基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_011770
当前版本: OH-1004
染色体: Chr02
坐标: 171453684-171456523
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA1131 bp · LXL04_011770|LXL04_011770|OH1004|cDNA
ATGTCCAACTTCGTCGGAGAGGATCATGATGAGTGGTTCCACAGCAGTACTAGCCTCGTGCAATCATCATACGGAAGCCCAAACACTAATGACAATGGTGATGGCAGTTCTATCCCTCCGACGACCATGATCTCAAAGAAGAAACGAAATCTCCCTGGAAATCCAGGCAAGCTACACACAACCTTTTCATCAAATCCTGATGCTGAAGTTGTGGCCTTGTCTCCAAGGACTCTAATGGCTACAAATCGATATATATGTGA...
CDS
下载 CDS FASTA1131 bp · LXL04_011770|LXL04_011770|OH1004|CDS
ATGTCCAACTTCGTCGGAGAGGATCATGATGAGTGGTTCCACAGCAGTACTAGCCTCGTGCAATCATCATACGGAAGCCCAAACACTAATGACAATGGTGATGGCAGTTCTATCCCTCCGACGACCATGATCTCAAAGAAGAAACGAAATCTCCCTGGAAATCCAGGCAAGCTACACACAACCTTTTCATCAAATCCTGATGCTGAAGTTGTGGCCTTGTCTCCAAGGACTCTAATGGCTACAAATCGATATATATGTGA...
376 aa · LXL04_011770|LXL04_011770|OH1004|PROTEIN
MSNFVGEDHDEWFHSSTSLVQSSYGSPNTNDNGDGSSIPPTTMISKKKRNLPGNPGKLHTTFSSNPDAEVVALSPRTLMATNRYICEVCHKGFQRDQNLQLHRRGHNLPWKLKQRPANIQVKKRVYICPEPNCVHHEPTRALGDLTGIKKHFCRKHGEKKWKCDKCSKRYAVQSDWKAHAKICGTRQNNGIFLEINLFNTNTTCWLCRKDSFVTHRAFCDALTEESYKMDIKVGGIGGVLLIPEEMSGPLNISMRSSITS...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_011770 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_011770 | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr02:171453684-171456523 (-) | ||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to IDD12: Protein indeterminate-domain 12 | ||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | ||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | ||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0008356 asymmetric cell division 生物过程 GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程 GO:0009937 regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程 GO:0009939 positive regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程 GO:0010029 regulation of seed germination 生物过程 GO:0010075 regulation of meristem growth 生物过程 GO:0010336 gibberellic acid homeostasis 生物过程 GO:0010431 seed maturation 生物过程 GO:0034504 protein localization to nucleus 生物过程 GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程 | ||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT1G03840 ath:AT3G45260 ath:AT3G50700 ath:AT4G02670 ath:AT5G66730 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞核0.947
细胞质0.130
细胞膜0.024
线粒体0.013
内质网0.011
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF22996.3C2H2-2nd_BIRD-IDD122-156 aaPF22995.3C2CH-3rd_BIRD-IDD160-184 aaPF22992.3C2CH-4th_BIRD-IDD208-230 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_011770 | PF22996.3 | C2H2-2nd_BIRD-IDD | 122 | 156 | 9.7e-22 | 77.4 |
| LXL04_011770 | PF22995.3 | C2CH-3rd_BIRD-IDD | 160 | 184 | 9e-15 | 54.8 |
| LXL04_011770 | PF22992.3 | C2CH-4th_BIRD-IDD | 208 | 230 | 1e-11 | 45.2 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
O22759 | 拟南芥 | Protein indeterminate-domain 12 | 51.254% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
Q9ZWA6 | 拟南芥 | Zinc finger protein MAGPIE | 66.146% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q9LVQ7 | 拟南芥 | Zinc finger protein ENHYDROUS | 66.486% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
Q9SCQ6 | 拟南芥 | Zinc finger protein GAI-ASSOCIATED FACTOR 1 | 60.870% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q944L3 | 拟南芥 | Zinc finger protein BALDIBIS | 68.108% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |