LXL04_010399 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010399

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 146047174-146047677 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

504 bp · LXL04_010399|LXL04_010399|OH1004|cDNA

ATGGCTCAGAGAACGGAGAAAGAAGAGACAGAATTCAAGGTTGTGCCGGAAACGCTGACTCTGTGCGTTAACAACTGCGGCGTCGTTGGGAATCCGGCGAACAACAATATGTGTCAGAAGTGTTTCAATTCAACGACGACCGCGAGCTCGACGACGTCGCAACGTATTCGTAGCAGATCCAGCTCGTTCCGGTCGACGTCTCCTCGCGCAGTATCGGTAGATCTGGTGGTGGATCGGACGGTTGTGGTGGTAAATGAAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

504 bp · LXL04_010399|LXL04_010399|OH1004|CDS

ATGGCTCAGAGAACGGAGAAAGAAGAGACAGAATTCAAGGTTGTGCCGGAAACGCTGACTCTGTGCGTTAACAACTGCGGCGTCGTTGGGAATCCGGCGAACAACAATATGTGTCAGAAGTGTTTCAATTCAACGACGACCGCGAGCTCGACGACGTCGCAACGTATTCGTAGCAGATCCAGCTCGTTCCGGTCGACGTCTCCTCGCGCAGTATCGGTAGATCTGGTGGTGGATCGGACGGTTGTGGTGGTAAATGAAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

167 aa · LXL04_010399|LXL04_010399|OH1004|PROTEIN

MAQRTEKEETEFKVVPETLTLCVNNCGVVGNPANNNMCQKCFNSTTTASSTTSQRIRSRSSSFRSTSPRAVSVDLVVDRTVVVVNEELKETEKTETVVVVVKKEVSRCSGCRKRVGLTGFRCRCGDLFCAEHRYSDRHDCSYDYKTAGREAIARDNPVVKAAKIVRI

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010399`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010399

位置 Chr02:146047174-146047677 (+)

描述 Similar to SAP5: Zinc finger A20 and AN1 domain-containing stress-associated protein 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g12630`	可能参与环境胁迫反应。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0486500`	可能参与环境胁迫反应。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2Z2J6`	可能参与环境胁迫反应。	暂无已核实直接文献
`Os08g0504700`	可能参与环境胁迫反应。	暂无已核实直接文献
`Os02g0195600`	可能参与环境胁迫反应。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010399 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G12630

dosa:Os02g0195600

dosa:Os08g0504700

dosa:Os09g0486500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.861

排名 1 · LXL04_010399 · OH-1004

细胞质0.252

排名 2 · LXL04_010399 · OH-1004

线粒体0.028

排名 3 · LXL04_010399 · OH-1004

细胞膜0.018

排名 4 · LXL04_010399 · OH-1004

内质网0.009

排名 5 · LXL04_010399 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01754.24zf-A2021-45 aa

PF01428.24zf-AN1108-145 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010399	`PF01754.24`	zf-A20	21	45	2e-10	40.8
LXL04_010399	`PF01428.24`	zf-AN1	108	145	8.6e-10	39.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LHJ8`	拟南芥	Zinc finger A20 and AN1 domain-containing stress-associated protein 5	54.971%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A3C039`	水稻	Zinc finger A20 and AN1 domain-containing stress-associated protein 1	49.701%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`A2Z2J6`	水稻	Zinc finger A20 and AN1 domain-containing stress-associated protein 1	49.701%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q84PD8`	水稻	Zinc finger A20 and AN1 domain-containing stress-associated protein 11	46.199%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6H7P8`	水稻	Zinc finger A20 and AN1 domain-containing stress-associated protein 4	42.945%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情