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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_012413
当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 11830206-11832572 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1779 bp · LXL04_012413|LXL04_012413|OH1004|cDNA

ATGGAAAATTCAGTTGATAGCAGTGTAAAAAAGGACGAATTTGATTCGTTCGATAGCATAACAACAAGCTTGAGTTCGAGTAATTCAGTCGCTTCTTCTAAAGAATCTTGTTCTTCCGATTCTCCTCTTGGTTGGCCTATTCGAAAGGCTCAAGTGACTAGCGAATGTGATGTTTCTCAAGAAAAATCCAAATCAAAAACCCATTTCGACAGTGAATCCAAAATCAAGAAAATGGGTGCAACAGTTTCAGCAGAAATGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1779 bp · LXL04_012413|LXL04_012413|OH1004|CDS

ATGGAAAATTCAGTTGATAGCAGTGTAAAAAAGGACGAATTTGATTCGTTCGATAGCATAACAACAAGCTTGAGTTCGAGTAATTCAGTCGCTTCTTCTAAAGAATCTTGTTCTTCCGATTCTCCTCTTGGTTGGCCTATTCGAAAGGCTCAAGTGACTAGCGAATGTGATGTTTCTCAAGAAAAATCCAAATCAAAAACCCATTTCGACAGTGAATCCAAAATCAAGAAAATGGGTGCAACAGTTTCAGCAGAAATGGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

592 aa · LXL04_012413|LXL04_012413|OH1004|PROTEIN

MENSVDSSVKKDEFDSFDSITTSLSSSNSVASSKESCSSDSPLGWPIRKAQVTSECDVSQEKSKSKTHFDSESKIKKMGATVSAEMELMKERFGKLLLGEDMSGSGKGVCTALAISNSITNLFATAFGQLWRLEPFPYEKKRMWQREMECLLCVSDHIVEFKPSWQTLADGSKLEIMTCRPRSDIFVNLPALRKLDNMLLAILDSFTSTEFWYVDKGITTPEPTFHKPLQRQEDKWWLPVPRVPANGLHEATRKQLNHKR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_012413
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_012413
位置Chr03:11830206-11832572 (-)
描述Similar to ROPGEF5: Rop guanine nucleotide exchange factor 5
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g05940 鸟嘌呤核苷酸交换因子 (GEF)，通过促进 GDP 与 GTP 的交换，充当 Rop（植物的 Rho）GTP 酶的激活剂。 暂无已核实直接文献
At5g02010 鸟嘌呤核苷酸交换因子 (GEF)，通过促进 GDP 与 GTP 的交换，充当 Rop（植物的 Rho）GTP 酶的激活剂。
RopGEF7 regulates PLETHORA-dependent maintenance of the root stem cell niche in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.085514
At3g55660 鸟嘌呤核苷酸交换因子 (GEF)，通过促进 GDP 与 GTP 的交换，充当 Rop（植物的 Rho）GTP 酶的激活剂。 暂无已核实直接文献
At4g38430 鸟嘌呤核苷酸交换因子 ，通过促进 GDP 与 GTP 的交换，充当 RopGTP 酶的激活剂。
Members of a novel class of Arabidopsis Rho guanine nucleotide exchange factors control Rho GTPase-dependent polar growth.2006 · DOI: 10.1105/tpc.105.036434
ROPGEF1 and ROPGEF4 are functional regulators of ROP11 GTPase in ABA-mediated stomatal closure in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1016/j.febslet.2012.03.040
AtPRK2 promotes ROP1 activation via RopGEFs in the control of polarized pollen tube growth.2013 · DOI: 10.1093/mp/sss103
At4g00460 鸟嘌呤核苷酸交换因子 (GEF)，通过促进 GDP 与 GTP 的交换，充当 Rop（植物的 Rho）GTP 酶的激活剂。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012413 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009664 plant-type cell wall organization 生物过程
GO:0009860 pollen tube growth 生物过程
GO:0080092 regulation of pollen tube growth 生物过程
GO:2000012 regulation of auxin polar transport 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0016324 apical plasma membrane 细胞组分
GO:0005085 guanyl-nucleotide exchange factor activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G55660
ath:AT4G00460
ath:AT4G38430
ath:AT5G02010
ath:AT5G05940
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.486
排名 1 · LXL04_012413 · OH-1004
细胞质0.410
排名 2 · LXL04_012413 · OH-1004
细胞膜0.078
排名 3 · LXL04_012413 · OH-1004
线粒体0.077
排名 4 · LXL04_012413 · OH-1004
高尔基体0.043
排名 5 · LXL04_012413 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03759.19PRONE85-404 aa
PF03759.19PRONE417-460 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_012413PF03759.19PRONE854046.2e-169562.3
LXL04_012413PF03759.19PRONE4174606.2e-169562.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4K295拟南芥Rop guanine nucleotide exchange factor 558.240%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9LZN0拟南芥Rop guanine nucleotide exchange factor 762.806%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9M056拟南芥Rop guanine nucleotide exchange factor 652.037%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q93ZY2拟南芥Rop guanine nucleotide exchange factor 155.479%Swiss-Prot强数据库同源证据
A4IJ27拟南芥Rop guanine nucleotide exchange factor 350.889%Swiss-Prot强数据库同源证据

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