LXL04_011317 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_011317

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 162430143-162433329 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2646 bp · LXL04_011317|LXL04_011317|OH1004|cDNA

ATGGCTGCTTCGGTGTCGTCATCGTCGTCGGCGACAAACATCATGCTTGCAATCTATGAGAAGAAAACCGTTGCGGTCGATCTTTATCGTCCTCTCCGCAACTACATAGTCTTCAATTACTCCGAGCGCGAGGCTCAAAACCTCGAAGACGATCTCGAAACCCTAAAGGAGATGCGCAACAGCATAGAACGTTCCTCAGCTGCCGACTCCCTCCCTGCGCGCCGAGATATTCTCCAGAACTACTTTAAAGCCCTAACCGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2646 bp · LXL04_011317|LXL04_011317|OH1004|CDS

ATGGCTGCTTCGGTGTCGTCATCGTCGTCGGCGACAAACATCATGCTTGCAATCTATGAGAAGAAAACCGTTGCGGTCGATCTTTATCGTCCTCTCCGCAACTACATAGTCTTCAATTACTCCGAGCGCGAGGCTCAAAACCTCGAAGACGATCTCGAAACCCTAAAGGAGATGCGCAACAGCATAGAACGTTCCTCAGCTGCCGACTCCCTCCCTGCGCGCCGAGATATTCTCCAGAACTACTTTAAAGCCCTAACCGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

881 aa · LXL04_011317|LXL04_011317|OH1004|PROTEIN

MAASVSSSSSATNIMLAIYEKKTVAVDLYRPLRNYIVFNYSEREAQNLEDDLETLKEMRNSIERSSAADSLPARRDILQNYFKALTAVESRFPISADKDHVNSVTFTWHDAFKNKNKASQQNIHLEKAAILFNLGAVHSQIGLTFDRSTVEGRRQASHSFIAAAGAFAFLRDNAATKASIGSSTTVDISVECAGMLERLMLAQAQECVFENTIAKGSTPGVCSKISRQVGLYYEEALAALTVAPLTQHFDKTWLSHVQLK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_011317`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_011317

位置 Chr02:162430143-162433329 (+)

描述 Similar to BRO1: Vacuolar-sorting protein BRO1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g15130`	E类VPS蛋白，参与多泡体（MVB）货物蛋白的浓缩和分选，以便纳入囊泡腔内囊泡。	Arabidopsis ALIX is required for the endosomal localization of the deubiquitinating enzyme AMSH3.2015 · DOI: 10.1073/pnas.1510516112 ESCRT-III-Associated Protein ALIX Mediates High-Affinity Phosphate Transporter Trafficking to Maintain Phosphate Homeostasis in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1105/tpc.15.00393

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011317 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000281 mitotic cytokinesis 生物过程

GO:0000915 actomyosin contractile ring assembly 生物过程

GO:0007033 vacuole organization 生物过程

GO:0009653 anatomical structure morphogenesis 生物过程

GO:0010824 regulation of centrosome duplication 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016236 macroautophagy 生物过程

GO:0019722 calcium-mediated signaling 生物过程

GO:0036257 multivesicular body organization 生物过程

GO:0039702 viral budding via host ESCRT complex 生物过程

GO:0042318 penicillin biosynthetic process 生物过程

GO:0043328 protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ani:ANIA_04351

ath:AT1G15130

cnb:CNBG4510

ddi:DDB_G0275451

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.701

排名 1 · LXL04_011317 · OH-1004

细胞膜0.180

排名 2 · LXL04_011317 · OH-1004

高尔基体0.156

排名 3 · LXL04_011317 · OH-1004

细胞核0.154

排名 4 · LXL04_011317 · OH-1004

溶酶体／液泡0.079

排名 5 · LXL04_011317 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03097.25BRO115-396 aa

PF13949.12ALIX_LYPXL_bnd432-716 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_011317	`PF03097.25`	BRO1	15	396	8.5e-107	358.1
LXL04_011317	`PF13949.12`	ALIX_LYPXL_bnd	432	716	1.9e-74	251.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4HXZ1`	拟南芥	Vacuolar-sorting protein BRO1	68.907%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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