RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_012729
当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 17909369-17913672 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3486 bp · LXL04_012729|LXL04_012729|OH1004|cDNA

ATGGCTGCCAGGGATCATGCCCCTGATGACCTTTTCTCGTCGTTGAACTCATCTCCGGCAAGTCCTCAGATTAACTTTGGTAGCAATTCGCCCAATTTGATTAGTTTTGATGACGACGGTGAAGAGGATTATGATAACGGAAGTACGAGTAGTAAACCCCTTATGGTTTTTGATCGGTTCTACGACTCTTCATCGGAAGATGGGTTATACTCAACTGGAAGTGCCGGTGGTGATGGTGATAATTCTCTAGCGCAGGCCGC...

CDS

下载 CDS FASTA

3486 bp · LXL04_012729|LXL04_012729|OH1004|CDS

ATGGCTGCCAGGGATCATGCCCCTGATGACCTTTTCTCGTCGTTGAACTCATCTCCGGCAAGTCCTCAGATTAACTTTGGTAGCAATTCGCCCAATTTGATTAGTTTTGATGACGACGGTGAAGAGGATTATGATAACGGAAGTACGAGTAGTAAACCCCTTATGGTTTTTGATCGGTTCTACGACTCTTCATCGGAAGATGGGTTATACTCAACTGGAAGTGCCGGTGGTGATGGTGATAATTCTCTAGCGCAGGCCGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1161 aa · LXL04_012729|LXL04_012729|OH1004|PROTEIN

MAARDHAPDDLFSSLNSSPASPQINFGSNSPNLISFDDDGEEDYDNGSTSSKPLMVFDRFYDSSSEDGLYSTGSAGGDGDNSLAQAAGNRLDYMMQYLDRKLLLVEGKDNELDQALPEFIGSGGGRGVFKLPIRAAVHPARPPSLEFRPHPLRETQIGRFLRILKGTADGRQLWAGSECGVRFWDMKDMYAARMEEGNDEAEVPFYESVNTPPTLCLVVDDANKVVWSGHKDGKIRCWKMFQSTDEIKVPFRECLSWQAH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_012729
TK1151 IDTkA02G541220
OH-1004 IDLXL04_012729
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)96.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_012729
位置Chr03:17909369-17913672 (-)
描述Similar to IP5P15: Type II inositol polyphosphate 5-phosphatase 15
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g65580 可能对 PtdIns(4,5)P₂、PtdIns(3,4,5)P₃ 和 Ins(1,4,5)P₃ 具有磷酸酶活性。
FRAGILE FIBER3, an Arabidopsis gene encoding a type II inositol polyphosphate 5-phosphatase, is required for secondary wall synthesis and actin organization in fiber cells.2004 · DOI: 10.1105/tpc.104.027466
At1g05630 将肌醇1,4,5-三磷酸（Ins(1,4,5)P3）转化为肌醇1,4-二磷酸。
Molecular and biochemical characterization of three WD-repeat-domain-containing inositol polyphosphate 5-phosphatases in Arabidopsis thaliana.2004 · DOI: 10.1093/pcp/pch187
At5PTase13 modulates cotyledon vein development through regulating auxin homeostasis.2005 · DOI: 10.1104/pp.105.067140
An inositol polyphosphate 5-phosphatase functions in PHOTOTROPIN1 signaling in Arabidopis by altering cytosolic Ca2+.2008 · DOI: 10.1105/tpc.107.052670
The role of Arabidopsis 5PTase13 in root gravitropism through modulation of vesicle trafficking.2009 · DOI: 10.1038/cr.2009.105
At2g43900 可能对 Ins(1,4,5)P₃ 具有磷酸酶活性。
Molecular and biochemical characterization of three WD-repeat-domain-containing inositol polyphosphate 5-phosphatases in Arabidopsis thaliana.2004 · DOI: 10.1093/pcp/pch187
At2g31830 可能对 PtdIns(4,5)P₂、PtdIns(3,4,5)P₃ 和 Ins(1,4,5)P₃ 具有磷酸酶活性。
Molecular and biochemical characterization of three WD-repeat-domain-containing inositol polyphosphate 5-phosphatases in Arabidopsis thaliana.2004 · DOI: 10.1093/pcp/pch187

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012729 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0007165 signal transduction 生物过程
GO:0007584 response to nutrient 生物过程
GO:0009611 response to wounding 生物过程
GO:0009630 gravitropism 生物过程
GO:0009637 response to blue light 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0009743 response to carbohydrate 生物过程
GO:0009846 pollen germination 生物过程
GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程
GO:0010182 sugar mediated signaling pathway 生物过程
GO:0043647 inositol phosphate metabolic process 生物过程
GO:0046856 phosphatidylinositol dephosphorylation 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G05630
ath:AT1G65580
ath:AT2G31830
ath:AT2G43900
hsa:3633
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.378
排名 1 · LXL04_012729 · OH-1004
细胞核0.292
排名 2 · LXL04_012729 · OH-1004
细胞膜0.183
排名 3 · LXL04_012729 · OH-1004
高尔基体0.148
排名 4 · LXL04_012729 · OH-1004
内质网0.103
排名 5 · LXL04_012729 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23754.2Beta-prop_IP5PC_F152-540 aa
PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st181-298 aa
PF22669.3Exo_endo_phos2575-937 aa
PF03372.30Exo_endo_phos575-933 aa
PF23755.2Ig-like_IP5PC_F976-1112 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_012729PF23754.2Beta-prop_IP5PC_F1525408.1e-159529.4
LXL04_012729PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st1812987e-0729.8
LXL04_012729PF22669.3Exo_endo_phos25759371.5e-66225.6
LXL04_012729PF03372.30Exo_endo_phos5759337.1e-0626.7
LXL04_012729PF23755.2Ig-like_IP5PC_F97611123.7e-63212.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q84W55拟南芥Type II inositol polyphosphate 5-phosphatase 1558.440%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9SYK4拟南芥Type I inositol polyphosphate 5-phosphatase 1353.987%Swiss-Prot强数据库同源证据
O80560拟南芥Type I inositol polyphosphate 5-phosphatase 1255.166%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9SKB7拟南芥Type II inositol polyphosphate 5-phosphatase 1451.876%Swiss-Prot强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看