LXL04_012730 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012730

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 17932340-17934854 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1530 bp · LXL04_012730|LXL04_012730|OH1004|cDNA

ATGATATGGCAAAGTATCTACGTTGTGCTTATGTTCCAATTCGTTTTGGTATTTGGTGCTTATGATCTTAAGAATCTCAACATATGGCCGATGCCTGAATCAGTAGAATACGGCGCCAAATCTATTTTTTTAAGCAAAGAATTTCATCTAAAGACTGATGGAAGCAAATATCCGGATGCATCTGGGATCTTGAAGGATGGATTCACTAGGTTACTTGATGTTATCACAGCAAACAATATTATCGAATTCAACTCAAAAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1530 bp · LXL04_012730|LXL04_012730|OH1004|CDS

ATGATATGGCAAAGTATCTACGTTGTGCTTATGTTCCAATTCGTTTTGGTATTTGGTGCTTATGATCTTAAGAATCTCAACATATGGCCGATGCCTGAATCAGTAGAATACGGCGCCAAATCTATTTTTTTAAGCAAAGAATTTCATCTAAAGACTGATGGAAGCAAATATCCGGATGCATCTGGGATCTTGAAGGATGGATTCACTAGGTTACTTGATGTTATCACAGCAAACAATATTATCGAATTCAACTCAAAAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

509 aa · LXL04_012730|LXL04_012730|OH1004|PROTEIN

MIWQSIYVVLMFQFVLVFGAYDLKNLNIWPMPESVEYGAKSIFLSKEFHLKTDGSKYPDASGILKDGFTRLLDVITANNIIEFNSKVDDSLLLQGINVVILSDSDELQYGIDESYKLLVHANGKQNYAEIEAATVYGALHALQTFSQLCHFNFKSRKLVISQLPWTITDKPRFSYRGLLIDTSRHYQPLPMIKKVIDSMAYAKLVKCIALAYCRYTGFSFRNTFFSKIMGCYAKKRGINVLAELDVPGHAVSWGVGYPEL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012730`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012730

位置 Chr03:17932340-17934854 (+)

描述 Similar to HEXO3: Beta-hexosaminidase 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g65590`	具有广泛的底物特异性。	Biosynthesis of truncated N-linked oligosaccharides results from non-orthologous hexosaminidase-mediated mechanisms in nematodes, plants, and insects.2007 · DOI: 10.1074/jbc.m704235200 Enzymatic properties and subcellular localization of Arabidopsis beta-N-acetylhexosaminidases.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.101162 Beta-N-acetylhexosaminidases HEXO1 and HEXO3 are responsible for the formation of paucimannosidic N-glycans in Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1074/jbc.m110.178020
`At3g55260`	具有广泛的底物特异性。	Biosynthesis of truncated N-linked oligosaccharides results from non-orthologous hexosaminidase-mediated mechanisms in nematodes, plants, and insects.2007 · DOI: 10.1074/jbc.m704235200 Enzymatic properties and subcellular localization of Arabidopsis beta-N-acetylhexosaminidases.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.101162 Beta-N-acetylhexosaminidases HEXO1 and HEXO3 are responsible for the formation of paucimannosidic N-glycans in Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1074/jbc.m110.178020

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012730 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程

GO:0006491 N-glycan processing 生物过程

GO:0030203 glycosaminoglycan metabolic process 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005764 lysosome 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G65590

ath:AT3G55260

ddi:DDB_G0287033

ddi:DDB_G0287597

ddi:DDB_G0287659

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.299

排名 1 · LXL04_012730 · OH-1004

细胞外0.298

排名 2 · LXL04_012730 · OH-1004

细胞质0.141

排名 3 · LXL04_012730 · OH-1004

高尔基体0.135

排名 4 · LXL04_012730 · OH-1004

内质网0.114

排名 5 · LXL04_012730 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14845.12Glycohydro_20b228-148 aa

PF00728.29Glyco_hydro_20173-204 aa

PF00728.29Glyco_hydro_20231-460 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012730	`PF14845.12`	Glycohydro_20b2	28	148	4.9e-18	66.8
LXL04_012730	`PF00728.29`	Glyco_hydro_20	173	204	2.7e-63	215.2
LXL04_012730	`PF00728.29`	Glyco_hydro_20	231	460	2.7e-63	215.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L7S6`	拟南芥	Beta-hexosaminidase 3	63.014%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A7WM73`	拟南芥	Beta-hexosaminidase 1	47.490%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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