LXL04_011960 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_011960

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 3665470-3666078 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

609 bp · LXL04_011960|LXL04_011960|OH1004|cDNA

ATGGACCACCAAGAGAATCAACTTCTCTATAACTACGCACTAACGGACCCATTAGATTGCATGGCTAACCGTCGGCCCCCTCACAGGTCCTCCGCTTTTCAGCATCCTCAAAATGACAGTACCACCGTATCCGGCGGCTCCTCCGGCCGCCACCCAGTTTACCGTGGCATCAGACTCCGAGCTGGAAAATGGGTTTCTGAAATTCGTGAACCAAATCAGCCGACGCGTATATGGCTAGGCACGTATCCGACACCGGAGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

609 bp · LXL04_011960|LXL04_011960|OH1004|CDS

ATGGACCACCAAGAGAATCAACTTCTCTATAACTACGCACTAACGGACCCATTAGATTGCATGGCTAACCGTCGGCCCCCTCACAGGTCCTCCGCTTTTCAGCATCCTCAAAATGACAGTACCACCGTATCCGGCGGCTCCTCCGGCCGCCACCCAGTTTACCGTGGCATCAGACTCCGAGCTGGAAAATGGGTTTCTGAAATTCGTGAACCAAATCAGCCGACGCGTATATGGCTAGGCACGTATCCGACACCGGAGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

202 aa · LXL04_011960|LXL04_011960|OH1004|PROTEIN

MDHQENQLLYNYALTDPLDCMANRRPPHRSSAFQHPQNDSTTVSGGSSGRHPVYRGIRLRAGKWVSEIREPNQPTRIWLGTYPTPEMAAAAYDVAALALRGSTVVLNFPDSILSSTLPECPTADDIRAGAARAAAARAPANVGGGGSSMTSPGYFMDDDAEFGMPNMLSDMARGMLLSPPRDNSHSPDGGDDNSGGGSLWDY

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_011960`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_011960

位置 Chr03:3665470-3666078 (+)

描述 Similar to ERF025: Ethylene-responsive transcription factor ERF025

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g52020`	可能充当转录激活因子。	暂无已核实直接文献
`At5g51990`	特异性结合 DNA 序列 5'-[AG]CCGAC-3' 的转录激活剂。	Transcription factor CBF4 is a regulator of drought adaptation in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1104/pp.006478
`At4g25490`	特异性结合 DNA 序列 5'-[AG]CCGAC-3' 的转录激活剂。	Genetic and molecular analyses of natural variation indicate CBF2 as a candidate gene for underlying a freezing tolerance quantitative trait locus in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1104/pp.105.068510

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0968800`	特异性结合 DNA 序列 5'-[AG]CCGAC-3' 的转录激活剂。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2WZI4`	特异性结合 DNA 序列 5'-[AG]CCGAC-3' 的转录激活剂。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011960 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009631 cold acclimation 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程

GO:0019760 glucosinolate metabolic process 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0003677 DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G25490

ath:AT5G51990

ath:AT5G52020

dosa:Os01g0968800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.835

排名 1 · LXL04_011960 · OH-1004

细胞质0.215

排名 2 · LXL04_011960 · OH-1004

内质网0.059

排名 3 · LXL04_011960 · OH-1004

细胞膜0.052

排名 4 · LXL04_011960 · OH-1004

质体0.025

排名 5 · LXL04_011960 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00847.27AP252-101 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_011960	`PF00847.27`	AP2	52	101	4.5e-12	46.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FJ90`	拟南芥	Ethylene-responsive transcription factor ERF025	49.718%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FJ93`	拟南芥	Dehydration-responsive element-binding protein 1D	42.286%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P93835`	拟南芥	Dehydration-responsive element-binding protein 1B	47.093%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8S9Z5`	水稻	Dehydration-responsive element-binding protein 1F	52.980%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`A2WZI4`	水稻	Dehydration-responsive element-binding protein 1F	52.980%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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