LXL04_011917 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_011917

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 2745870-2751321 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2625 bp · LXL04_011917|LXL04_011917|OH1004|cDNA

ATGGCTACAAAATTCAGTAAATCCTACATTTTCTCTCTGGCTGTGTTTTTGTCTCTCATGTTTGTGTTGTCCATGGCTTTCACACCTCAAGACAACTTCCTCATCAACTGTGGTTCAACCAGAAACGCAATAGTCGACGGTAGAGAGTTTTTGGGTGATTCGAACAAACCCGGGTCGGGTTTTCTATCTACTGACAAATCAACCACTCTATCAAACCCGGACCGAAATTCGTCTGAGCTCTACACTACTGCGAGGGTTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2625 bp · LXL04_011917|LXL04_011917|OH1004|CDS

ATGGCTACAAAATTCAGTAAATCCTACATTTTCTCTCTGGCTGTGTTTTTGTCTCTCATGTTTGTGTTGTCCATGGCTTTCACACCTCAAGACAACTTCCTCATCAACTGTGGTTCAACCAGAAACGCAATAGTCGACGGTAGAGAGTTTTTGGGTGATTCGAACAAACCCGGGTCGGGTTTTCTATCTACTGACAAATCAACCACTCTATCAAACCCGGACCGAAATTCGTCTGAGCTCTACACTACTGCGAGGGTTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

874 aa · LXL04_011917|LXL04_011917|OH1004|PROTEIN

MATKFSKSYIFSLAVFLSLMFVLSMAFTPQDNFLINCGSTRNAIVDGREFLGDSNKPGSGFLSTDKSTTLSNPDRNSSELYTTARVFTSSSSYGFEIGKTGTHLVRLHFSPFSSQNFHLSSSNFSVSVHGSLILSNFRAEFTTVKEFILMVDGIHLDITFDPLGKTGFAFVTAIEVFSAPIDLIVDGGAKSINIDGVQEFKNLPSQILETVHRINVGGSKITPFNDTLWRSWVPDEEFLAIKSSAKIVTTTQLPNYQKGG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_011917`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_011917

位置 Chr03:2745870-2751321 (+)

描述 Similar to At5g24010: Probable receptor-like protein kinase At5g24010

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g24010`	可能的受体样蛋白激酶 At5g24010。	暂无已核实直接文献
`At3g46290`	营养生长过程中细胞伸长所需的受体样蛋白激酶，主要以油菜素甾醇独立的方式进行。	Three related receptor-like kinases are required for optimal cell elongation in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1073/pnas.0812346106
`At5g59700`	可能的受体样蛋白激酶 At5g59700。	暂无已核实直接文献
`At4g39110`	可能的受体样蛋白激酶 At4g39110。	暂无已核实直接文献
`At2g21480`	可能的受体样蛋白激酶At2g21480。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011917 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程

GO:0010483 pollen tube reception 生物过程

GO:0080092 regulation of pollen tube growth 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016324 apical plasma membrane 细胞组分

GO:0043680 filiform apparatus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G21480

ath:AT3G46290

ath:AT4G39110

ath:AT5G24010

ath:AT5G59700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.669

排名 1 · LXL04_011917 · OH-1004

内质网0.125

排名 2 · LXL04_011917 · OH-1004

细胞质0.099

排名 3 · LXL04_011917 · OH-1004

溶酶体／液泡0.097

排名 4 · LXL04_011917 · OH-1004

细胞核0.059

排名 5 · LXL04_011917 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11721.15Malectin34-137 aa

PF12819.14Malectin_like35-391 aa

PF00069.32Pkinase464-663 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr466-657 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_011917	`PF11721.15`	Malectin	34	137	1.5e-14	55.1
LXL04_011917	`PF12819.14`	Malectin_like	35	391	1.4e-26	94.3
LXL04_011917	`PF00069.32`	Pkinase	464	663	1.2e-39	137.0
LXL04_011917	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	466	657	4e-44	151.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FLW0`	拟南芥	Probable receptor-like protein kinase At5g24010	59.658%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LX66`	拟南芥	Receptor-like protein kinase HERK 1	48.139%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FN92`	拟南芥	Probable receptor-like protein kinase At5g59700	49.672%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9T020`	拟南芥	Probable receptor-like protein kinase At4g39110	47.201%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SJT0`	拟南芥	Probable receptor-like protein kinase At2g21480	46.076%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情