LXL04_012367 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012367

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 11118138-11119565 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

465 bp · LXL04_012367|LXL04_012367|OH1004|cDNA

ATGACGATCGGAGTAATGGAGGTGAATCTGGTGGATGCTCGTGGTCTCAGCAATTCCGATTTCCTCAACAACATGGATCCATACGTGTTGATTCAATACAAAAGCCAAGAACACAAGAGCACTATTGCCAAAGGGCAGGGCAGCAAGCCAAGCTGGaatgaaaattttaaattcaGGGTAGAATTTCCAGGAGGAGATGAACAACCGAAGCTTGTTTTGAAGATAATGGACCATGATACATTCTCAGCTGATGACTACAT...

CDS

下载 CDS FASTA

465 bp · LXL04_012367|LXL04_012367|OH1004|CDS

ATGACGATCGGAGTAATGGAGGTGAATCTGGTGGATGCTCGTGGTCTCAGCAATTCCGATTTCCTCAACAACATGGATCCATACGTGTTGATTCAATACAAAAGCCAAGAACACAAGAGCACTATTGCCAAAGGGCAGGGCAGCAAGCCAAGCTGGAATGAAAATTTTAAATTCAGGGTAGAATTTCCAGGAGGAGATGAACAACCGAAGCTTGTTTTGAAGATAATGGACCATGATACATTCTCAGCTGATGACTACAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

154 aa · LXL04_012367|LXL04_012367|OH1004|PROTEIN

MTIGVMEVNLVDARGLSNSDFLNNMDPYVLIQYKSQEHKSTIAKGQGSKPSWNENFKFRVEFPGGDEQPKLVLKIMDHDTFSADDYIGQTTIYLKEVLELGVENGTSELRVQKYSIVDSSQSYSGDIRVGVSFTPRVENESYAQEFGGWKESQW

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012367`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012367

位置 Chr03:11118138-11119565 (+)

描述 Similar to PP16-1: 16 kDa phloem protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g55470`	能结合正义链和反义链RNA。	Solution NMR Structure and Backbone Dynamics of Partially Disordered Arabidopsis thaliana Phloem Protein 16-1, a Putative mRNA Transporter.2018 · DOI: 10.1021/acs.biochem.7b01071

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0841700`	可能在植物防御信号传导中起作用（可能）。	Rice C2-domain proteins are induced and translocated to the plasma membrane in response to a fungal elicitor.2003 · DOI: 10.1021/bi034576n
`UniProt: A2WWV5`	可能在植物防御信号传导中起作用。	暂无已核实直接文献
`Os04g0531100`	可能在植物防御信号传导中起作用（可能）。	Rice OsERG3 encodes an unusual small C2-domain protein containing a Ca(2+)-binding module but lacking phospholipid-binding properties.2011 · DOI: 10.1016/j.bbagen.2011.06.021

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012367 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0005544 calcium-dependent phospholipid binding 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G55470

dosa:Os01g0841700

dosa:Os04g0531100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.421

排名 1 · LXL04_012367 · OH-1004

细胞质0.380

排名 2 · LXL04_012367 · OH-1004

细胞核0.226

排名 3 · LXL04_012367 · OH-1004

溶酶体／液泡0.107

排名 4 · LXL04_012367 · OH-1004

内质网0.099

排名 5 · LXL04_012367 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00168.37C25-104 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012367	`PF00168.37`	C2	5	104	6.5e-21	75.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M2T2`	拟南芥	16 kDa phloem protein 1	51.299%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0JHU5`	水稻	Elicitor-responsive protein 1	46.711%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`A2WWV5`	水稻	Elicitor-responsive protein 1	46.711%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q0JBH9`	水稻	Elicitor-responsive protein 3	39.610%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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