LXL04_012716 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012716

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 17775239-17777355 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

336 bp · LXL04_012716|LXL04_012716|OH1004|cDNA

ATGGTATTTGCGGGGAGGCGGAAGAACAACAAGAATGCGGGAGAAGAATGGTATTTGGGGAAATACGAGATTGGAAGAACTCTTGGCGAAGGCAATTTCGGCAAGGTTAAATATACTAAAGACATTCAAACTCAACACTCTTTTGCTATCAAGATCATTGATAAAACCCGGGTAATAAAGCTCAAAATATCCGATCAGATAAAAAAGGAGATTAGCGCACTGAAGCTTCTTAAACATCCTAACGTGGTTAGGTTACACAA...

CDS

下载 CDS FASTA

336 bp · LXL04_012716|LXL04_012716|OH1004|CDS

ATGGTATTTGCGGGGAGGCGGAAGAACAACAAGAATGCGGGAGAAGAATGGTATTTGGGGAAATACGAGATTGGAAGAACTCTTGGCGAAGGCAATTTCGGCAAGGTTAAATATACTAAAGACATTCAAACTCAACACTCTTTTGCTATCAAGATCATTGATAAAACCCGGGTAATAAAGCTCAAAATATCCGATCAGATAAAAAAGGAGATTAGCGCACTGAAGCTTCTTAAACATCCTAACGTGGTTAGGTTACACAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

111 aa · LXL04_012716|LXL04_012716|OH1004|PROTEIN

MVFAGRRKNNKNAGEEWYLGKYEIGRTLGEGNFGKVKYTKDIQTQHSFAIKIIDKTRVIKLKISDQIKKEISALKLLKHPNVVRLHKVFSYSEGKKCFEFVAFYSLKCFGF

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012716`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012716

位置 Chr03:17775239-17777355 (+)

描述 Similar to CIPK1: CBL-interacting serine/threonine-protein kinase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g17510`	CIPK 丝氨酸-苏氨酸蛋白激酶与 CBL 蛋白相互作用。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0292200`	CIPK 丝氨酸-苏氨酸蛋白激酶与 CBL 蛋白相互作用。	暂无已核实直接文献
`Os05g0136200`	CIPK 丝氨酸-苏氨酸蛋白激酶与 CBL 蛋白相互作用。	暂无已核实直接文献
`Os07g0637000`	CIPK 丝氨酸-苏氨酸蛋白激酶与 CBL 蛋白相互作用。	暂无已核实直接文献
`Os01g0536000`	CIPK 丝氨酸-苏氨酸蛋白激酶与 CBL 蛋白相互作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012716 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0106310 protein serine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G17510

dosa:Os01g0292200

dosa:Os01g0536000

dosa:Os05g0136200

dosa:Os07g0637000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.543

排名 1 · LXL04_012716 · OH-1004

细胞核0.372

排名 2 · LXL04_012716 · OH-1004

细胞膜0.099

排名 3 · LXL04_012716 · OH-1004

线粒体0.077

排名 4 · LXL04_012716 · OH-1004

内质网0.065

排名 5 · LXL04_012716 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase22-92 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr23-92 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012716	`PF00069.32`	Pkinase	22	92	5.6e-14	52.9
LXL04_012716	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	23	92	1.4e-07	31.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RWC9`	拟南芥	CBL-interacting serine/threonine-protein kinase 1	60.000%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LGV5`	水稻	CBL-interacting protein kinase 1	65.714%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q75L42`	水稻	CBL-interacting protein kinase 17	60.526%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q0D4B2`	水稻	CBL-interacting protein kinase 21	50.526%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5JLD8`	水稻	CBL-interacting protein kinase 8	48.276%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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