LXL04_012015 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012015

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 4815637-4820025 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

447 bp · LXL04_012015|LXL04_012015|OH1004|cDNA

ATGGGGAAAGATCTGAGCGACGATCAAGTTTCTTCTATGAAAGAAGCCTTTACGCTTTTTGACACCGACGGCGACGGAAAGATTGCACCATCGGAGCTCGGAATCCTTATGCGTTCCCTCGGCGGAAACCCTACCCAAGCTCAACTAAAGACTATAATCGCTGAAGAAAAACTCACATCTCCCTTCGATTTCAAACGTTTCCTTGAGTTAATGTCGAAACATCTCAAACCTGAGCCCTTCGATCGCCAGCTCCGTGATGC...

CDS

下载 CDS FASTA

447 bp · LXL04_012015|LXL04_012015|OH1004|CDS

ATGGGGAAAGATCTGAGCGACGATCAAGTTTCTTCTATGAAAGAAGCCTTTACGCTTTTTGACACCGACGGCGACGGAAAGATTGCACCATCGGAGCTCGGAATCCTTATGCGTTCCCTCGGCGGAAACCCTACCCAAGCTCAACTAAAGACTATAATCGCTGAAGAAAAACTCACATCTCCCTTCGATTTCAAACGTTTCCTTGAGTTAATGTCGAAACATCTCAAACCTGAGCCCTTCGATCGCCAGCTCCGTGATGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

148 aa · LXL04_012015|LXL04_012015|OH1004|PROTEIN

MGKDLSDDQVSSMKEAFTLFDTDGDGKIAPSELGILMRSLGGNPTQAQLKTIIAEEKLTSPFDFKRFLELMSKHLKPEPFDRQLRDAFKVIDKDATGYVVVADLKHILTSIGEKLEPAEFDEWIREVDVGSDGKIKESGCAKSARQTC

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012015`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012015

位置 Chr03:4815637-4820025 (+)

描述 Similar to CML13: Probable calcium-binding protein CML13

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g12310`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`At1g62820`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`At5g21274`	钙调蛋白介导Ca²⁺对多种酶、离子通道及其他蛋白质的调控。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0117400`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012015 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0019722 calcium-mediated signaling 生物过程

GO:0071548 response to dexamethasone 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0016460 myosin II complex 细胞组分

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

GO:0030234 enzyme regulator activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G12310

ath:AT1G62820

ath:AT5G21274

dosa:Os08g0117400

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.682

排名 1 · LXL04_012015 · OH-1004

细胞核0.239

排名 2 · LXL04_012015 · OH-1004

细胞膜0.096

排名 3 · LXL04_012015 · OH-1004

内质网0.084

排名 4 · LXL04_012015 · OH-1004

线粒体0.065

排名 5 · LXL04_012015 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13499.13EF-hand_712-55 aa

PF13405.13EF-hand_613-41 aa

PF00036.39EF-hand_113-40 aa

PF13202.13EF-hand_514-35 aa

PF30551.1CFAP251_C25-127 aa

PF13499.13EF-hand_782-135 aa

PF13405.13EF-hand_683-112 aa

PF14658.13EF-hand_987-131 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012015	`PF13499.13`	EF-hand_7	12	55	5.1e-21	75.5
LXL04_012015	`PF13405.13`	EF-hand_6	13	41	1.5e-16	59.2
LXL04_012015	`PF00036.39`	EF-hand_1	13	40	1.5e-13	49.9
LXL04_012015	`PF13202.13`	EF-hand_5	14	35	9.8e-08	31.9
LXL04_012015	`PF30551.1`	CFAP251_C	25	127	1e-06	29.2
LXL04_012015	`PF13499.13`	EF-hand_7	82	135	5.1e-21	75.5
LXL04_012015	`PF13405.13`	EF-hand_6	83	112	1.5e-16	59.2
LXL04_012015	`PF14658.13`	EF-hand_9	87	131	3.2e-08	34.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94AZ4`	拟南芥	Probable calcium-binding protein CML13	86.131%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8VZ50`	拟南芥	Probable calcium-binding protein CML14	81.752%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q03509`	拟南芥	Calmodulin-6	48.551%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q84VG0`	水稻	Probable calcium-binding protein CML7	77.037%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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