LXL04_010303 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010303

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 143903668-143905449 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1275 bp · LXL04_010303|LXL04_010303|OH1004|cDNA

ATGGCTGGGTTACTAGGAACTTCTTCTGCAGCAGCAGCACTACTGAGCTCTCGATCaatttcttcttcctcttcgtCAAAGGCCTCAATTCCTGCTTTATCCTTTAATCCAGTGCATAATCAAGGCCGAAGGTTTTACGGAGGTATAGGACTTCCATCAAAGAAAGGAAGGTCCCATTTCTCGATCTCAAATGTCGCCACCGAACTCAGCCCAGCCCAAGAACAGGCACAAAAACTCTCAAAAGAAAACCAAAGACCCGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1275 bp · LXL04_010303|LXL04_010303|OH1004|CDS

ATGGCTGGGTTACTAGGAACTTCTTCTGCAGCAGCAGCACTACTGAGCTCTCGATCAATTTCTTCTTCCTCTTCGTCAAAGGCCTCAATTCCTGCTTTATCCTTTAATCCAGTGCATAATCAAGGCCGAAGGTTTTACGGAGGTATAGGACTTCCATCAAAGAAAGGAAGGTCCCATTTCTCGATCTCAAATGTCGCCACCGAACTCAGCCCAGCCCAAGAACAGGCACAAAAACTCTCAAAAGAAAACCAAAGACCCGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

424 aa · LXL04_010303|LXL04_010303|OH1004|PROTEIN

MAGLLGTSSAAAALLSSRSISSSSSSKASIPALSFNPVHNQGRRFYGGIGLPSKKGRSHFSISNVATELSPAQEQAQKLSKENQRPVYPFAAIVGQDEMKLCLLLNVIDPKIGGVMIMGDRGTGKSTTVRSLVDLLPEITVVQSDPFNSDPSDPESMGMEVREKLIKGEQLPTLKVKINMVDLPLGATEDRVCGTIDIEKALTEGVKAFEPGLLAKANRGILYVDEVNLLDDHLVDVLLDSAASGWNTVEREGISISHPA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010303`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010303

位置 Chr02:143903668-143905449 (-)

描述 Similar to CHLI: Magnesium-chelatase subunit ChlI, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g18480`	参与叶绿素生物合成。	Chlorophyll biosynthesis. Expression of a second chl I gene of magnesium chelatase in Arabidopsis supports only limited chlorophyll synthesis.2002 · DOI: 10.1104/pp.010625 An Arabidopsis mutant that is resistant to the protoporphyrinogen oxidase inhibitor acifluorfen shows regulatory changes in tetrapyrrole biosynthesis.2005 · DOI: 10.1007/s00438-005-1129-6 The CHLI1 subunit of Arabidopsis thaliana magnesium chelatase is a target protein of the chloroplast thioredoxin.2007 · DOI: 10.1074/jbc.m703324200 Functional analysis of Arabidopsis thaliana isoforms of the Mg-chelatase CHLI subunit.2008 · DOI: 10.1039/b802604c Roles of the different components of magnesium chelatase in abscisic acid signal transduction.2012 · DOI: 10.1007/s11103-012-9965-3 Mg-chelatase I subunit 1 and Mg-protoporphyrin IX methyltransferase affect the stomatal aperture in Arabidopsis thaliana.2014 · DOI: 10.1007/s10265-014-0636-0
`At5g45930`	参与叶绿素生物合成。	Functional analysis of Arabidopsis thaliana isoforms of the Mg-chelatase CHLI subunit.2008 · DOI: 10.1039/b802604c Arabidopsis CHLI2 can substitute for CHLI1.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.135368

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0563300`	参与叶绿素生物合成。	Rice Chlorina-1 and Chlorina-9 encode ChlD and ChlI subunits of Mg-chelatase, a key enzyme for chlorophyll synthesis and chloroplast development.2006 · DOI: 10.1007/s11103-006-9024-z C-terminal residues of oryza sativa GUN4 are required for the activation of the ChlH subunit of magnesium chelatase in chlorophyll synthesis.2012 · DOI: 10.1016/j.febslet.2011.12.026

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010303 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0015979 photosynthesis 生物过程

GO:0015995 chlorophyll biosynthetic process 生物过程

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0010007 magnesium chelatase complex 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016851 magnesium chelatase activity 分子功能

GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G18480

ath:AT5G45930

dosa:Os03g0563300

gmx:100784256

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.883

排名 1 · LXL04_010303 · OH-1004

线粒体0.137

排名 2 · LXL04_010303 · OH-1004

细胞核0.032

排名 3 · LXL04_010303 · OH-1004

细胞质0.021

排名 4 · LXL04_010303 · OH-1004

细胞膜0.009

排名 5 · LXL04_010303 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01078.28Mg_chelatase200-270 aa

PF00493.30MCM200-275 aa

PF17863.8AAA_lid_2350-408 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010303	`PF01078.28`	Mg_chelatase	200	270	2.1e-11	44.3
LXL04_010303	`PF00493.30`	MCM	200	275	2.4e-06	27.6
LXL04_010303	`PF17863.8`	AAA_lid_2	350	408	3.8e-20	72.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P16127`	拟南芥	Magnesium-chelatase subunit ChlI-1, chloroplastic	77.986%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5XF33`	拟南芥	Magnesium-chelatase subunit ChlI-2, chloroplastic	77.986%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q53RM0`	水稻	Magnesium-chelatase subunit ChlI, chloroplastic	84.890%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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