LXL04_012080 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012080

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 6021440-6022312 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

873 bp · LXL04_012080|LXL04_012080|OH1004|cDNA

ATGGCGTCACCTGATCAATCTTCAGCTTTAGACCTTATTCGTCAGCACCTTCTAATCGATGATCTATCCTTCTTTCAAACATACTCTGCTCTCTCCGATAATGATTCAAACAGTAAGCAGACATCTGATTTTCTTTTCCCTCAAGTTTCATCCGGTAATTCTCCTTCTTGTTCACCTACATCCCCTGTTTTTGAACCTTTCAGAAACTCTGTTTCCGATGAAAGTTTTGAATTGAACGTGAAGCAAGAACCCGTGGTTAG...

CDS

下载 CDS FASTA

873 bp · LXL04_012080|LXL04_012080|OH1004|CDS

ATGGCGTCACCTGATCAATCTTCAGCTTTAGACCTTATTCGTCAGCACCTTCTAATCGATGATCTATCCTTCTTTCAAACATACTCTGCTCTCTCCGATAATGATTCAAACAGTAAGCAGACATCTGATTTTCTTTTCCCTCAAGTTTCATCCGGTAATTCTCCTTCTTGTTCACCTACATCCCCTGTTTTTGAACCTTTCAGAAACTCTGTTTCCGATGAAAGTTTTGAATTGAACGTGAAGCAAGAACCCGTGGTTAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

290 aa · LXL04_012080|LXL04_012080|OH1004|PROTEIN

MASPDQSSALDLIRQHLLIDDLSFFQTYSALSDNDSNSKQTSDFLFPQVSSGNSPSCSPTSPVFEPFRNSVSDESFELNVKQEPVVSKNPWSSFNERKPLLNISIPFPPPVIQKQSVAEGVEERRHYRGVRQRPWGKFAAEIRDPNKKGTRVWLGTFDTAVEAAKAYDRAAFKLRGSKAILNFPLETGNLKEAAEQPVLKSSGRKRVAREAEVEETESRKEVKKETETEMEVAESGSVKITDAAVGPLTPSCWTTVWDFA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012080`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012080

位置 Chr03:6021440-6022312 (-)

描述 Similar to ERF5: Ethylene-responsive transcription factor 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g51190`	可能充当转录激活因子。	暂无已核实直接文献
`At5g61600`	可能充当转录激活因子。	暂无已核实直接文献
`At5g47230`	作为转录激活剂。	Arabidopsis ethylene-responsive element binding factors act as transcriptional activators or repressors of GCC box-mediated gene expression.2000 · DOI: 10.1105/tpc.12.3.393

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012080 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0070482 response to oxygen levels 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G47230

ath:AT5G51190

ath:AT5G61600

nsy:104249597

nta:107790518

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.968

排名 1 · LXL04_012080 · OH-1004

细胞质0.095

排名 2 · LXL04_012080 · OH-1004

细胞膜0.027

排名 3 · LXL04_012080 · OH-1004

内质网0.020

排名 4 · LXL04_012080 · OH-1004

质体0.016

排名 5 · LXL04_012080 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00847.27AP2126-177 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012080	`PF00847.27`	AP2	126	177	3.5e-16	59.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VY90`	拟南芥	Ethylene-responsive transcription factor ERF105	51.531%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FKG1`	拟南芥	Ethylene-responsive transcription factor ERF104	40.143%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O80341`	拟南芥	Ethylene-responsive transcription factor 5	46.569%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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