LXL04_010469 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010469

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 147198920-147206815 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4110 bp · LXL04_010469|LXL04_010469|OH1004|cDNA

ATGCCGCCGAGGAAGAAAGCCGCCTCCGCCGCCGGAGGGTCGAAGAAATCAAACCAAAATCAACAACAGTCATCTGAAAAACCCTCCAAATTTGGCATTCAACATTTCTTCGAACGCCACACTCAaaactctctctctcaaaaCCCCCAAAAACAGCAGCCCGCCATCGCAAAAGCATCCTCAGTTGATGTCGGTTCGGATCCAGTAAGATTAAACCAACCGGTTGCCAGTACTATCGCTGGCTCTAGTTCCGATTCCGG...

CDS

下载 CDS FASTA

4110 bp · LXL04_010469|LXL04_010469|OH1004|CDS

ATGCCGCCGAGGAAGAAAGCCGCCTCCGCCGCCGGAGGGTCGAAGAAATCAAACCAAAATCAACAACAGTCATCTGAAAAACCCTCCAAATTTGGCATTCAACATTTCTTCGAACGCCACACTCAAAACTCTCTCTCTCAAAACCCCCAAAAACAGCAGCCCGCCATCGCAAAAGCATCCTCAGTTGATGTCGGTTCGGATCCAGTAAGATTAAACCAACCGGTTGCCAGTACTATCGCTGGCTCTAGTTCCGATTCCGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1369 aa · LXL04_010469|LXL04_010469|OH1004|PROTEIN

MPPRKKAASAAGGSKKSNQNQQQSSEKPSKFGIQHFFERHTQNSLSQNPQKQQPAIAKASSVDVGSDPVRLNQPVASTIAGSSSDSGVNPRTELGPGNANKEDNKNPSQSTPVEDLISVGRGDANGNRLEVSPEFCKSLSRKRMKFSPGMLIDQSQDDGGDEVTWRISPVNERLHALTKNLVDARKVLGESSRINIMKFKQSSDNKFSPCSSFKLERVLSSPPMKATESSLKFIKGINLEKRNLEQDLISYGNNEKATDK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010469`
TK1151 ID	TkA03G529260
OH-1004 ID	LXL04_010469
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010469

位置 Chr02:147198920-147206815 (-)

描述 Similar to JHS1: DNA replication ATP-dependent helicase/nuclease JHS1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g08840`	胚胎发生期间必需的蛋白质。	A DNA2 Homolog Is Required for DNA Damage Repair, Cell Cycle Regulation, and Meristem Maintenance in Plants.2016 · DOI: 10.1104/pp.16.00312

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010469 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000076 DNA replication checkpoint signaling 生物过程

GO:0000723 telomere maintenance 生物过程

GO:0000729 DNA double-strand break processing 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006264 mitochondrial DNA replication 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006284 base-excision repair 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0010073 meristem maintenance 生物过程

GO:0015880 coenzyme A transport 生物过程

GO:0032201 telomere maintenance via semi-conservative replication 生物过程

GO:0033567 DNA replication, Okazaki fragment processing 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G08840

gga:423688

mmu:327762

xla:378492

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.849

排名 1 · LXL04_010469 · OH-1004

细胞质0.170

排名 2 · LXL04_010469 · OH-1004

线粒体0.059

排名 3 · LXL04_010469 · OH-1004

细胞膜0.023

排名 4 · LXL04_010469 · OH-1004

内质网0.011

排名 5 · LXL04_010469 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08696.18Dna2387-589 aa

PF12705.14PDDEXK_1445-706 aa

PF13604.13AAA_30944-1108 aa

PF13086.13AAA_11945-1034 aa

PF00580.28UvrD-helicase945-1010 aa

PF13245.13AAA_19949-1108 aa

PF13086.13AAA_111045-1112 aa

PF13087.13AAA_121121-1320 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010469	`PF08696.18`	Dna2	387	589	9e-60	202.6
LXL04_010469	`PF12705.14`	PDDEXK_1	445	706	3.4e-06	27.9
LXL04_010469	`PF13604.13`	AAA_30	944	1108	1.2e-09	38.9
LXL04_010469	`PF13086.13`	AAA_11	945	1034	4.8e-35	122.3
LXL04_010469	`PF00580.28`	UvrD-helicase	945	1010	9.2e-06	26.2
LXL04_010469	`PF13245.13`	AAA_19	949	1108	3.3e-08	34.5
LXL04_010469	`PF13086.13`	AAA_11	1045	1112	4.8e-35	122.3
LXL04_010469	`PF13087.13`	AAA_12	1121	1320	5.5e-51	173.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`A0A1P8ASY1`	拟南芥	DNA replication ATP-dependent helicase/nuclease JHS1	54.453%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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