LXL04_012734 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012734

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 17966949-17971771 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3633 bp · LXL04_012734|LXL04_012734|OH1004|cDNA

ATGTTTTATTCGCAGTTCATATTAGCAAAAAAGGGTCCTCTAGGGACAATATGGATAGCAGCACATCTAGAGAGGAAGCTCCGCAAGAATCAAGTTGCAGATACTGATATCGGCTTCTCTGTAGACTCGATTCTCTTCCCTGAAATGCCAATTGCACTCCGGTTATCCAGCCATCTTTTACTTGGTGTCGTTAGGATATACTCAAGAAAGGTAAATTACCTATTCGATGATTGCAGTGAAGCTTTACTTAAAGTAAAACA...

CDS

下载 CDS FASTA

3633 bp · LXL04_012734|LXL04_012734|OH1004|CDS

ATGTTTTATTCGCAGTTCATATTAGCAAAAAAGGGTCCTCTAGGGACAATATGGATAGCAGCACATCTAGAGAGGAAGCTCCGCAAGAATCAAGTTGCAGATACTGATATCGGCTTCTCTGTAGACTCGATTCTCTTCCCTGAAATGCCAATTGCACTCCGGTTATCCAGCCATCTTTTACTTGGTGTCGTTAGGATATACTCAAGAAAGGTAAATTACCTATTCGATGATTGCAGTGAAGCTTTACTTAAAGTAAAACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1210 aa · LXL04_012734|LXL04_012734|OH1004|PROTEIN

MFYSQFILAKKGPLGTIWIAAHLERKLRKNQVADTDIGFSVDSILFPEMPIALRLSSHLLLGVVRIYSRKVNYLFDDCSEALLKVKQAFRSTAVDLPPEESTAPYHSITLPETFDLDDFELPGSEIYQGNYVDHHVSSKEQITLQDTMEGVVYSTSNFGLDERFGDGDACGLDLDEELMVEKAEHAIETSNSEAMPVPAGNIVNNQQIEEYDGENEPIEYAHAPCTPGLWEEPNLSNIQETSAYDDHQEPENHTITESAV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012734`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012734

位置 Chr03:17966949-17971771 (-)

描述 Similar to SYN4: Sister chromatid cohesion 1 protein 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g16270`	参与有丝分裂过程中的姐妹染色单体和着丝粒凝聚。	Cohesin gene defects may impair sister chromatid alignment and genome stability in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1007/s00412-009-0220-x
`At3g59550`	可能参与有丝分裂期间姐妹染色单体的凝聚。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012734 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000278 mitotic cell cycle 生物过程

GO:0006302 double-strand break repair 生物过程

GO:0007059 chromosome segregation 生物过程

GO:0007062 sister chromatid cohesion 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009561 megagametogenesis 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0070601 centromeric sister chromatid cohesion 生物过程

GO:1990414 replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange 生物过程

GO:0000775 chromosome, centromeric region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G59550

ath:AT5G16270

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.948

排名 1 · LXL04_012734 · OH-1004

细胞质0.188

排名 2 · LXL04_012734 · OH-1004

线粒体0.016

排名 3 · LXL04_012734 · OH-1004

细胞膜0.016

排名 4 · LXL04_012734 · OH-1004

内质网0.008

排名 5 · LXL04_012734 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04825.19Rad21_Rec8_N1-101 aa

PF04824.22Rad21_Rec81155-1201 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012734	`PF04825.19`	Rad21_Rec8_N	1	101	1.8e-38	131.7
LXL04_012734	`PF04824.22`	Rad21_Rec8	1155	1201	1.1e-19	70.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8W1Y0`	拟南芥	Sister chromatid cohesion 1 protein 4	70.863%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FQ19`	拟南芥	Sister chromatid cohesion 1 protein 3	49.324%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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