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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_012011
当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 4785111-4787728 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2112 bp · LXL04_012011|LXL04_012011|OH1004|cDNA

ATGGCTCGTGCTGAAAACCACACTCCGAGCATTACAACAAACAAAATCGTTAGCATCCCAACCATTTATCTTTACCTGAAGGAAACATTCCATAGTAAAGAAAGAGCGAAAATGGGTGTTTCATCGTTTCTTTTGTTGCTCTCTCTGTTCTTCACCATATTGTGTGCACCAACTGTTTGTGGAAACGCAGAGCTTCGAGCCCTGATGGACATCAAGACCAGTCTAGACCCATACAACCTACATTTGGGCTCCTGGACTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

2112 bp · LXL04_012011|LXL04_012011|OH1004|CDS

ATGGCTCGTGCTGAAAACCACACTCCGAGCATTACAACAAACAAAATCGTTAGCATCCCAACCATTTATCTTTACCTGAAGGAAACATTCCATAGTAAAGAAAGAGCGAAAATGGGTGTTTCATCGTTTCTTTTGTTGCTCTCTCTGTTCTTCACCATATTGTGTGCACCAACTGTTTGTGGAAACGCAGAGCTTCGAGCCCTGATGGACATCAAGACCAGTCTAGACCCATACAACCTACATTTGGGCTCCTGGACTGT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

703 aa · LXL04_012011|LXL04_012011|OH1004|PROTEIN

MARAENHTPSITTNKIVSIPTIYLYLKETFHSKERAKMGVSSFLLLLSLFFTILCAPTVCGNAELRALMDIKTSLDPYNLHLGSWTVLGNHCDFEGVGCNEMGQVANISLQGKGLSGKLSPAFSELKHLTGLYLHYNSLSGDFPKEIANLTELSDLYLNVNNLSGSIPVELENMESLQVLQLCYNQFSGSIPTQLGSLKKLTVLSLQFNHLSGALPASLGDLALLTRLDLSFNRLFGSIPTRLADAPMLQVLDVRNNTLS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_012011
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_012011
位置Chr03:4785111-4787728 (-)
描述Similar to NIK2: Protein NSP-INTERACTING KINASE 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g20140 与GSO2共同参与胚胎和子叶表皮表面发育所需的受体样丝氨酸／苏氨酸激酶。
GASSHO1 and GASSHO2 encoding a putative leucine-rich repeat transmembrane-type receptor kinase are essential for the normal development of the epidermal surface in Arabidopsis embryos.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03395.x
The receptor-like kinases GSO1 and GSO2 together regulate root growth in Arabidopsis through control of cell division and cell fate specification.2014 · DOI: 10.1002/dvdy.24066
A peptide hormone required for Casparian strip diffusion barrier formation in Arabidopsis roots.2017 · DOI: 10.1126/science.aai9057
At5g44700 与 GSO1 一起，是在胚胎和子叶表皮表面发育过程中所需的受体样丝氨酸/苏氨酸激酶。
GASSHO1 and GASSHO2 encoding a putative leucine-rich repeat transmembrane-type receptor kinase are essential for the normal development of the epidermal surface in Arabidopsis embryos.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03395.x
The receptor-like kinases GSO1 and GSO2 together regulate root growth in Arabidopsis through control of cell division and cell fate specification.2014 · DOI: 10.1002/dvdy.24066
A peptide hormone required for Casparian strip diffusion barrier formation in Arabidopsis roots.2017 · DOI: 10.1126/science.aai9057
At3g25560 受体激酶，与其他CIK（如CIK1、CIK2、CIK3、CIK5和CIK6）冗余作用，作为CLV1、CLV2/CRN和RPK2的共受体，并且需要通过磷酸化介导CLAVATA家族肽（如CLV3、CLE25、CLE26和CLE45）信号；该信号调控原韧皮部分化及维持茎尖分生组织（SAM）和根尖分生组织（RAM）的稳态，并作用于BRX和OPS下游。 暂无已核实直接文献
At5g16000 可能作为受体激酶，参与分生组织稳态及原韧皮部分化的调控。
Regulated nuclear trafficking of rpL10A mediated by NIK1 represents a defense strategy of plant cells against virus.2008 · DOI: 10.1371/journal.ppat.1000247
NIK1-mediated translation suppression functions as a plant antiviral immunity mechanism.2015 · DOI: 10.1038/nature14171
CLERK is a novel receptor kinase required for sensing of root-active CLE peptides in Arabidopsis .2018 · DOI: 10.1242/dev.162354

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os02g0283800 可能通过油菜素甾醇（BR）信号通路参与调控植物生长。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012011 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0007165 signal transduction 生物过程
GO:0009611 response to wounding 生物过程
GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程
GO:0042659 regulation of cell fate specification 生物过程
GO:0045184 establishment of protein localization 生物过程
GO:0048638 regulation of developmental growth 生物过程
GO:0051302 regulation of cell division 生物过程
GO:0055075 potassium ion homeostasis 生物过程
GO:0090708 specification of plant organ axis polarity 生物过程
GO:0160073 Casparian strip assembly 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G25560
ath:AT4G20140
dosa:Os02g0283800
osa:4329032
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.846
排名 1 · LXL04_012011 · OH-1004
细胞质0.080
排名 2 · LXL04_012011 · OH-1004
内质网0.080
排名 3 · LXL04_012011 · OH-1004
细胞核0.067
排名 4 · LXL04_012011 · OH-1004
溶酶体／液泡0.023
排名 5 · LXL04_012011 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263.18LRRNT_262-100 aa
PF23598.2LRR_14118-256 aa
PF13855.13LRR_8122-163 aa
PF13855.13LRR_8176-235 aa
PF12799.14LRR_4176-211 aa
PF00069.32Pkinase438-696 aa
PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr439-698 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_012011PF08263.18LRRNT_2621002.4e-0628.4
LXL04_012011PF23598.2LRR_141182561.1e-0938.3
LXL04_012011PF13855.13LRR_81221632.6e-1453.4
LXL04_012011PF13855.13LRR_81762352.6e-1453.4
LXL04_012011PF12799.14LRR_41762112e-1041.3
LXL04_012011PF00069.32Pkinase4386962.4e-2796.7
LXL04_012011PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr4396986.8e-40137.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
C0LGQ5拟南芥LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase GSO130.064%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9FIZ3拟南芥LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase GSO229.665%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q8RY65拟南芥Protein CLAVATA3 INSENSITIVE RECEPTOR KINASE 628.111%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9LFS4拟南芥Protein CLAVATA3 INSENSITIVE RECEPTOR KINASE 529.694%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q6K4T4水稻LRR receptor kinase SERK228.043%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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