTCTTATATCCACCACCATCTTCCTTGTTCGTCAATGTAATGTCGATATTAAGTTGTTTGTCGCTCTCAAATGGTGGTTACATGGAAACAAAAGGCAAACACATGCAGTATTCCAAGTTCTTCAATGTCGTAGCTTCAAAGAAAGCCAAGGTTCAGGAGACCATGGTGGGTAGTAGAATCGGGATGCTTTTATTCTATACACCAGCGTTCTTTGTGGGTCTTGGCTCTTTCGCCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2613 bp · LXL04_012783|LXL04_012783|OH1004|CDS

ATGACGATTTCATTGTTCCAAACGCTCTTATATCCACCACCATCTTCCTTGTTCGTCAATGTAATGTCGATATTAAGTTGTTTGTCGCTCTCAAATGGTGGTTACATGGAAACAAAAGGCAAACACATGCAGTATTCCAAGTTCTTCAATGTCGTAGCTTCAAAGAAAGCCAAGGTTCAGGAGACCATGGTGGGTAGTAGAATCGGGATGCTTTTATTCTATACACCAGCGTTCTTTGTGGGTCTTGGCTCTTTCGCCAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

870 aa · LXL04_012783|LXL04_012783|OH1004|PROTEIN

MTISLFQTLLYPPPSSLFVNVMSILSCLSLSNGGYMETKGKHMQYSKFFNVVASKKAKVQETMVGSRIGMLLFYTPAFFVGLGSFAIFSDRDLRFTILISVLTIHFLKRVLEVLFVHKYSGSMALEATITISLSYTISTLTMIYAQYLSHEHSKPTIDLKNVGTVLFFVGIVGNFYHHHILSNLRTKDDRGYKIPKGGLFGLVICPHYLFEIIEFIGVSCIAQTTYVFAFSLGTMFYLMGRSYATRQWYISEFGDKFGDG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_012783
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_012783
位置Chr03:18712632-18715837 (+)
描述Similar to At1g12700: Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g12700 推测的含五三螺旋重复蛋白 At1g12700，线粒体。 暂无已核实直接文献
At1g12775 含五肽重复的蛋白 At1g12775，线粒体。 暂无已核实直接文献
At1g12300 含五螺旋肽重复的蛋白 At1g12300，线粒体。 暂无已核实直接文献
At1g62930 含有五百四十肽重复的蛋白 At1g62930，叶绿体。 暂无已核实直接文献
At1g12620 含五螺旋肽重复序列的蛋白At1g12620。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012783 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006396 RNA processing 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G12700
ath:AT1G12775
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.529
排名 1 · LXL04_012783 · OH-1004
质体0.241
排名 2 · LXL04_012783 · OH-1004
内质网0.095
排名 3 · LXL04_012783 · OH-1004
细胞质0.031
排名 4 · LXL04_012783 · OH-1004
细胞核0.026
排名 5 · LXL04_012783 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02544.22Steroid_dh140-267 aa
PF13041.13PPR_2380-427 aa
PF29070.1MSC6_N393-611 aa
PF23276.3TPR_24398-512 aa
PF13041.13PPR_2416-464 aa
PF23276.3TPR_24435-547 aa
PF13812.13PPR_3439-495 aa
PF12854.14PPR_1447-479 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_012783PF02544.22Steroid_dh1402675.8e-2485.5
LXL04_012783PF13041.13PPR_23804271.1e-135442.3
LXL04_012783PF29070.1MSC6_N3936112.9e-2796.5
LXL04_012783PF23276.3TPR_243985124.5e-31108.2
LXL04_012783PF13041.13PPR_24164641.1e-135442.3
LXL04_012783PF23276.3TPR_244355474.5e-31108.2
LXL04_012783PF13812.13PPR_34394952.6e-48162.7
LXL04_012783PF12854.14PPR_14474794.6e-118385.3
LXL04_012783PF13041.13PPR_24504841.1e-135442.3
LXL04_012783PF01535.27PPR4534823.3e-93300.4
LXL04_012783PF12854.14PPR_14885124.6e-118385.3
LXL04_012783PF17177.11PPR_long4906309.1e-30104.3
LXL04_012783PF12854.14PPR_15185464.6e-118385.3
LXL04_012783PF13041.13PPR_25205641.1e-135442.3
LXL04_012783PF12854.14PPR_15505794.6e-118385.3
LXL04_012783PF13041.13PPR_25515991.1e-135442.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
P0C7Q7拟南芥Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700, mitochondrial38.828%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LPX2拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12775, mitochondrial38.070%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q0WKV3拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12300, mitochondrial38.475%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LQ14拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62930, chloroplastic39.646%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9ASZ8拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g1262037.782%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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