LXL04_010419 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010419

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 146330375-146331641 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

837 bp · LXL04_010419|LXL04_010419|OH1004|cDNA

ATGAACTTCGGAGGCCAGAAGAGGGGCAGGCCGGATGGTGGTCGAAATGGAGCTCCCAAGCGACCAAAACAAGAAATGGATACACCTGGTGTAGGAAGCAAATCAAAGCCATGCATGAAGTTTTTCAGTACTTCCGGGTGCCAATTTGGTGAAGGCTGCCACTTCTTACACTATGTCCCAGGCGGCTACAATGCCGCCAACCAGTTCCCAAACATGGGCGGCAGAAAGCCCTCAATGCCGCCACCACAACCCTTCACCGC...

CDS

下载 CDS FASTA

837 bp · LXL04_010419|LXL04_010419|OH1004|CDS

ATGAACTTCGGAGGCCAGAAGAGGGGCAGGCCGGATGGTGGTCGAAATGGAGCTCCCAAGCGACCAAAACAAGAAATGGATACACCTGGTGTAGGAAGCAAATCAAAGCCATGCATGAAGTTTTTCAGTACTTCCGGGTGCCAATTTGGTGAAGGCTGCCACTTCTTACACTATGTCCCAGGCGGCTACAATGCCGCCAACCAGTTCCCAAACATGGGCGGCAGAAAGCCCTCAATGCCGCCACCACAACCCTTCACCGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

278 aa · LXL04_010419|LXL04_010419|OH1004|PROTEIN

MNFGGQKRGRPDGGRNGAPKRPKQEMDTPGVGSKSKPCMKFFSTSGCQFGEGCHFLHYVPGGYNAANQFPNMGGRKPSMPPPQPFTAGPPPPVKTKLCNKLNTPEGCTFGNKCRFAHSQAEIGGRPYENHHAPPPQMGYGGGYRPTPPGLAGNFGESATAKVSIDASLAGAVIGKGGVNAKHICQLTGVKLNISDHESDINQKNVELEGSFDQIKQASAMVSEVLMSLTGGGNPAKKGGGGGGGNNFKTKMCENFAKGKC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010419`
TK1151 ID	TkA03G526680
OH-1004 ID	LXL04_010419
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	61.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 72.222 / OH-1004 47.842 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010419

位置 Chr02:146330375-146331641 (+)

描述 Similar to Os02g0194200: Zinc finger CCCH domain-containing protein 14

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g12130`	含锌指CCCH结构域的蛋白质36。	暂无已核实直接文献
`At5g06770`	含锌指CCCH结构域的蛋白52。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0194200`	含锌指CCCH结构域的蛋白质14。	暂无已核实直接文献
`Os06g0618100`	含锌指CCCH结构域蛋白44。	暂无已核实直接文献
`Os04g0665700`	含锌指CCCH结构域蛋白31。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010419 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0051252 regulation of RNA metabolic process 生物过程

GO:1900057 positive regulation of leaf senescence 生物过程

GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G12130

ath:AT5G06770

dosa:Os02g0194200

dosa:Os04g0665700

dosa:Os06g0618100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.767

排名 1 · LXL04_010419 · OH-1004

细胞质0.466

排名 2 · LXL04_010419 · OH-1004

内质网0.038

排名 3 · LXL04_010419 · OH-1004

细胞膜0.034

排名 4 · LXL04_010419 · OH-1004

线粒体0.030

排名 5 · LXL04_010419 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25585.2zf-CCCH_DUS3L94-117 aa

PF18044.8zf-CCCH_4100-117 aa

PF00013.36KH_1159-222 aa

PF00642.31zf-CCCH247-272 aa

PF18044.8zf-CCCH_4250-270 aa

PF18345.8zf_CCCH_4252-270 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010419	`PF25585.2`	zf-CCCH_DUS3L	94	117	2.1e-11	44.3
LXL04_010419	`PF18044.8`	zf-CCCH_4	100	117	2.9e-11	43.6
LXL04_010419	`PF00013.36`	KH_1	159	222	1.2e-12	48.1
LXL04_010419	`PF00642.31`	zf-CCCH	247	272	9.5e-14	51.6
LXL04_010419	`PF18044.8`	zf-CCCH_4	250	270	2.9e-11	43.6
LXL04_010419	`PF18345.8`	zf_CCCH_4	252	270	6.9e-09	36.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C7C3`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 36	47.241%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FG30`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 52	44.776%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q7F8R0`	水稻	Zinc finger CCCH domain-containing protein 14	53.947%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q69XQ3`	水稻	Zinc finger CCCH domain-containing protein 44	54.639%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7XPK1`	水稻	Zinc finger CCCH domain-containing protein 31	50.165%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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