LXL04_012430 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012430

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 12155147-12156779 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

945 bp · LXL04_012430|LXL04_012430|OH1004|cDNA

ATGAGCACAGAAGATTTACCAAAGAACGAGGCCCAGGTGTTGAAGGGGCATGAAGGTGCTGTTTTAACGGCAAGGTTCAACAAAGACGGAAATTATTGTCTCACCGGAGGTAAAGATCGGACTATTCGCCTATGGAATCCTCACCGGGGTATTCATATTAAGACGTACAAATCCCATGGTCGTGAAGTTCGAGACGTCCACGTTACAGCAGACAATTCAAAAATCTGTTCATGTGGTGGTGATCGTCAAGTCTTCTATTG...

CDS

下载 CDS FASTA

945 bp · LXL04_012430|LXL04_012430|OH1004|CDS

ATGAGCACAGAAGATTTACCAAAGAACGAGGCCCAGGTGTTGAAGGGGCATGAAGGTGCTGTTTTAACGGCAAGGTTCAACAAAGACGGAAATTATTGTCTCACCGGAGGTAAAGATCGGACTATTCGCCTATGGAATCCTCACCGGGGTATTCATATTAAGACGTACAAATCCCATGGTCGTGAAGTTCGAGACGTCCACGTTACAGCAGACAATTCAAAAATCTGTTCATGTGGTGGTGATCGTCAAGTCTTCTATTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

314 aa · LXL04_012430|LXL04_012430|OH1004|PROTEIN

MSTEDLPKNEAQVLKGHEGAVLTARFNKDGNYCLTGGKDRTIRLWNPHRGIHIKTYKSHGREVRDVHVTADNSKICSCGGDRQVFYWDVSTGRVIRKFRGHDSEVNAVKFNEYSSVVVSAGYDRSVRAWDCRSHSTEPIQIIDTFLDSVMSVCLTKTEIIAGSVDGTVRTFDIRMGRELSDDLGQPVNCISLSNDGNCVLASCLDSTLRLLDRTSGELLQEYKGHTCKSFKMDCCLSNSDAYVVGGSEDGRLFFWDLVDA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012430`
TK1151 ID	TkA02G561730
OH-1004 ID	LXL04_012430
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_012430`
位置	Chr03:12155147-12156779 (-)
描述	Similar to WDR83: WD repeat domain-containing protein 83
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_012430` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions 生物过程 GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0001666 response to hypoxia 生物过程 GO:0009611 response to wounding 生物过程 GO:0032496 response to lipopolysaccharide 生物过程 GO:0043122 regulation of canonical NF-kappaB signal transduction 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005764 lysosome 细胞组分 GO:0010008 endosome membrane 细胞组分 GO:0071013 catalytic step 2 spliceosome 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	hsa:84292 mmu:67836 rno:288924 xla:734767 xtr:496482 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.568

排名 1 · LXL04_012430 · OH-1004

细胞核0.383

排名 2 · LXL04_012430 · OH-1004

溶酶体／液泡0.107

排名 3 · LXL04_012430 · OH-1004

细胞膜0.068

排名 4 · LXL04_012430 · OH-1004

高尔基体0.064

排名 5 · LXL04_012430 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st9-173 aa

PF25047.1Beta-prop_TEP1_2nd10-133 aa

PF00400.39WD4011-46 aa

PF24814.2WD40_Prp1911-70 aa

PF24105.2Beta-prop_CAF1B_HIR111-96 aa

PF24780.2WD40_MABP1-WDR62_1st11-130 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st12-80 aa

PF24805.2EIF3I13-251 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012430	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	9	173	3.6e-35	122.1
LXL04_012430	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	10	133	6.4e-23	81.9
LXL04_012430	`PF00400.39`	WD40	11	46	2.8e-40	135.7
LXL04_012430	`PF24814.2`	WD40_Prp19	11	70	5.5e-35	121.5
LXL04_012430	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	11	96	8e-15	55.4
LXL04_012430	`PF24780.2`	WD40_MABP1-WDR62_1st	11	130	1.6e-10	41.5
LXL04_012430	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	12	80	1.7e-36	126.7
LXL04_012430	`PF24805.2`	EIF3I	13	251	2.1e-26	93.6
LXL04_012430	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	13	156	8.4e-19	68.5
LXL04_012430	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	14	286	8.3e-58	196.7
LXL04_012430	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	14	93	8.1e-40	137.3
LXL04_012430	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	14	130	3.4e-25	89.6
LXL04_012430	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	15	148	1.9e-23	84.0
LXL04_012430	`PF23393.3`	Beta-prop_WDR90_POC16_2nd	15	88	1.5e-10	41.5
LXL04_012430	`PF13570.14`	Beta-prop_ACSF4	25	178	8.9e-13	49.0
LXL04_012430	`PF24782.3`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	27	129	1.2e-14	54.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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