LXL04_010223 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010223

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 142406362-142412631 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2223 bp · LXL04_010223|LXL04_010223|OH1004|cDNA

ATGGGGACGATTTATCCAGATGATGATTACGATTACTTGTTAGATGATGATGACGATTACTTGTTAGATGATGATTACGATTACTTGTTCAAGGGTATTCTACTCGGCGATTCAGGTGTCGGTAAAACCAATCTTTTGTCACGATTCTCCAAGAACAAATTCAACCTCGAATCCGAACGCACCATCGGGGTTGAATTCGCCACCGCTAGCATCAACGTTGATGACACGATCATCAAAGCTCAAATTTGGGACACCTCCGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2223 bp · LXL04_010223|LXL04_010223|OH1004|CDS

ATGGGGACGATTTATCCAGATGATGATTACGATTACTTGTTAGATGATGATGACGATTACTTGTTAGATGATGATTACGATTACTTGTTCAAGGGTATTCTACTCGGCGATTCAGGTGTCGGTAAAACCAATCTTTTGTCACGATTCTCCAAGAACAAATTCAACCTCGAATCCGAACGCACCATCGGGGTTGAATTCGCCACCGCTAGCATCAACGTTGATGACACGATCATCAAAGCTCAAATTTGGGACACCTCCGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

740 aa · LXL04_010223|LXL04_010223|OH1004|PROTEIN

MGTIYPDDDYDYLLDDDDDYLLDDDYDYLFKGILLGDSGVGKTNLLSRFSKNKFNLESERTIGVEFATASINVDDTIIKAQIWDTSGQERYRTITNSYCQGSVGALLIYDITRKGTFENVERWLQELRNHIDQNIVIMLVGNKLDQRHLRVVTIDEAKAFAKRENINLFMETSALDGLNVYNAFAELLTQIYYAAGKKDAKAFAHRKNINLFMETSALNISNVMNAFTKVVTQIKHVMCKKMADVKKVNDQMAMVEPKGQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010223`
TK1151 ID	TkA03G512400
OH-1004 ID	LXL04_010223
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	96.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 85.627 / OH-1004 37.703 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010223

位置 Chr02:142406362-142412631 (+)

描述 Similar to RAB11B: Ras-related protein Rab11B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g15060`	细胞内囊泡运输和蛋白质运输。	暂无已核实直接文献
`At5g60860`	细胞内囊泡运输和蛋白质运输。	暂无已核实直接文献
`At5g45750`	细胞内囊泡运输和蛋白质运输。	暂无已核实直接文献
`At4g18430`	细胞内囊泡运输和蛋白质运输。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010223 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0042546 cell wall biogenesis 生物过程

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0003924 GTPase activity 分子功能

GO:0005525 GTP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G15060

ath:AT5G60860

nta:107770722

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.643

排名 1 · LXL04_010223 · OH-1004

细胞核0.253

排名 2 · LXL04_010223 · OH-1004

细胞膜0.111

排名 3 · LXL04_010223 · OH-1004

线粒体0.098

排名 4 · LXL04_010223 · OH-1004

溶酶体／液泡0.059

排名 5 · LXL04_010223 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00071.29Ras31-192 aa

PF00025.28Arf31-190 aa

PF08477.20Roc33-145 aa

PF00009.34GTP_EFTU53-184 aa

PF14223.15Retrotran_gag_2305-355 aa

PF00025.28Arf389-557 aa

PF10662.16PduV-EutP397-451 aa

PF00071.29Ras399-560 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010223	`PF00071.29`	Ras	31	192	1.4e-116	386.3
LXL04_010223	`PF00025.28`	Arf	31	190	2.9e-20	73.2
LXL04_010223	`PF08477.20`	Roc	33	145	3.7e-65	218.2
LXL04_010223	`PF00009.34`	GTP_EFTU	53	184	1.6e-06	28.6
LXL04_010223	`PF14223.15`	Retrotran_gag_2	305	355	1e-12	48.8
LXL04_010223	`PF00025.28`	Arf	389	557	2.9e-20	73.2
LXL04_010223	`PF10662.16`	PduV-EutP	397	451	1.4e-07	32.1
LXL04_010223	`PF00071.29`	Ras	399	560	1.4e-116	386.3
LXL04_010223	`PF08477.20`	Roc	399	513	3.7e-65	218.2
LXL04_010223	`PF14223.15`	Retrotran_gag_2	693	734	1e-12	48.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LK99`	拟南芥	Ras-related protein RABA1g	69.274%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FJH0`	拟南芥	Ras-related protein RABA1f	58.636%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FK68`	拟南芥	Ras-related protein RABA1c	65.263%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O49513`	拟南芥	Ras-related protein RABA1e	57.273%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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