LXL04_011330 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_011330

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 162587146-162588963 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

978 bp · LXL04_011330|LXL04_011330|OH1004|cDNA

ATGGAAGAAGGAGTTCGTACCTCAATCGATTGTGGTGGAGTTGTGGGGAAACTGAAAGGAAGAACTCGTTTGATGAATTGTATCGTTGGACTGAGAAAGACCCGTTGGAGCAGCGAACGAAAGGAGGAACGCCGCGTTCCTCTGCGTTGGAAAAACGACGCCAGGCAACGCCAAGAAGGGAAACGCCGACCCAGGCGCGGTGTGCCAAGCCCCACAACGACGTTCTGCCCTCCACCTCAGCCGCGTTCTCTTTGGCGTCG...

CDS

下载 CDS FASTA

978 bp · LXL04_011330|LXL04_011330|OH1004|CDS

ATGGAAGAAGGAGTTCGTACCTCAATCGATTGTGGTGGAGTTGTGGGGAAACTGAAAGGAAGAACTCGTTTGATGAATTGTATCGTTGGACTGAGAAAGACCCGTTGGAGCAGCGAACGAAAGGAGGAACGCCGCGTTCCTCTGCGTTGGAAAAACGACGCCAGGCAACGCCAAGAAGGGAAACGCCGACCCAGGCGCGGTGTGCCAAGCCCCACAACGACGTTCTGCCCTCCACCTCAGCCGCGTTCTCTTTGGCGTCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

325 aa · LXL04_011330|LXL04_011330|OH1004|PROTEIN

MEEGVRTSIDCGGVVGKLKGRTRLMNCIVGLRKTRWSSERKEERRVPLRWKNDARQRQEGKRRPRRGVPSPTTTFCPPPQPRSLWRRPTPYSLSAIFFLVIENLDKIFYPGFGQAHFEFLEAHPGFNKSIRIATFFWKSSLVRRPHLRSDHHSDDLHSDATSTPTTSTTSYTSLSSLSLLFLRRRPTGIFLLSFLCFNLTPVKTLTGKTITLEVESSDTIDNVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLADYNIQK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_011330`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_011330

位置 Chr02:162587146-162588963 (-)

描述 Similar to UBICEP52-7: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g52590`	可以共价连接到另一个蛋白上，也可以游离（未锚定）。	暂无已核实直接文献
`At2g36170`	可以共价连接到另一个蛋白上，也可以游离（未锚定）。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0568400`	可以共价连接到另一个蛋白上，也可以游离（未锚定）。	暂无已核实直接文献
`Os03g0234200`	可以共价连接到另一个蛋白上，也可以游离（未锚定）。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011330 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006412 translation 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0019941 modification-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005840 ribosome 细胞组分

GO:0022625 cytosolic large ribosomal subunit 细胞组分

GO:0022626 cytosolic ribosome 细胞组分

GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G36170

ath:AT3G52590

dosa:Os03g0234200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.453

排名 1 · LXL04_011330 · OH-1004

细胞质0.392

排名 2 · LXL04_011330 · OH-1004

线粒体0.120

排名 3 · LXL04_011330 · OH-1004

细胞膜0.093

排名 4 · LXL04_011330 · OH-1004

内质网0.072

排名 5 · LXL04_011330 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00240.30ubiquitin202-271 aa

PF11976.15Rad60-SLD202-268 aa

PF01020.24Ribosomal_L40e275-324 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_011330	`PF00240.30`	ubiquitin	202	271	1.5e-30	105.5
LXL04_011330	`PF11976.15`	Rad60-SLD	202	268	4.6e-15	55.9
LXL04_011330	`PF01020.24`	Ribosomal_L40e	275	324	2.1e-28	98.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q42202`	拟南芥	Ubiquitin-ribosomal protein eL40y fusion protein	97.581%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`B9DHA6`	拟南芥	Ubiquitin-ribosomal protein eL40z fusion protein	97.581%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`P0CH35`	水稻	Ubiquitin-ribosomal protein eL40y fusion protein	97.581%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`P0CH34`	水稻	Ubiquitin-ribosomal protein eL40z fusion protein	97.581%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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