LXL04_011497 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_011497

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 165701092-165705308 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2829 bp · LXL04_011497|LXL04_011497|OH1004|cDNA

ATGAAGAGAAATTTATCAAATCTAGTTAGAAAGGGATTTTATACAGAAGCTCTTTCCTTATTTTCAAAGCTCCATTTTCAGTCACACCCCCTCAACGAATTCACATTTCCTTTCCTTCTTAAAGCATGCACGCAGCTCAAACTACTCCTCCATGGCCAGATGCTTCACGCCCATCTCACAAAAACTGGATTCAGTTCAGATATATACACCGCCACATCCCTCACCGACATGTACTTCAAGTTTCAGCTCATCGAAAGTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2829 bp · LXL04_011497|LXL04_011497|OH1004|CDS

ATGAAGAGAAATTTATCAAATCTAGTTAGAAAGGGATTTTATACAGAAGCTCTTTCCTTATTTTCAAAGCTCCATTTTCAGTCACACCCCCTCAACGAATTCACATTTCCTTTCCTTCTTAAAGCATGCACGCAGCTCAAACTACTCCTCCATGGCCAGATGCTTCACGCCCATCTCACAAAAACTGGATTCAGTTCAGATATATACACCGCCACATCCCTCACCGACATGTACTTCAAGTTTCAGCTCATCGAAAGTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

942 aa · LXL04_011497|LXL04_011497|OH1004|PROTEIN

MKRNLSNLVRKGFYTEALSLFSKLHFQSHPLNEFTFPFLLKACTQLKLLLHGQMLHAHLTKTGFSSDIYTATSLTDMYFKFQLIESALKVFDEITEPTTTLINVVLSGFSQNKHHKKCLDVFKQVTEYGPKPDSATIAILLSDWDINLKYGLQIHCWAAKIGVETDIYVATSLLTMYSNFEDPMAALIVFKHIHNRNIACYNAFLTGLLQNQNFQPVLETFKQMLQSSNQIPNPVTFLSVLSACSDLKNLKFGRQVHGLL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_011497`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_011497

位置 Chr02:165701092-165705308 (+)

描述 Similar to PCMP-E22: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g02750

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g02750`	含五重复肽序列的蛋白 At2g02750。	暂无已核实直接文献
`At1g11290`	参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。	Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064667
`At3g01580`	推定的五重复蛋白复合含蛋白 At3g01580。	暂无已核实直接文献
`At4g35130`	含五十二氨基酸重复序列的蛋白At4g35130，叶绿体定位。	暂无已核实直接文献
`At5g27110`	含五重复肽的蛋白质 At5g27110。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011497 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:0016556 mRNA modification 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0004519 endonuclease activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G11290

ath:AT2G02750

ath:AT3G01580

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.575

排名 1 · LXL04_011497 · OH-1004

质体0.277

排名 2 · LXL04_011497 · OH-1004

细胞核0.072

排名 3 · LXL04_011497 · OH-1004

细胞质0.038

排名 4 · LXL04_011497 · OH-1004

细胞膜0.008

排名 5 · LXL04_011497 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_297-142 aa

PF13041.13PPR_2197-245 aa

PF13041.13PPR_2301-348 aa

PF29070.1MSC6_N432-528 aa

PF13041.13PPR_2435-482 aa

PF12854.14PPR_1435-462 aa

PF01535.27PPR437-466 aa

PF13812.13PPR_3437-481 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_011497	`PF13041.13`	PPR_2	97	142	9.8e-63	208.8
LXL04_011497	`PF13041.13`	PPR_2	197	245	9.8e-63	208.8
LXL04_011497	`PF13041.13`	PPR_2	301	348	9.8e-63	208.8
LXL04_011497	`PF29070.1`	MSC6_N	432	528	1.8e-22	80.7
LXL04_011497	`PF13041.13`	PPR_2	435	482	9.8e-63	208.8
LXL04_011497	`PF12854.14`	PPR_1	435	462	1.3e-23	83.1
LXL04_011497	`PF01535.27`	PPR	437	466	2.6e-48	159.7
LXL04_011497	`PF13812.13`	PPR_3	437	481	1.8e-26	92.7
LXL04_011497	`PF20431.5`	E_motif	550	611	2.9e-14	53.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q1PFA6`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g02750	45.915%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q3E6Q1`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g11290, chloroplastic	31.509%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SS97`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g01580	29.921%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O49619`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g35130, chloroplastic	31.280%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O04659`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g27110	30.794%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情