LXL04_011468 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_011468

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 164841433-164845580 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1755 bp · LXL04_011468|LXL04_011468|OH1004|cDNA

ATGCGAAGATCGAATGCTCGTGTGGCGCCAGCACCAGAAGAAGCAGTCGATCGTCCTGATATCAATAAAGTGAAGAAGAAAATGGATAACTCCATAAAGCTTAAGTTTCGCCCTAATCAACCTCTGCGATCCACTAATCTCTTTTCTAGGAGCCAGAAACAATCTCATCTTGCGAAATCGAGTATATTTGTGGTCGGAATCCTGACCTTGTTTTTTGCGTCGTGTGGTTATCTGTATCTGAATTCGTGTAACCCGATAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1755 bp · LXL04_011468|LXL04_011468|OH1004|CDS

ATGCGAAGATCGAATGCTCGTGTGGCGCCAGCACCAGAAGAAGCAGTCGATCGTCCTGATATCAATAAAGTGAAGAAGAAAATGGATAACTCCATAAAGCTTAAGTTTCGCCCTAATCAACCTCTGCGATCCACTAATCTCTTTTCTAGGAGCCAGAAACAATCTCATCTTGCGAAATCGAGTATATTTGTGGTCGGAATCCTGACCTTGTTTTTTGCGTCGTGTGGTTATCTGTATCTGAATTCGTGTAACCCGATAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

584 aa · LXL04_011468|LXL04_011468|OH1004|PROTEIN

MRRSNARVAPAPEEAVDRPDINKVKKKMDNSIKLKFRPNQPLRSTNLFSRSQKQSHLAKSSIFVVGILTLFFASCGYLYLNSCNPIEKRYSIVIDGGSTGSRIHVFEYAIRDGAPHFDFSAKKGLGSMRVTPGLSAFAENPNGAAESVLKLMEFARKRIPGDKWGETEVRLMATAGLRMLDSNVQERILESCRTIFRTSGFAFHNDWASVISGSDEGVYAWVVANYALGTLGGDPQETTGIIELGGASAQVTFFSNEPIP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_011468`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_011468

位置 Chr02:164841433-164845580 (+)

描述 Similar to APY6: Probable apyrase 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g02970`	催化核苷三磷酸和二磷酸的磷酸酐键水解（根据相似性）。	暂无已核实直接文献
`At1g14250`	催化核苷三磷酸和二磷酸的磷酸酐键的水解。	暂无已核实直接文献
`At1g14230`	催化核苷三磷酸和二磷酸的磷酸酐键的水解。	暂无已核实直接文献
`At1g14240`	催化核苷三磷酸和二磷酸的磷酸酐键的水解。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011468 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007186 G protein-coupled receptor signaling pathway 生物过程

GO:0009134 nucleoside diphosphate catabolic process 生物过程

GO:0009181 purine ribonucleoside diphosphate catabolic process 生物过程

GO:0009901 anther dehiscence 生物过程

GO:0010584 pollen exine formation 生物过程

GO:0033602 negative regulation of dopamine secretion 生物过程

GO:0046032 ADP catabolic process 生物过程

GO:2001170 negative regulation of ATP biosynthetic process 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005604 basement membrane 细胞组分

GO:0005615 extracellular space 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G14230

ath:AT1G14240

ath:AT1G14250

ath:AT2G02970

mmu:12495

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.534

排名 1 · LXL04_011468 · OH-1004

内质网0.206

排名 2 · LXL04_011468 · OH-1004

细胞质0.112

排名 3 · LXL04_011468 · OH-1004

细胞膜0.103

排名 4 · LXL04_011468 · OH-1004

溶酶体／液泡0.096

排名 5 · LXL04_011468 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01150.24GDA1_CD3986-480 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_011468	`PF01150.24`	GDA1_CD39	86	480	7.4e-80	269.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O80612`	拟南芥	Probable apyrase 6	49.206%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6NQA8`	拟南芥	Probable apyrase 5	49.469%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8H1D8`	拟南芥	Probable apyrase 4	49.194%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9XI62`	拟南芥	Probable apyrase 3	48.291%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情