LXL04_010654 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010654

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 150859179-150872968 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2971 bp · LXL04_010654|LXL04_010654|OH1004|cDNA

ATGTCGATAATTCTCGACGATAGTTTGAGACTTTTGGTTACTCTTACACTCATTTTGTCCACACTTGTGGTCTTTGAAGTAACCGGTATTCAACCACAAGGCGGACATCTTCCTCCAGAAGAAGGCAAGTTCTTTGTTACCGAGTTTCTCATTTTAAAATTCCAGGTCGCACCATCTCCATATCCAGCTCCATGTCGTCCTTGCAGCCGGGCATTCAACGAGCACGTGATCAGATCTCTCAAAGGGCAGGATCTTGACGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2955 bp · LXL04_010654|LXL04_010654|OH1004|CDS

ATGTCGATAATTCTCGACGATAGTTTGAGACTTTTGGTTACTCTTACACTCATTTTGTCCACACTTGTGGTCTTTGAAGTAACCGGTATTCAACCACAAGGCGGACATCTTCCTCCAGAAGAAGGCAAGTTCTTTGTTACCGAGTTTCTCATTTTAAAATTCCAGGTCGCACCATCTCCATATCCAGCTCCATGTCGTCCTTGCAGCCGGGCATTCAACGAGCACGTGATCAGATCTCTCAAAGGGCAGGATCTTGACGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

984 aa · LXL04_010654|LXL04_010654|OH1004|PROTEIN

MSIILDDSLRLLVTLTLILSTLVVFEVTGIQPQGGHLPPEEGKFFVTEFLILKFQVAPSPYPAPCRPCSRAFNEHVIRSLKGQDLDGVLPPSLGKLTYIKNIDLSRNYLSGTIPPEWSSIRPISLSVMVNRLSGRIPTYLGDITSLVYLSLESNMFSETVPAELGKLENLENLILQANYLCGELPMELNNLAKLQEFRLSSNKFTGKIPRLENWSHLKTLEMEGSGLEGPIHESLSFLTNLVELRISDLSGESSHFPNLS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010654`
TK1151 ID	TkA03G541180
OH-1004 ID	LXL04_010654
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	94.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010654

位置 Chr02:150859179-150872968 (+)

描述 Similar to LRR-RLK: Probable leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g14840

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g14840`	可能的富含亮氨酸重复（LRR）受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At3g14840。	暂无已核实直接文献
`At1g53430`	可能的 LRR 受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At1g53430。	暂无已核实直接文献
`At1g07650`	可能的LRR受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶At1g07650。	暂无已核实直接文献
`At1g53440`	可能的 LRR 受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At1g53440。	暂无已核实直接文献
`At1g53420`	可能的 LRR 受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At1g53420。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010654 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009861 jasmonic acid and ethylene-dependent systemic resistance 生物过程

GO:0031667 response to nutrient levels 生物过程

GO:0045088 regulation of innate immune response 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G07650

ath:AT1G53430

ath:AT1G53440

ath:AT3G14840

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.782

排名 1 · LXL04_010654 · OH-1004

内质网0.104

排名 2 · LXL04_010654 · OH-1004

细胞质0.085

排名 3 · LXL04_010654 · OH-1004

细胞核0.060

排名 4 · LXL04_010654 · OH-1004

溶酶体／液泡0.049

排名 5 · LXL04_010654 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23598.2LRR_1488-222 aa

PF23598.2LRR_14135-299 aa

PF11721.15Malectin393-578 aa

PF00069.32Pkinase651-856 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr653-920 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010654	`PF23598.2`	LRR_14	88	222	1.2e-13	51.3
LXL04_010654	`PF23598.2`	LRR_14	135	299	1.2e-13	51.3
LXL04_010654	`PF11721.15`	Malectin	393	578	1.7e-32	113.4
LXL04_010654	`PF00069.32`	Pkinase	651	856	1.2e-44	153.5
LXL04_010654	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	653	920	7.1e-48	163.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`C0LGN2`	拟南芥	Probable leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g14840	49.299%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`C0LGG8`	拟南芥	Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g53430	52.273%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`C0LGE0`	拟南芥	Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g07650	48.958%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`C0LGG9`	拟南芥	Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g53440	50.733%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`C0LGG7`	拟南芥	Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g53420	47.898%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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