LXL04_011815 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_011815

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 798220-800826 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1430 bp · LXL04_011815|LXL04_011815|OH1004|cDNA

CTAAGATAATCTAATCCGTTAAACCAGTTAGAGGTCAGCGTTTGCGCTCATGATGTCTTATCTTTGGAAGGCTCACCTCACTGGCTCGCTCACACTTATTATTATATACCCATTTCTACTTGACACTTATTCTTCTTGCAAACTACATCTACTTGATCTCATCAATGGCTTTATGGAGTCCTCGCTTGCAAAGATTTCTACTCAACAACAACGTAAGCAAGATCGACTTGAAGAGGACTAATAGTTATAATAGCAATAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1350 bp · LXL04_011815|LXL04_011815|OH1004|CDS

CTGGCTCGCTCACACTTATTATTATATACCCATTTCTACTTGACACTTATTCTTCTTGCAAACTACATCTACTTGATCTCATCAATGGCTTTATGGAGTCCTCGCTTGCAAAGATTTCTACTCAACAACAACGTAAGCAAGATCGACTTGAAGAGGACTAATAGTTATAATAGCAATAATCATATAATTATGAGAAAGTGGAGTAGAGAAGGCAGCCCCCGGTGTTGTTCGGCGATTGCAATCGACGCCCCTTCTTCTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

449 aa · LXL04_011815|LXL04_011815|OH1004|PROTEIN

MARSHLLLYTHFYLTLILLANYIYLISSMALWSPRLQRFLLNNNVSKIDLKRTNSYNSNNHIIMRKWSREGSPRCCSAIAIDAPSSLSDGLSGIRWGSAKLQGAREEMEDDAVIVAHNELDGFYFAAVFDGHAGFSSVKFLREELYKECVKALQGGLLLSKKDMNGIKKALQEAFENADAKLLNWLDMNGEEDESGATATTLLVGNNMLFISHVGDSCAVLSVSGKAQELTDSHRPYGRSKVSLKEIKRIREAGGWISDG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_011815`
TK1151 ID	TkA02G611640
OH-1004 ID	LXL04_011815
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	94.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 93.764 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_011815

位置 Chr03:798220-800826 (-)

描述 Similar to PPH1: Protein phosphatase 2C 57

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g27800`	蛋白质磷酸酶，特异性地参与光合色素复合体II（LCHII）外天线的高效去磷酸化及状态2向状态1的转变。	Role of plastid protein phosphatase TAP38 in LHCII dephosphorylation and thylakoid electron flow.2010 · DOI: 10.1371/journal.pbio.1000288 The PPH1 phosphatase is specifically involved in LHCII dephosphorylation and state transitions in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1073/pnas.0913810107
`At3g51470`	可能的蛋白磷酸酶2C 47。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0552300`	可能的蛋白磷酸酶 2C 5。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011815 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006470 protein dephosphorylation 生物过程

GO:0006499 N-terminal protein myristoylation 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009767 photosynthetic electron transport chain 生物过程

GO:0016311 dephosphorylation 生物过程

GO:0032688 negative regulation of interferon-beta production 生物过程

GO:0035970 peptidyl-threonine dephosphorylation 生物过程

GO:0043122 regulation of canonical NF-kappaB signal transduction 生物过程

GO:0043124 negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction 生物过程

GO:0050687 negative regulation of defense response to virus 生物过程

GO:0080005 photosystem stoichiometry adjustment 生物过程

GO:0090263 positive regulation of canonical Wnt signaling pathway 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G51470

ath:AT4G27800

cel:CELE_T23F11.1

dosa:Os01g0552300

mmu:19043

osa:4325851

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.904

排名 1 · LXL04_011815 · OH-1004

线粒体0.052

排名 2 · LXL04_011815 · OH-1004

细胞质0.039

排名 3 · LXL04_011815 · OH-1004

细胞核0.038

排名 4 · LXL04_011815 · OH-1004

细胞膜0.032

排名 5 · LXL04_011815 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00481.27PP2C97-377 aa

PF13672.12PP2C_2108-366 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_011815	`PF00481.27`	PP2C	97	377	1e-52	180.1
LXL04_011815	`PF13672.12`	PP2C_2	108	366	5.5e-06	26.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P49599`	拟南芥	Protein phosphatase 2C 57	56.471%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SD02`	拟南芥	Probable protein phosphatase 2C 47	30.864%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q5JKN1`	水稻	Probable protein phosphatase 2C 5	54.545%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情