LXL04_010248 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010248

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 142927359-142927749 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

309 bp · LXL04_010248|LXL04_010248|OH1004|cDNA

ATGGAAAATGCTCGATCAAATCCCTTTCTTGATGGTTACAAAGCTCTCTTACAGGAGCCGTTGCCGGAGGCCAAAGATGATATCAATTCTGCTTATTCTTTTTCTGTAGAAGCTGCCTGCATAAATCGAAACTTCTCACAGCAGTTGTTGGGTACAAACCTAAGCAGTTTTCTGGTCAGGTTTAATTTGAATACTTCAAATATGTGGGGAATAGTGAAGGCAATTGTGGATTTGTGCATGAAGTTGAATGAAGGAATCTA...

CDS

下载 CDS FASTA

309 bp · LXL04_010248|LXL04_010248|OH1004|CDS

ATGGAAAATGCTCGATCAAATCCCTTTCTTGATGGTTACAAAGCTCTCTTACAGGAGCCGTTGCCGGAGGCCAAAGATGATATCAATTCTGCTTATTCTTTTTCTGTAGAAGCTGCCTGCATAAATCGAAACTTCTCACAGCAGTTGTTGGGTACAAACCTAAGCAGTTTTCTGGTCAGGTTTAATTTGAATACTTCAAATATGTGGGGAATAGTGAAGGCAATTGTGGATTTGTGCATGAAGTTGAATGAAGGAATCTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

102 aa · LXL04_010248|LXL04_010248|OH1004|PROTEIN

MENARSNPFLDGYKALLQEPLPEAKDDINSAYSFSVEAACINRNFSQQLLGTNLSSFLVRFNLNTSNMWGIVKAIVDLCMKLNEGIYVCVGERFTEASSEDL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010248`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010248

位置 Chr02:142927359-142927749 (+)

描述 Similar to TIF3D1: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g20980`	真核翻译起始因子3（eIF-3）复合体的mRNA帽结合成分，参与特定mRNA群的蛋白质合成，并与其他起始因子一起，促进mRNA和甲硫氨酰-tRNAi与40S核糖体的结合。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010248 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001732 formation of cytoplasmic translation initiation complex 生物过程

GO:0002191 cap-dependent translational initiation 生物过程

GO:0006413 translational initiation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005852 eukaryotic translation initiation factor 3 complex 细胞组分

GO:0016282 eukaryotic 43S preinitiation complex 细胞组分

GO:0033290 eukaryotic 48S preinitiation complex 细胞组分

GO:0071540 eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e 细胞组分

GO:0071541 eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0003743 translation initiation factor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G20980

ssl:SS1G_13938

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.416

排名 1 · LXL04_010248 · OH-1004

细胞核0.382

排名 2 · LXL04_010248 · OH-1004

线粒体0.146

排名 3 · LXL04_010248 · OH-1004

细胞膜0.098

排名 4 · LXL04_010248 · OH-1004

内质网0.073

排名 5 · LXL04_010248 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05091.19eIF-3_zeta19-52 aa

PF05091.19eIF-3_zeta55-90 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010248	`PF05091.19`	eIF-3_zeta	19	52	4.5e-15	56.3
LXL04_010248	`PF05091.19`	eIF-3_zeta	55	90	4.5e-15	56.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P56820`	拟南芥	Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D	63.636%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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