LXL04_012674 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012674

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 16682198-16684574 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

933 bp · LXL04_012674|LXL04_012674|OH1004|cDNA

ATGAATAATTCGATTAGACCGTGGAACCACTCTCCGTCTGTTCTTTCAAGCTCCGATTGGAACAGCCGCGCTCCTCTCAGCTTCTCGCCGTCTTCAACAACCACACCTCCTCGAAACGACAAGGTAACTTTCAAAACCTTAACAATTTGTATCCATTGTGTGATTAATCGACTGTTTGACCCTTTATGCCCAAAAACGGAATCCTTTTGTCACTTGAAATACTTCACCATGGCTATGCTGTTCAAGGatccaaacaagat...

CDS

下载 CDS FASTA

933 bp · LXL04_012674|LXL04_012674|OH1004|CDS

ATGAATAATTCGATTAGACCGTGGAACCACTCTCCGTCTGTTCTTTCAAGCTCCGATTGGAACAGCCGCGCTCCTCTCAGCTTCTCGCCGTCTTCAACAACCACACCTCCTCGAAACGACAAGGTAACTTTCAAAACCTTAACAATTTGTATCCATTGTGTGATTAATCGACTGTTTGACCCTTTATGCCCAAAAACGGAATCCTTTTGTCACTTGAAATACTTCACCATGGCTATGCTGTTCAAGGATCCAAACAAGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

310 aa · LXL04_012674|LXL04_012674|OH1004|PROTEIN

MNNSIRPWNHSPSVLSSSDWNSRAPLSFSPSSTTTPPRNDKVTFKTLTICIHCVINRLFDPLCPKTESFCHLKYFTMAMLFKDPNKISAYRDRRFPGTQEEYEHALQTSTTVYIGNMSFYTTEEQLYELFSRAGEIKKIVMGLDKNTKTPCGFCFIMYYSREDTEDSVKYISGTILDDRPIRVDFDWGFQDGRQWGRGRSGGQLEEQRQVVDYGVGSLGSFQPPPMAANYGRHGGGGHGYGGSNRHGRGGDYQRKRYRDD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012674`
TK1151 ID	TkA02G546120
OH-1004 ID	LXL04_012674
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	90.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 88.475 / OH-1004 76.774 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012674

位置 Chr03:16682198-16684574 (+)

描述 Similar to CBP20: Nuclear cap-binding protein subunit 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g44200`	帽结合复合物的组成部分，与前体 mRNA 的 5' 帽共转录结合，并参与多种过程，例如前体 mRNA 剪接和 microRNA 介导的 RNA 介导的基因沉默。	Dual roles of the nuclear cap-binding complex and SERRATE in pre-mRNA splicing and microRNA processing in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0802493105 Two cap-binding proteins CBP20 and CBP80 are involved in processing primary MicroRNAs.2008 · DOI: 10.1093/pcp/pcn146 FRIGIDA delays flowering in Arabidopsis via a cotranscriptional mechanism involving direct interaction with the nuclear cap-binding complex.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.137448

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0612300`	罩帽结合复合物（CBC）的组成部分，可在转录过程中结合前体mRNA的5'帽，并参与前体mRNA剪接以及由微RNA（miRNA）介导的RNA沉默（RNAi）等多种过程。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012674 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000184 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay 生物过程

GO:0000380 alternative mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0000394 RNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation 生物过程

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0000956 nuclear-transcribed mRNA catabolic process 生物过程

GO:0002191 cap-dependent translational initiation 生物过程

GO:0006406 mRNA export from nucleus 生物过程

GO:0006408 snRNA export from nucleus 生物过程

GO:0006446 regulation of translational initiation 生物过程

GO:0008334 histone mRNA metabolic process 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0016070 RNA metabolic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G44200

bta:510872

dosa:Os02g0612300

hsa:22916

isc:8026041

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.741

排名 1 · LXL04_012674 · OH-1004

细胞质0.385

排名 2 · LXL04_012674 · OH-1004

线粒体0.031

排名 3 · LXL04_012674 · OH-1004

细胞膜0.026

排名 4 · LXL04_012674 · OH-1004

内质网0.023

排名 5 · LXL04_012674 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00076.29RRM_1112-182 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012674	`PF00076.29`	RRM_1	112	182	6.1e-14	52.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9XFD1`	拟南芥	Nuclear cap-binding protein subunit 2	69.008%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q84L14`	水稻	Nuclear cap-binding protein subunit 2	63.415%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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