LXL04_012584 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012584

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 15129200-15134691 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3204 bp · LXL04_012584|LXL04_012584|OH1004|cDNA

ATGGGACTCTTTGACAATTTGCCTGTTCCTCAAGATAAAGCGTATTTGAGAGATGATCTTGAGAATGTAGATGAGAGCTGGACAGTGGCACGGTTTGATTCATTACCTCATGTCGTCCATATCTTGACCTCAAAAGATCGAGATGCAGAAGTCCAAACATTGAAAGACCAGAGTGATATTGTTGAAGAAGTTGTGGATGAAGTTGTTCAAACTTATCATGGTGGATTCAATAGAGCAATTCAGAATTACTCACAGATATT...

CDS

下载 CDS FASTA

3204 bp · LXL04_012584|LXL04_012584|OH1004|CDS

ATGGGACTCTTTGACAATTTGCCTGTTCCTCAAGATAAAGCGTATTTGAGAGATGATCTTGAGAATGTAGATGAGAGCTGGACAGTGGCACGGTTTGATTCATTACCTCATGTCGTCCATATCTTGACCTCAAAAGATCGAGATGCAGAAGTCCAAACATTGAAAGACCAGAGTGATATTGTTGAAGAAGTTGTGGATGAAGTTGTTCAAACTTATCATGGTGGATTCAATAGAGCAATTCAGAATTACTCACAGATATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1067 aa · LXL04_012584|LXL04_012584|OH1004|PROTEIN

MGLFDNLPVPQDKAYLRDDLENVDESWTVARFDSLPHVVHILTSKDRDAEVQTLKDQSDIVEEVVDEVVQTYHGGFNRAIQNYSQILRLFSESTTSIRTLKVDLGNAKKVISARNKQLHQLWYRSMTLRHIISLLDQIENIAQVPNRINKLIDDNQFYAAVQVHVQSSRMLEREGLQTVGALQDVRSELSKLRGVLFYKVLESLHAHLYNTGEYSSATPSMNEKDDAIPTTTVAAFSMTHSQSLSRRTRLQKGDSHVGIA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012584`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012584

位置 Chr03:15129200-15134691 (-)

描述 Similar to SEC8: Exocyst complex component SEC8

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g10380`	胞吐复合体（exocyst）的组分，参与调控性或极性分泌过程中，胞吐囊泡与质膜融合位点的对接。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012584 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000212 meiotic spindle organization 生物过程

GO:0000281 mitotic cytokinesis 生物过程

GO:0000916 actomyosin contractile ring contraction 生物过程

GO:0006887 exocytosis 生物过程

GO:0006893 Golgi to plasma membrane transport 生物过程

GO:0006904 vesicle docking involved in exocytosis 生物过程

GO:0007009 plasma membrane organization 生物过程

GO:0007110 meiosis I cytokinesis 生物过程

GO:0007111 meiosis II cytokinesis 生物过程

GO:0007286 spermatid development 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016080 synaptic vesicle targeting 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G10380

dme:Dmel_CG2095

hsa:60412

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.518

排名 1 · LXL04_012584 · OH-1004

高尔基体0.290

排名 2 · LXL04_012584 · OH-1004

细胞膜0.224

排名 3 · LXL04_012584 · OH-1004

溶酶体／液泡0.203

排名 4 · LXL04_012584 · OH-1004

细胞核0.137

排名 5 · LXL04_012584 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04048.21Sec8_N16-150 aa

PF10475.16Vps54_N27-204 aa

PF20651.4EXOC6_Sec15_N62-216 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012584	`PF04048.21`	Sec8_N	16	150	1.3e-34	119.8
LXL04_012584	`PF10475.16`	Vps54_N	27	204	9.8e-08	32.4
LXL04_012584	`PF20651.4`	EXOC6_Sec15_N	62	216	2.4e-07	31.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93YU5`	拟南芥	Exocyst complex component SEC8	67.606%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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