LXL04_012591 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012591

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 15229259-15232098 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1407 bp · LXL04_012591|LXL04_012591|OH1004|cDNA

ATGGCGGGTAATGGCAGAGGAACCGCTGGAGATTATTTATCGGGGAAACGGACGCATGACGGAGACCGGAGGACAGTATATGGGAGTGACTATCGGTTCAGTTCTTGTAACGTGGAAGATAATCGCGCTTTTCGTAAGGATTACCATGGCCCAGATCTCGAAGCTAGGGCTGAACCAAAGACGCCTAACTTTCCTGGGTTTCCCAAAAATGAAGCGATGCATGAAGAGGAAGTAGAGAAGTTTGTTGAAGAGCATTATAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1407 bp · LXL04_012591|LXL04_012591|OH1004|CDS

ATGGCGGGTAATGGCAGAGGAACCGCTGGAGATTATTTATCGGGGAAACGGACGCATGACGGAGACCGGAGGACAGTATATGGGAGTGACTATCGGTTCAGTTCTTGTAACGTGGAAGATAATCGCGCTTTTCGTAAGGATTACCATGGCCCAGATCTCGAAGCTAGGGCTGAACCAAAGACGCCTAACTTTCCTGGGTTTCCCAAAAATGAAGCGATGCATGAAGAGGAAGTAGAGAAGTTTGTTGAAGAGCATTATAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

468 aa · LXL04_012591|LXL04_012591|OH1004|PROTEIN

MAGNGRGTAGDYLSGKRTHDGDRRTVYGSDYRFSSCNVEDNRAFRKDYHGPDLEARAEPKTPNFPGFPKNEAMHEEEVEKFVEEHYKPFRSKYGGVSVGTWCRVKRGKYMGDLAQVVNVNEFQRKATVKLLPRIDLQAMVKKYSGVADYQYTSPAPRLITSGELNAYRLRVRQSLDPDTGDLYEVFDGMKLKDGYVFKKLALDSLNFSNFKPSEAELMKFNGKPDESNYVNNKQTMNNNNQVGEGLSSSYMNNNFEVPDR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012591`
TK1151 ID	TkA02G551230
OH-1004 ID	LXL04_012591
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.356 / OH-1004 86.538 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012591

位置 Chr03:15229259-15232098 (+)

描述 Similar to RDM3: Protein RNA-directed DNA methylation 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g04290`	由小干扰 RNA（siRNA，24-nt RNA）触发的 RNA 引导 DNA 甲基化（RdDM）的效应器。	An effector of RNA-directed DNA methylation in arabidopsis is an ARGONAUTE 4- and RNA-binding protein.2009 · DOI: 10.1016/j.cell.2009.04.028 Identification of genes required for de novo DNA methylation in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.4161/epi.6.3.14242 Independent chromatin binding of ARGONAUTE4 and SPT5L/KTF1 mediates transcriptional gene silencing.2011 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1002120
`At2g34210`	可能通过RNA聚合酶II调控转录延伸。	暂无已核实直接文献
`At4g08350`	可能通过RNA聚合酶II调控转录延伸。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012591 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006368 transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006412 translation 生物过程

GO:0030422 siRNA processing 生物过程

GO:0031507 heterochromatin formation 生物过程

GO:0032784 regulation of DNA-templated transcription elongation 生物过程

GO:0080188 gene silencing by siRNA-directed DNA methylation 生物过程

GO:0000785 chromatin 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005840 ribosome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G34210

ath:AT4G08350

ath:AT5G04290

cne:CNA06210

uma:UMAG_10033

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.808

排名 1 · LXL04_012591 · OH-1004

细胞质0.193

排名 2 · LXL04_012591 · OH-1004

细胞膜0.048

排名 3 · LXL04_012591 · OH-1004

内质网0.030

排名 4 · LXL04_012591 · OH-1004

质体0.029

排名 5 · LXL04_012591 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23042.3KOW1_SPT597-220 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012591	`PF23042.3`	KOW1_SPT5	97	220	4.1e-23	83.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JW79`	拟南芥	Protein RNA-directed DNA methylation 3	50.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O80770`	拟南芥	Putative transcription elongation factor SPT5 homolog 2	37.342%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9STN3`	拟南芥	Putative transcription elongation factor SPT5 homolog 1	42.446%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情