LXL04_012078 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012078

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 5994273-5999966 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2274 bp · LXL04_012078|LXL04_012078|OH1004|cDNA

ATGACCATAGCTTTTGATCCGTCAATCTCATCTGACTACAGACTCGTATACGTATGTGGTTTAGGAAATGTTAATATTACCGGTGAAGGTGAAACGAATTACCAGATCGAAGTTTTCTCCTCGACAACACGCACATGGAAGACTTCATGTCAATTTTCATTTGATAGCAGAATCGATTTGGATTTTAAGCGTGGTGTTTATTGGAACAATGCGATCCATTGGCTTCAAATCGGGGGATATATTTTGTATTTCGATTTGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2274 bp · LXL04_012078|LXL04_012078|OH1004|CDS

ATGACCATAGCTTTTGATCCGTCAATCTCATCTGACTACAGACTCGTATACGTATGTGGTTTAGGAAATGTTAATATTACCGGTGAAGGTGAAACGAATTACCAGATCGAAGTTTTCTCCTCGACAACACGCACATGGAAGACTTCATGTCAATTTTCATTTGATAGCAGAATCGATTTGGATTTTAAGCGTGGTGTTTATTGGAACAATGCGATCCATTGGCTTCAAATCGGGGGATATATTTTGTATTTCGATTTGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

757 aa · LXL04_012078|LXL04_012078|OH1004|PROTEIN

MTIAFDPSISSDYRLVYVCGLGNVNITGEGETNYQIEVFSSTTRTWKTSCQFSFDSRIDLDFKRGVYWNNAIHWLQIGGYILYFDLDEEIIHKKQTPLKLLGLDADSNRIFESRDRLLLVELELVSLNSKFKIHELKRDYSEWSVKYLVDIEEVGGLFPEIMNPRLATKFQFDIQSLVLGEKEGDCFLVLEIIGKALRYNLVTKTFHKLNDFPASRFPKYYRLFTGMPYVFPFVDLFPLFSLKVSADILHPKPDDAGDSF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012078`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012078

位置 Chr03:5994273-5999966 (-)

描述 Similar to At5g07610: F-box protein At5g07610

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g07610`	F-box蛋白 At5g07610。	暂无已核实直接文献
`At3g10430`	推测 F-box 蛋白 At3g10430。	暂无已核实直接文献
`At3g08750`	F-盒蛋白 At3g08750。	暂无已核实直接文献
`At4g19940`	F-盒蛋白 At4g19940。	暂无已核实直接文献
`At3g22730`	推定F-box/kelch重复蛋白At3g22730。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012078 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G08750

ath:AT3G10430

ath:AT4G19940

ath:AT5G07610

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.676

排名 1 · LXL04_012078 · OH-1004

细胞核0.397

排名 2 · LXL04_012078 · OH-1004

细胞膜0.095

排名 3 · LXL04_012078 · OH-1004

内质网0.075

排名 4 · LXL04_012078 · OH-1004

溶酶体／液泡0.035

排名 5 · LXL04_012078 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646.39F-box375-410 aa

PF07734.19FBA_1461-616 aa

PF03478.25Beta-prop_KIB1-4482-661 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012078	`PF00646.39`	F-box	375	410	1.1e-06	29.0
LXL04_012078	`PF07734.19`	FBA_1	461	616	2.7e-09	37.2
LXL04_012078	`PF03478.25`	Beta-prop_KIB1-4	482	661	5.7e-09	36.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FLS0`	拟南芥	F-box protein At5g07610	30.612%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9CAE7`	拟南芥	Putative F-box protein At3g10430	26.749%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9C9Y4`	拟南芥	F-box protein At3g08750	25.207%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O49421`	拟南芥	F-box protein At4g19940	27.064%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LUI8`	拟南芥	Putative F-box/kelch-repeat protein At3g22730	22.118%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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