LXL04_010956 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010956

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 155672895-155678504 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2901 bp · LXL04_010956|LXL04_010956|OH1004|cDNA

ATGAGTTACACACATGGGAATGAAGATAGGCTAAGCCATTTACCTGAAGAGATTCTTTCACGTATACTCTCTTCAATCCCTACAAAATTGGCTGTGCGAACAAGCATCTTATCCAAAAAATGGAGGTACAAATGGACGTTAGTCACAATCCTCGACTTTGACGACGATCGCCCTATCGATGCTTTCCATTCCTTGTCGAATTTTGTAAACCGCGCTTTCAAACTCTGCCAAACATCCAAAATCAAGCGATTCCGGTTACG...

CDS

下载 CDS FASTA

2901 bp · LXL04_010956|LXL04_010956|OH1004|CDS

ATGAGTTACACACATGGGAATGAAGATAGGCTAAGCCATTTACCTGAAGAGATTCTTTCACGTATACTCTCTTCAATCCCTACAAAATTGGCTGTGCGAACAAGCATCTTATCCAAAAAATGGAGGTACAAATGGACGTTAGTCACAATCCTCGACTTTGACGACGATCGCCCTATCGATGCTTTCCATTCCTTGTCGAATTTTGTAAACCGCGCTTTCAAACTCTGCCAAACATCCAAAATCAAGCGATTCCGGTTACG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

966 aa · LXL04_010956|LXL04_010956|OH1004|PROTEIN

MSYTHGNEDRLSHLPEEILSRILSSIPTKLAVRTSILSKKWRYKWTLVTILDFDDDRPIDAFHSLSNFVNRAFKLCQTSKIKRFRLRLSRYGLQTTSEVKSNISNWIKESVRLNVCEVDLHLTPFEMPVTLFTCKTLTKLSLSGWGMEGYVGSNVSIILPLLKTLHITSPINFPGRVSVNSFRLIHSCPMLESLSMEIAMCNNQEDYNFNIATLKRLKLKIVSVLSLNKVILNLPNLESLSFAGLLRSLFVVKDLSSLVD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010956`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010956

位置 Chr02:155672895-155678504 (-)

描述 Similar to SUV3: DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH16, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g14790`	线粒体 RNA 代谢中的主要解旋酶。	暂无已核实直接文献
`At5g39840`	线粒体 RNA 代谢中的主要解旋酶。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0746500`	线粒体 RNA 代谢中的主要解旋酶。	OsSUV3 dual helicase functions in salinity stress tolerance by maintaining photosynthesis and antioxidant machinery in rice (Oryza sativa L. cv. IR64).2013 · DOI: 10.1111/tpj.12277 OsSUV3 transgenic rice maintains higher endogenous levels of plant hormones that mitigates adverse effects of salinity and sustains crop productivity.2014 · DOI: 10.1186/s12284-014-0017-2
`Os04g0459800`	线粒体 RNA 代谢中的主要解旋酶。	暂无已核实直接文献
`UniProt: Q01IJ3`	线粒体 RNA 代谢中的主要解旋酶。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010956 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000965 mitochondrial RNA 3'-end processing 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009561 megagametogenesis 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009736 cytokinin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009939 positive regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010929 positive regulation of auxin mediated signaling pathway 生物过程

GO:0016070 RNA metabolic process 生物过程

GO:0080038 positive regulation of cytokinin-activated signaling pathway 生物过程

GO:1901002 positive regulation of response to salt stress 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G14790

ath:AT5G39840

dosa:Os03g0746500

dosa:Os04g0459800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.612

排名 1 · LXL04_010956 · OH-1004

细胞质0.186

排名 2 · LXL04_010956 · OH-1004

质体0.178

排名 3 · LXL04_010956 · OH-1004

线粒体0.061

排名 4 · LXL04_010956 · OH-1004

细胞膜0.028

排名 5 · LXL04_010956 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646.39F-box11-46 aa

PF24758.2LRR_At5g56370105-242 aa

PF08387.16FBD351-396 aa

PF22527.3DEXQc_Suv3477-630 aa

PF00271.38Helicase_C650-756 aa

PF18147.7Suv3_C_1838-879 aa

PF12513.16SUV3_C904-951 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010956	`PF00646.39`	F-box	11	46	9e-06	26.1
LXL04_010956	`PF24758.2`	LRR_At5g56370	105	242	1.2e-07	32.3
LXL04_010956	`PF08387.16`	FBD	351	396	1.7e-11	44.5
LXL04_010956	`PF22527.3`	DEXQc_Suv3	477	630	1.4e-65	220.2
LXL04_010956	`PF00271.38`	Helicase_C	650	756	3.2e-12	47.4
LXL04_010956	`PF18147.7`	Suv3_C_1	838	879	6.5e-09	36.3
LXL04_010956	`PF12513.16`	SUV3_C	904	951	6.8e-16	58.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SMX1`	拟南芥	DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH16, mitochondrial	72.490%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4KFV7`	拟南芥	DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH18, mitochondrial	41.845%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q10D00`	水稻	ATP-dependent RNA helicase SUV3, mitochondrial	72.817%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q7X745`	水稻	ATP-dependent RNA helicase SUV3L, mitochondrial	43.818%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q01IJ3`	水稻	ATP-dependent RNA helicase SUV3L, mitochondrial	43.818%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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