LXL04_010215 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010215

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 142356223-142361066 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1431 bp · LXL04_010215|LXL04_010215|OH1004|cDNA

ATGGATTGTAAAAAACGCAAGGATTTGCATCCAGTCACAGATCTTGTCTTTGCCTCGATTCAAATCTACATGATTACGCTTATTGAAATGGCGGCAATTGCATTTAATCAGTTTGCCGAATGCGTTACTTGCCATTCTTGGAGCCCCGATCACTCAATGATAGCTCTTTGTCCAAACAATAGTGAGGTTCACATTTATAAATTAGCTGAAGAAAATTGGGAAAGAATTCATGTTCTGCAAAAGCATGACCAAATCGTTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1431 bp · LXL04_010215|LXL04_010215|OH1004|CDS

ATGGATTGTAAAAAACGCAAGGATTTGCATCCAGTCACAGATCTTGTCTTTGCCTCGATTCAAATCTACATGATTACGCTTATTGAAATGGCGGCAATTGCATTTAATCAGTTTGCCGAATGCGTTACTTGCCATTCTTGGAGCCCCGATCACTCAATGATAGCTCTTTGTCCAAACAATAGTGAGGTTCACATTTATAAATTAGCTGAAGAAAATTGGGAAAGAATTCATGTTCTGCAAAAGCATGACCAAATCGTTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

476 aa · LXL04_010215|LXL04_010215|OH1004|PROTEIN

MDCKKRKDLHPVTDLVFASIQIYMITLIEMAAIAFNQFAECVTCHSWSPDHSMIALCPNNSEVHIYKLAEENWERIHVLQKHDQIVAGIDWSKSSNRIVTVSHDRNSYVWNQEGSVWVPTLVILRLNRAALCVQWSPKGNKFAVGSGAKTVCICYYEQENNWWVSKLIRKKHDSSVTSVAWHPNNVLIATTSTDGKCRVFSTFIKGVDAGKPRKSGSGSTSDAKFGEQQIVQLDLSFCWSFGVKWSPTGNSLAYVGHNSM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010215`
TK1151 ID	TkA03G512070
OH-1004 ID	LXL04_010215
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	75.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.182 / OH-1004 45.798 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010215

位置 Chr02:142356223-142361066 (+)

描述 Similar to ARPC1B: Actin-related protein 2/3 complex subunit 1B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g31300`	作为 Arp2/3 复合体的组成部分，参与调节肌动蛋白聚合，并与激活性诱导核化因子（NPF）共同介导分支肌动蛋白网络的形成。	暂无已核实直接文献
`At2g30910`	作为 Arp2/3 复合体的组成部分，参与调节肌动蛋白聚合，并与激活性诱导核化因子（NPF）共同介导分支肌动蛋白网络的形成。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010215 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006887 exocytosis 生物过程

GO:0006909 phagocytosis 生物过程

GO:0007015 actin filament organization 生物过程

GO:0030041 actin filament polymerization 生物过程

GO:0034314 Arp2/3 complex-mediated actin nucleation 生物过程

GO:0045010 actin nucleation 生物过程

GO:0001891 phagocytic cup 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005885 Arp2/3 protein complex 细胞组分

GO:0005905 clathrin-coated pit 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G30910

ath:AT2G31300

ddi:DDB_G0277825

mmu:56443

rno:81824

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.532

排名 1 · LXL04_010215 · OH-1004

细胞核0.380

排名 2 · LXL04_010215 · OH-1004

细胞膜0.109

排名 3 · LXL04_010215 · OH-1004

内质网0.068

排名 4 · LXL04_010215 · OH-1004

高尔基体0.062

排名 5 · LXL04_010215 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25174.2Beta-prop_THOC322-118 aa

PF23414.2Beta-prop_EML_234-113 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st34-112 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz36-202 aa

PF24814.2WD40_Prp1936-200 aa

PF24805.2EIF3I36-112 aa

PF23389.2Beta-prop_WDR19_1st37-116 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR538-202 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010215	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	22	118	1e-20	74.6
LXL04_010215	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	34	113	5e-21	76.0
LXL04_010215	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	34	112	1.4e-12	48.4
LXL04_010215	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	36	202	5.7e-13	49.5
LXL04_010215	`PF24814.2`	WD40_Prp19	36	200	9.2e-12	45.3
LXL04_010215	`PF24805.2`	EIF3I	36	112	4.8e-07	29.9
LXL04_010215	`PF23389.2`	Beta-prop_WDR19_1st	37	116	1.3e-10	41.6
LXL04_010215	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	38	202	2.7e-19	70.3
LXL04_010215	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	39	115	8.2e-19	68.7
LXL04_010215	`PF23775.2`	Beta-prop_RIG_2nd	39	137	1.3e-09	38.6
LXL04_010215	`PF23383.2`	Beta-prop_IFT140_1st	39	112	5.1e-09	36.1
LXL04_010215	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	40	113	2.2e-13	50.8
LXL04_010215	`PF24796.2`	WDR55	40	113	2.7e-08	34.0
LXL04_010215	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	40	200	5.5e-06	26.5
LXL04_010215	`PF25460.2`	Beta-prop_Aladin	41	153	3.9e-07	30.2
LXL04_010215	`PF24797.2`	Beta-prop_WDR35_TULP_N	74	202	1.6e-08	34.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SJW6`	拟南芥	Actin-related protein 2/3 complex subunit 1B	75.595%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O80856`	拟南芥	Actin-related protein 2/3 complex subunit 1A	75.595%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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