RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_011647
当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 168825150-168827476 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1626 bp · LXL04_011647|LXL04_011647|OH1004|cDNA

ATGGACGCCACCACGAGTGGAACGCCAACCATTCAATACCACAACATCGCCGACCAACAGATTCCGACCACCGTCGCGGCTTCCACCCCGTCATTTAACCGGCAAACCCGCCATTGTTTTGGCGATGCAACTCCGGGAGAATTCCCATTATCTGCAAACCCCTCAATCGTTCTGCATGTTCTCACTGGTTGTAATCTAGAGCCACAAGATCTCGCAAAACTAGAGGCAAGTTATTCTTTTTTAGCGACATGTTCTTTCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1626 bp · LXL04_011647|LXL04_011647|OH1004|CDS

ATGGACGCCACCACGAGTGGAACGCCAACCATTCAATACCACAACATCGCCGACCAACAGATTCCGACCACCGTCGCGGCTTCCACCCCGTCATTTAACCGGCAAACCCGCCATTGTTTTGGCGATGCAACTCCGGGAGAATTCCCATTATCTGCAAACCCCTCAATCGTTCTGCATGTTCTCACTGGTTGTAATCTAGAGCCACAAGATCTCGCAAAACTAGAGGCAAGTTATTCTTTTTTAGCGACATGTTCTTTCTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

541 aa · LXL04_011647|LXL04_011647|OH1004|PROTEIN

MDATTSGTPTIQYHNIADQQIPTTVAASTPSFNRQTRHCFGDATPGEFPLSANPSIVLHVLTGCNLEPQDLAKLEASYSFLATCSFFRQPAHFAPDHELCLSELAALDMCQKRAIFKPMDSEQRHQLKLRCGGSWKLVLRFLLAGETCSRREKSQAIAGPGHSIAVTSKGSVFTFGSNSSGQLGHDTTQEESTPRIIRSLQGIRIIHAAAGAGRTMLISDSGQVYAFGKDSFGEAEYGVQGSKQVNTPKLVESLKDIFVV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_011647
TK1151 IDTkA03G608590
OH-1004 IDLXL04_011647
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)98.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_011647
位置Chr02:168825150-168827476 (+)
描述Similar to HERC2: E3 ubiquitin-protein ligase HERC2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g63860 UV-B 特异性信号成分，充当 UV-B 光感受器，在植物中建立紫外线防护反应中发挥关键作用。
A UV-B-specific signaling component orchestrates plant UV protection.2005 · DOI: 10.1073/pnas.0507187102
UV-B promotes rapid nuclear translocation of the Arabidopsis UV-B specific signaling component UVR8 and activates its function in the nucleus.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.053330
UV-B signaling pathways with different fluence-rate response profiles are distinguished in mature Arabidopsis leaf tissue by requirement for UVR8, HY5, and HYH.2008 · DOI: 10.1104/pp.107.108456
Interaction of COP1 and UVR8 regulates UV-B-induced photomorphogenesis and stress acclimation in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1038/emboj.2009.4
UVR8 in Arabidopsis thaliana regulates multiple aspects of cellular differentiation during leaf development in response to ultraviolet B radiation.2009 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2009.02855.x
Negative feedback regulation of UV-B-induced photomorphogenesis and stress acclimation in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1073/pnas.0914532107
Functional interaction of the circadian clock and UV RESISTANCE LOCUS 8-controlled UV-B signaling pathways in Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04573.x
Perception of UV-B by the Arabidopsis UVR8 protein.2011 · DOI: 10.1126/science.1200660
UVR8 mediates UV-B-induced Arabidopsis defense responses against Botrytis cinerea by controlling sinapate accumulation.2012 · DOI: 10.1093/mp/sss025
C-terminal region of the UV-B photoreceptor UVR8 initiates signaling through interaction with the COP1 protein.2012 · DOI: 10.1073/pnas.1210898109
In vivo function of tryptophans in the Arabidopsis UV-B photoreceptor UVR8.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.101451
The UV-B photoreceptor UVR8 promotes photosynthetic efficiency in Arabidopsis thaliana exposed to elevated levels of UV-B.2012 · DOI: 10.1007/s11120-012-9785-y

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011647 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006281 DNA repair 生物过程
GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程
GO:0006974 DNA damage response 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0050821 protein stabilization 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005814 centriole 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
hsa:8924
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.498
排名 1 · LXL04_011647 · OH-1004
细胞核0.332
排名 2 · LXL04_011647 · OH-1004
细胞膜0.113
排名 3 · LXL04_011647 · OH-1004
线粒体0.112
排名 4 · LXL04_011647 · OH-1004
内质网0.062
排名 5 · LXL04_011647 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25390.2WD40_RLD153-489 aa
PF13540.13RCC1_2158-182 aa
PF00415.25RCC1169-218 aa
PF00415.25RCC1221-272 aa
PF00415.25RCC1275-324 aa
PF00415.25RCC1333-382 aa
PF25384.2Alsin_RLD334-448 aa
PF00415.25RCC1385-434 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_011647PF25390.2WD40_RLD1534894.3e-73247.4
LXL04_011647PF13540.13RCC1_21581824.5e-35119.3
LXL04_011647PF00415.25RCC11692183.8e-68226.6
LXL04_011647PF00415.25RCC12212723.8e-68226.6
LXL04_011647PF00415.25RCC12753243.8e-68226.6
LXL04_011647PF00415.25RCC13333823.8e-68226.6
LXL04_011647PF25384.2Alsin_RLD3344488.5e-1142.3
LXL04_011647PF00415.25RCC13854343.8e-68226.6
LXL04_011647PF13540.13RCC1_24224474.5e-35119.3
LXL04_011647PF00415.25RCC14374883.8e-68226.6
LXL04_011647PF25390.2WD40_RLD4715344.3e-73247.4
LXL04_011647PF13540.13RCC1_24975184.5e-35119.3
LXL04_011647PF00415.25RCC15065383.8e-68226.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FN03拟南芥Ultraviolet-B receptor UVR829.581%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看