LXL04_011829 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_011829

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 1134538-1139944 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

612 bp · LXL04_011829|LXL04_011829|OH1004|cDNA

ATGCCAAAGGCAAAGATGGAGATAGAAGAATGTAAACAAAAGAGCAAAACAGCTGGGATAGAAAAGGGCCCCTTTTTGCACACCGGAGAGACACCGTATACATCTGCTGTTAGATTCGAGGATTTAAACCTTTCACCAGAGTTATTGAAAGGATTATACGTAGAGATGAAGTTTGAGAGACCAAGTAAGATCCAATCAATAAGCTTGCCGATGATACTAACTCCACCTTATAAGAATCTAATTGCTCAGGCACACAATGG...

CDS

下载 CDS FASTA

612 bp · LXL04_011829|LXL04_011829|OH1004|CDS

ATGCCAAAGGCAAAGATGGAGATAGAAGAATGTAAACAAAAGAGCAAAACAGCTGGGATAGAAAAGGGCCCCTTTTTGCACACCGGAGAGACACCGTATACATCTGCTGTTAGATTCGAGGATTTAAACCTTTCACCAGAGTTATTGAAAGGATTATACGTAGAGATGAAGTTTGAGAGACCAAGTAAGATCCAATCAATAAGCTTGCCGATGATACTAACTCCACCTTATAAGAATCTAATTGCTCAGGCACACAATGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

203 aa · LXL04_011829|LXL04_011829|OH1004|PROTEIN

MPKAKMEIEECKQKSKTAGIEKGPFLHTGETPYTSAVRFEDLNLSPELLKGLYVEMKFERPSKIQSISLPMILTPPYKNLIAQAHNGSGKTNCFVLGMLSRVDPKLGVPQALCICPTRELAIQSWPLPGQRAVERSKEAKTRRSPALKIQRPTTPRSPGAVFHAVSCVAGLPPRRLPRRLMPVPTSLISWARVKGRPPGGTEQ

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_011829`
TK1151 ID	TkA07G008960
OH-1004 ID	LXL04_011829
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	71.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 51.376 / OH-1004 27.586 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_011829

位置 Chr03:1134538-1139944 (+)

描述 Similar to RH38: DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 38

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g53110`	ATP 依赖性 RNA 解旋酶对于 mRNA 从细胞核输出至关重要。	A DEAD box RNA helicase is essential for mRNA export and important for development and stress responses in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1105/tpc.104.027557

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0158200`	ATP 依赖性 RNA 解旋酶对于 mRNA 从细胞核输出至关重要。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011829 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006409 tRNA export from nucleus 生物过程

GO:0006415 translational termination 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016973 poly(A)+ mRNA export from nucleus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005635 nuclear envelope 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005934 cellular bud tip 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G53110

cal:CAALFM_C301860CA

cgr:2891053

dosa:Os03g0158200

yli:2911469

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.427

排名 1 · LXL04_011829 · OH-1004

细胞质0.401

排名 2 · LXL04_011829 · OH-1004

线粒体0.171

排名 3 · LXL04_011829 · OH-1004

细胞膜0.060

排名 4 · LXL04_011829 · OH-1004

内质网0.057

排名 5 · LXL04_011829 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00270.36DEAD63-123 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_011829	`PF00270.36`	DEAD	63	123	7e-13	49.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93ZG7`	拟南芥	DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 38	84.536%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q10RI7`	水稻	DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 38	75.258%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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