LXL04_010679 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010679

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 151451332-151455396 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2661 bp · LXL04_010679|LXL04_010679|OH1004|cDNA

ATGGATAAAAATGCTTCACGGACACCATCACAACAACCACCGCCTGTAAACCAAAAGCTACGTCGTTTCAATGTGTGCGAGGATGAACCACCGCCTTCCTCCGCACCTGCTACAGCGTCAACATCATCGTCACAAACTTCAAGTGCAAAAAATGAGTCGGAATCGCAAAAAACTACCCCCACTCTTTCCAGATGTGTCGAATTATACCGTTGTCAAAAAGGCTCGAATGATCCATCTCCCTCGCTAGTCGATTCACCCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2661 bp · LXL04_010679|LXL04_010679|OH1004|CDS

ATGGATAAAAATGCTTCACGGACACCATCACAACAACCACCGCCTGTAAACCAAAAGCTACGTCGTTTCAATGTGTGCGAGGATGAACCACCGCCTTCCTCCGCACCTGCTACAGCGTCAACATCATCGTCACAAACTTCAAGTGCAAAAAATGAGTCGGAATCGCAAAAAACTACCCCCACTCTTTCCAGATGTGTCGAATTATACCGTTGTCAAAAAGGCTCGAATGATCCATCTCCCTCGCTAGTCGATTCACCCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

886 aa · LXL04_010679|LXL04_010679|OH1004|PROTEIN

MDKNASRTPSQQPPPVNQKLRRFNVCEDEPPPSSAPATASTSSSQTSSAKNESESQKTTPTLSRCVELYRCQKGSNDPSPSLVDSPDTQLRSIDEKPSKGLLLHGNLTIWVYEAKELPSMDMFNSSDPYVTIAIANAVVGKTYVIKNTENPTWNQRFDVHVAHHASEVHFLVKDSDAVGSQLIGVVAIPVKDISSGSKFEGIFPLINTNGKPFKATLKLAMQYIRIEKLSSYNNGVGAGPEYTGVPGTYFPLRKGGKVTL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010679`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010679

位置 Chr02:151451332-151455396 (+)

描述 Similar to PLDBETA1: Phospholipase D beta 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g42010`	在末端磷酸二酯键处水解甘油磷脂，生成磷脂酸 (PA)。	暂无已核实直接文献
`At4g00240`	在末端磷酸二酯键处水解甘油磷脂，生成磷脂酸 (PA)。	暂无已核实直接文献
`At4g11850`	在末端磷酸二酯键处水解甘油磷脂，生成磷脂酸。	Expression and characterization of Arabidopsis phospholipase Dgamma2.2006 · DOI: 10.1016/j.bbalip.2006.09.017
`At4g11840`	在末端磷酸二酯键处水解甘油磷脂，生成磷脂酸 (PA)。	暂无已核实直接文献
`At4g11830`	在末端磷酸二酯键处水解甘油磷脂，生成磷脂酸。	Expression and characterization of Arabidopsis phospholipase Dgamma2.2006 · DOI: 10.1016/j.bbalip.2006.09.017

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010679 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006643 membrane lipid metabolic process 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009395 phospholipid catabolic process 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010044 response to aluminum ion 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0046470 phosphatidylcholine metabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G42010

ath:AT4G00240

ath:AT4G11830

ath:AT4G11840

ath:AT4G11850

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.478

排名 1 · LXL04_010679 · OH-1004

细胞膜0.299

排名 2 · LXL04_010679 · OH-1004

细胞核0.218

排名 3 · LXL04_010679 · OH-1004

溶酶体／液泡0.127

排名 4 · LXL04_010679 · OH-1004

高尔基体0.117

排名 5 · LXL04_010679 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00168.37C2105-205 aa

PF00614.30PLDc294-875 aa

PF13091.13PLDc_2734-770 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010679	`PF00168.37`	C2	105	205	5.8e-22	78.6
LXL04_010679	`PF00614.30`	PLDc	294	875	2.2e-224	746.7
LXL04_010679	`PF13091.13`	PLDc_2	734	770	7.4e-10	39.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P93733`	拟南芥	Phospholipase D beta 1	65.746%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O23078`	拟南芥	Phospholipase D beta 2	66.947%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9T053`	拟南芥	Phospholipase D gamma 1	62.454%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9T052`	拟南芥	Phospholipase D gamma 3	61.864%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9T051`	拟南芥	Phospholipase D gamma 2	61.715%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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