LXL04_010547 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010547

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 148885790-148889053 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

810 bp · LXL04_010547|LXL04_010547|OH1004|cDNA

ATGGATATCGAACAAAAGCAAGCGGAGCACATCGAGCACTTCGTGAAACAAGCGTCCAGCAATCAGACTTCATCATCTTATCTCGCAAATGTCATCGTGGAAGCCACTTCACACCCTTCTCTCTTTGCTTTCTCCGAGATTCTTGCTCTCCCTAAGATCCTCGAGCTTCAAGGAACGGAGCATTCTATATACCTTGATTTGCTTCAGATGTTTGCTCATGGAACATGGAGTGAATACAAAAGTAGTGCTAGCAGGCTTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

810 bp · LXL04_010547|LXL04_010547|OH1004|CDS

ATGGATATCGAACAAAAGCAAGCGGAGCACATCGAGCACTTCGTGAAACAAGCGTCCAGCAATCAGACTTCATCATCTTATCTCGCAAATGTCATCGTGGAAGCCACTTCACACCCTTCTCTCTTTGCTTTCTCCGAGATTCTTGCTCTCCCTAAGATCCTCGAGCTTCAAGGAACGGAGCATTCTATATACCTTGATTTGCTTCAGATGTTTGCTCATGGAACATGGAGTGAATACAAAAGTAGTGCTAGCAGGCTTCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

269 aa · LXL04_010547|LXL04_010547|OH1004|PROTEIN

MDIEQKQAEHIEHFVKQASSNQTSSSYLANVIVEATSHPSLFAFSEILALPKILELQGTEHSIYLDLLQMFAHGTWSEYKSSASRLPLLTPDQILKLKQLTMLTLAEANKVLSYDVLMHELDVVNVRELEDFLINECMYVGIVRGKLDQLRRCFEVQFAAGRDLRPGQLGNMIHTLSDWLGTSDNLLISIQDKIKWADTMSELDRKHKKENEERLEEVKNALSLKVRKVTNCQQADMEFRGHGGLFAEPGGVMDYDEDRR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010547`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010547

位置 Chr02:148885790-148889053 (-)

描述 Similar to CSN7: COP9 signalosome complex subunit 7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g02090`	COP9 信号体复合物的组成部分，该复合物参与各种细胞和发育过程，例如光形态发生以及生长素和茉莉酸反应。	The Arabidopsis COP9 signalosome subunit 7 is a model PCI domain protein with subdomains involved in COP9 signalosome assembly.2008 · DOI: 10.1105/tpc.107.053801 COP9 signalosome subunit 7 from Arabidopsis interacts with and regulates the small subunit of ribonucleotide reductase (RNR2).2011 · DOI: 10.1007/s11103-011-9795-8

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010547 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000338 protein deneddylation 生物过程

GO:0007281 germ cell development 生物过程

GO:0009585 red, far-red light phototransduction 生物过程

GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程

GO:0010387 COP9 signalosome assembly 生物过程

GO:0036099 female germ-line stem cell population maintenance 生物过程

GO:0050821 protein stabilization 生物过程

GO:2000434 regulation of protein neddylation 生物过程

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0008180 COP9 signalosome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G02090

ddi:DDB_G0271282

dme:Dmel_CG2038

hsa:64708

mmu:26895

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.617

排名 1 · LXL04_010547 · OH-1004

细胞核0.610

排名 2 · LXL04_010547 · OH-1004

溶酶体／液泡0.033

排名 3 · LXL04_010547 · OH-1004

高尔基体0.033

排名 4 · LXL04_010547 · OH-1004

细胞膜0.031

排名 5 · LXL04_010547 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

没有找到该查询的结果。

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94JU3`	拟南芥	COP9 signalosome complex subunit 7	70.260%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情