RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_010804
当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 153755471-153766000 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

5322 bp · LXL04_010804|LXL04_010804|OH1004|cDNA

ATGGAGATTATATTAGCTATCATGGGTCCAATTGTTGAAAGTGTATTGGTTCCTGTCAAGAGACATGTGAGTTATCTGTTTTCCTCCACACAACATGTTAGGAAAATGGATACTCGAATAAAGCAACTGGATGGTACAAGCATTGATGccaaaaagaaaaaggagaCGAACATCACCGGCAATCTCGAAATTCCAACTCGTGTACCGGATTGGTTGGAAGAAGTTGAAGATGTCAAGAAACGTGCTCATGGCATTTCAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

5322 bp · LXL04_010804|LXL04_010804|OH1004|CDS

ATGGAGATTATATTAGCTATCATGGGTCCAATTGTTGAAAGTGTATTGGTTCCTGTCAAGAGACATGTGAGTTATCTGTTTTCCTCCACACAACATGTTAGGAAAATGGATACTCGAATAAAGCAACTGGATGGTACAAGCATTGATGCCAAAAAGAAAAAGGAGACGAACATCACCGGCAATCTCGAAATTCCAACTCGTGTACCGGATTGGTTGGAAGAAGTTGAAGATGTCAAGAAACGTGCTCATGGCATTTCAAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1773 aa · LXL04_010804|LXL04_010804|OH1004|PROTEIN

MEIILAIMGPIVESVLVPVKRHVSYLFSSTQHVRKMDTRIKQLDGTSIDAKKKKETNITGNLEIPTRVPDWLEEVEDVKKRAHGISSTGCGCFNMKMRYRAGRNAFKITKEIVDLDEEYSKIIWNDTPKPLGKVNSKNASTSGKSNGDSQNDFRSREKSFNDALSFLQQDHTSQVIGLCGMGGVGKTTMMEQLKKATIEKKTFDYVVKVVIGQQINMFSVQQAVAEYMGQPLNETSKTARADRLRITFEKLPEGRRKVLV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_010804
TK1151 IDTkA03G549980
OH-1004 IDLXL04_010804
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)98.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.772 / OH-1004 99.944
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_010804
位置Chr02:153755471-153766000 (+)
描述Similar to At4g27220: Probable disease resistance protein At4g27220
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g27190 抗病蛋白。 暂无已核实直接文献
At4g27220 可能的疾病抗性蛋白。 暂无已核实直接文献
At4g26090 疾病抗性（R）蛋白，能特异性识别来自铜绿假单胞菌（Pseudomonas syringae）的AvrRpt2 III型效应子致病蛋白。 暂无已核实直接文献
At5g47250 可能的疾病抗性蛋白。 暂无已核实直接文献
At1g63350 潜在的抗病蛋白。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010804 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0002220 innate immune response activating cell surface receptor signaling pathway 生物过程
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程
GO:0016045 detection of bacterium 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0098542 defense response to other organism 生物过程
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0005524 ATP binding 分子功能
GO:0043531 ADP binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G63350
ath:AT4G26090
ath:AT4G27190
ath:AT4G27220
ath:AT5G47250
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.579
排名 1 · LXL04_010804 · OH-1004
细胞质0.279
排名 2 · LXL04_010804 · OH-1004
细胞核0.215
排名 3 · LXL04_010804 · OH-1004
内质网0.087
排名 4 · LXL04_010804 · OH-1004
细胞外0.047
排名 5 · LXL04_010804 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00931.29NB-ARC157-321 aa
PF23598.2LRR_14594-702 aa
PF23247.2LRR_RPS2747-874 aa
PF23247.2LRR_RPS2903-1040 aa
PF23247.2LRR_RPS21108-1229 aa
PF23247.2LRR_RPS21186-1272 aa
PF23247.2LRR_RPS21313-1363 aa
PF23247.2LRR_RPS21385-1481 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_010804PF00931.29NB-ARC1573212.4e-2589.8
LXL04_010804PF23598.2LRR_145947021.7e-1144.2
LXL04_010804PF23247.2LRR_RPS27478742.8e-104346.7
LXL04_010804PF23247.2LRR_RPS290310402.8e-104346.7
LXL04_010804PF23247.2LRR_RPS2110812292.8e-104346.7
LXL04_010804PF23247.2LRR_RPS2118612722.8e-104346.7
LXL04_010804PF23247.2LRR_RPS2131313632.8e-104346.7
LXL04_010804PF23247.2LRR_RPS2138514812.8e-104346.7
LXL04_010804PF23247.2LRR_RPS2153716712.8e-104346.7
LXL04_010804PF23247.2LRR_RPS2165617342.8e-104346.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9T048拟南芥Disease resistance protein At4g2719023.650%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
O81825拟南芥Probable disease resistance protein At4g2722025.743%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q42484拟南芥Disease resistance protein RPS225.869%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9LVT4拟南芥Probable disease resistance protein At5g4725024.286%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9C8T9拟南芥Putative disease resistance protein At1g6335025.703%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看