LXL04_010934 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010934

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 155313921-155315087 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1167 bp · LXL04_010934|LXL04_010934|OH1004|cDNA

ATGAAACCCTCGATTTTAACCCATCTGATACCAAACGCATTTCTCTCAATCACCACCACCTCCAGAACCAGTAGCAGCGATGAAAGCAGCGACGCCGACGAGATCCTGGCGGCGCCGGTACCCCACGGTTTCATTCACCATGGAAACCCCCAATTCCAGACACCTTCATCCTCACACCAATCGCTAACCATCGTCACCGGCCACACTGAGTCTGTTTCTTGCCTCGCTTTATGTGGAGAATTCATAATCAGCGCCTCTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1167 bp · LXL04_010934|LXL04_010934|OH1004|CDS

ATGAAACCCTCGATTTTAACCCATCTGATACCAAACGCATTTCTCTCAATCACCACCACCTCCAGAACCAGTAGCAGCGATGAAAGCAGCGACGCCGACGAGATCCTGGCGGCGCCGGTACCCCACGGTTTCATTCACCATGGAAACCCCCAATTCCAGACACCTTCATCCTCACACCAATCGCTAACCATCGTCACCGGCCACACTGAGTCTGTTTCTTGCCTCGCTTTATGTGGAGAATTCATAATCAGCGCCTCTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

388 aa · LXL04_010934|LXL04_010934|OH1004|PROTEIN

MKPSILTHLIPNAFLSITTTSRTSSSDESSDADEILAAPVPHGFIHHGNPQFQTPSSSHQSLTIVTGHTESVSCLALCGEFIISASQGKEIMVWQQPDLRLLTTFGHGRGSVKALVTAGTKIFTAHQDSKIRVWKVSRNLENIFKFVDTLPTNKDYFGKFMKRSHYIQTRRHHKRLWIEHSDTISCLAVHDNLIYSGSWDRTLKVWRLSDFKCIESIKAHDDAINALTTSKDMVFSASADGKIKAWGRLDPESSHFLMVV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010934`
TK1151 ID	TkA03G556730
OH-1004 ID	LXL04_010934
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 76.546 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010934

位置 Chr02:155313921-155315087 (+)

描述 Similar to JGB: Protein JINGUBANG

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g26490`	花粉萌发的负调控因子。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010934 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000281 mitotic cytokinesis 生物过程

GO:0009846 pollen germination 生物过程

GO:0031037 myosin II filament disassembly 生物过程

GO:1903013 response to differentiation-inducing factor 1 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005826 actomyosin contractile ring 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016905 myosin heavy chain kinase activity 分子功能

GO:0042802 identical protein binding 分子功能

GO:0045159 myosin II binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G26490

ddi:DDB_G0289115

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.541

排名 1 · LXL04_010934 · OH-1004

细胞质0.319

排名 2 · LXL04_010934 · OH-1004

细胞膜0.115

排名 3 · LXL04_010934 · OH-1004

内质网0.053

排名 4 · LXL04_010934 · OH-1004

溶酶体／液泡0.050

排名 5 · LXL04_010934 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24017.3Beta-prop_SCAP51-250 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st57-139 aa

PF25171.2Beta-prop_WDR36-Utp21_1st59-141 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st60-137 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR565-248 aa

PF25048.2Beta-prop_TEP1_C68-106 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st106-255 aa

PF24796.2WDR55169-383 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010934	`PF24017.3`	Beta-prop_SCAP	51	250	6.6e-11	42.4
LXL04_010934	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	57	139	8.9e-28	98.1
LXL04_010934	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	59	141	6.1e-14	52.8
LXL04_010934	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	60	137	1.2e-29	104.1
LXL04_010934	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	65	248	2.1e-34	119.9
LXL04_010934	`PF25048.2`	Beta-prop_TEP1_C	68	106	1e-24	87.0
LXL04_010934	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	106	255	6e-20	72.3
LXL04_010934	`PF24796.2`	WDR55	169	383	4.1e-19	69.5
LXL04_010934	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	174	247	2.8e-20	73.5
LXL04_010934	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	177	385	1.6e-26	93.7
LXL04_010934	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	178	333	2.1e-08	34.3
LXL04_010934	`PF00400.39`	WD40	179	206	6.5e-36	121.9
LXL04_010934	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	179	246	1.2e-29	104.1
LXL04_010934	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	179	247	8.9e-28	98.1
LXL04_010934	`PF24814.2`	WD40_Prp19	179	333	4.4e-27	95.6
LXL04_010934	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	179	252	1.6e-20	74.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O48716`	拟南芥	Protein JINGUBANG	43.235%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情