LXL04_011022 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_011022

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 156582261-156585308 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3048 bp · LXL04_011022|LXL04_011022|OH1004|cDNA

ATGTTTACTGGGATGGTTGTTTTATGGAAGATTTGGGTACTTGTGATTCTTCTTGGGGTTTCTCAGGTTCTCGTGATTTCGCAGAACATCACTTGCAATTCGAGTGATTTAGAAGCTTTAGAGGGTTTCAGGAAAAGCTTGGAATCCGCCATTGATGGATGGTGGCCTACAAATTCATCATCGTCGGCCTCTTTCAATTGCTGTAATTGGGTAGGAATTGAGTGTAATTCCGGTAGGGTTGTTAAATTAGAACTCCCGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

3048 bp · LXL04_011022|LXL04_011022|OH1004|CDS

ATGTTTACTGGGATGGTTGTTTTATGGAAGATTTGGGTACTTGTGATTCTTCTTGGGGTTTCTCAGGTTCTCGTGATTTCGCAGAACATCACTTGCAATTCGAGTGATTTAGAAGCTTTAGAGGGTTTCAGGAAAAGCTTGGAATCCGCCATTGATGGATGGTGGCCTACAAATTCATCATCGTCGGCCTCTTTCAATTGCTGTAATTGGGTAGGAATTGAGTGTAATTCCGGTAGGGTTGTTAAATTAGAACTCCCGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1015 aa · LXL04_011022|LXL04_011022|OH1004|PROTEIN

MFTGMVVLWKIWVLVILLGVSQVLVISQNITCNSSDLEALEGFRKSLESAIDGWWPTNSSSSASFNCCNWVGIECNSGRVVKLELPKKRLTGAFSDLISNLDQLKTLNLTGNFLSGPLPISVFHLPHLEVLDLSSNDFNGAFPVGINLPALRELDFSGNHFHGPIPAGICVNSTGVRVIKLAVNSLNGSIPPEFENCKFLEHLCLASNLLSGAIPEFLFHLPRLGALDLQYNMFTSITEIGNSSSHITSLDVASNQLSGN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_011022`
TK1151 ID	TkA03G561020
OH-1004 ID	LXL04_011022
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	93.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 29.261 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_011022

位置 Chr02:156582261-156585308 (-)

描述 Similar to PSKR: Phytosulfokine receptor 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g02220`	植物磺肽受体，具有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶活性和鸟苷酸环化酶活性。	Disruption and overexpression of Arabidopsis phytosulfokine receptor gene affects cellular longevity and potential for growth.2006 · DOI: 10.1104/pp.106.081109 The phytosulfokine (PSK) receptor is capable of guanylate cyclase activity and enabling cyclic GMP-dependent signaling in plants.2011 · DOI: 10.1074/jbc.m110.168823 The tyrosine-sulfated peptide receptors PSKR1 and PSY1R modify the immunity of Arabidopsis to biotrophic and necrotrophic pathogens in an antagonistic manner.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12050
`At5g53890`	具有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶活性的植物硫肽受体。	暂无已核实直接文献
`At1g72300`	酪氨酸硫酸化糖肽受体，具有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶活性。	Tyrosine-sulfated glycopeptide involved in cellular proliferation and expansion in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0706403104 The tyrosine-sulfated peptide receptors PSKR1 and PSY1R modify the immunity of Arabidopsis to biotrophic and necrotrophic pathogens in an antagonistic manner.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12050 Receptor kinase-mediated control of primary active proton pumping at the plasma membrane.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12680

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os10g0114400`	可能参与油菜素内酯（BR）的感受。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011022 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009755 hormone-mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0031347 regulation of defense response 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0045851 pH reduction 生物过程

GO:0051707 response to other organism 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G72300

ath:AT2G02220

ath:AT5G53890

dosa:Os10g0114400

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.883

排名 1 · LXL04_011022 · OH-1004

内质网0.084

排名 2 · LXL04_011022 · OH-1004

细胞质0.059

排名 3 · LXL04_011022 · OH-1004

细胞核0.039

排名 4 · LXL04_011022 · OH-1004

溶酶体／液泡0.024

排名 5 · LXL04_011022 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13855.13LRR_881-138 aa

PF12799.14LRR_4103-139 aa

PF13855.13LRR_8246-304 aa

PF13855.13LRR_8317-376 aa

PF24758.2LRR_At5g56370322-401 aa

PF13855.13LRR_8418-476 aa

PF13855.13LRR_8531-586 aa

PF13855.13LRR_8555-610 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_011022	`PF13855.13`	LRR_8	81	138	5.6e-38	129.2
LXL04_011022	`PF12799.14`	LRR_4	103	139	1.6e-30	105.1
LXL04_011022	`PF13855.13`	LRR_8	246	304	5.6e-38	129.2
LXL04_011022	`PF13855.13`	LRR_8	317	376	5.6e-38	129.2
LXL04_011022	`PF24758.2`	LRR_At5g56370	322	401	2e-08	34.9
LXL04_011022	`PF13855.13`	LRR_8	418	476	5.6e-38	129.2
LXL04_011022	`PF13855.13`	LRR_8	531	586	5.6e-38	129.2
LXL04_011022	`PF13855.13`	LRR_8	555	610	5.6e-38	129.2
LXL04_011022	`PF00069.32`	Pkinase	740	1005	4.7e-43	148.2
LXL04_011022	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	740	1006	7.4e-41	140.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZVR7`	拟南芥	Phytosulfokine receptor 1	61.866%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FN37`	拟南芥	Phytosulfokine receptor 2	47.042%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C7S5`	拟南芥	Tyrosine-sulfated glycopeptide receptor 1	41.659%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q7G768`	水稻	Brassinosteroid LRR receptor kinase BRL2	33.302%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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