LXL04_010414 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010414

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 146225195-146226904 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1128 bp · LXL04_010414|LXL04_010414|OH1004|cDNA

ATGGCTCTCGTGAGCAAACTtccttcatcttcatcttcatcttcgtCGTCGTCATCACTAACCCATTTCAGAAAACCCCTATTTTCCACTCTGAGACCCGCCAGTTCCGTACATTTTACAAAAACATCTTGTTCAGCTTCGCCTTTCACTGAAAAACATTCAATTGAGAGATACCAAAGGGACAAATGGGTGTTCAAGAACCAATTAGATCAAAACCCACCTGAAAATCACCCCAATTTCACAACTAGGGATTATGAAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1128 bp · LXL04_010414|LXL04_010414|OH1004|CDS

ATGGCTCTCGTGAGCAAACTTCCTTCATCTTCATCTTCATCTTCGTCGTCGTCATCACTAACCCATTTCAGAAAACCCCTATTTTCCACTCTGAGACCCGCCAGTTCCGTACATTTTACAAAAACATCTTGTTCAGCTTCGCCTTTCACTGAAAAACATTCAATTGAGAGATACCAAAGGGACAAATGGGTGTTCAAGAACCAATTAGATCAAAACCCACCTGAAAATCACCCCAATTTCACAACTAGGGATTATGAAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

375 aa · LXL04_010414|LXL04_010414|OH1004|PROTEIN

MALVSKLPSSSSSSSSSSSLTHFRKPLFSTLRPASSVHFTKTSCSASPFTEKHSIERYQRDKWVFKNQLDQNPPENHPNFTTRDYEIALQLPELKNLLQVLREKREKGGDGESGKGRPGNVFLVGTGPGDPELLTLKALKVIQSADLLLYDRLVSNDVLEMVRPDARLLYVGKTAGYHSRTQEEIHELLLSFAEVGANVVRLKGGDPLVFGRGGEEMDFLQQQGIQVKVIPGITAASGIAAELGVPLTHRGVANSVRFLT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010414`
TK1151 ID	TkA03G526170
OH-1004 ID	LXL04_010414
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	93.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010414

位置 Chr02:146225195-146226904 (+)

描述 Similar to cysG: Siroheme synthase (Acinetobacter baylyi (strain ATCC 33305 / BD413 / ADP1)

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g40850`	西罗血红素生物合成所需的必需蛋白质。	Alleviation of Nitrogen and Sulfur Deficiency and Enhancement of Photosynthesis in Arabidopsis thaliana by Overexpression of Uroporphyrinogen III Methyltransferase ( UPM1 ).2017 · DOI: 10.3389/fpls.2017.02265 Siroheme biosynthesis in higher plants. Analysis of an S-adenosyl-L-methionine-dependent uroporphyrinogen III methyltransferase from Arabidopsis thaliana.1997 · DOI: 10.1074/jbc.272.5.2744

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010414 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0019354 siroheme biosynthetic process 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0090352 regulation of nitrate assimilation 生物过程

GO:1900058 regulation of sulfate assimilation 生物过程

GO:1902326 positive regulation of chlorophyll biosynthetic process 生物过程

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0004851 uroporphyrin-III C-methyltransferase activity 分子功能

GO:0043115 precorrin-2 dehydrogenase activity 分子功能

GO:0051266 sirohydrochlorin ferrochelatase activity 分子功能

GO:0051287 NAD binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

aci:ACIAD2934

ath:AT5G40850

avn:Avin_28170

sde:Sde_1698

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.928

排名 1 · LXL04_010414 · OH-1004

线粒体0.108

排名 2 · LXL04_010414 · OH-1004

细胞质0.028

排名 3 · LXL04_010414 · OH-1004

细胞核0.026

排名 4 · LXL04_010414 · OH-1004

细胞膜0.012

排名 5 · LXL04_010414 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00590.26TP_methylase121-332 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010414	`PF00590.26`	TP_methylase	121	332	1.8e-51	175.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q42606`	拟南芥	S-adenosyl-L-methionine-dependent uroporphyrinogen III methyltransferase, chloroplastic	70.027%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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