LXL04_010196 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010196

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 141812474-141813758 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

588 bp · LXL04_010196|LXL04_010196|OH1004|cDNA

ATGCAACGTTTAATTGCGTCAACCGAGAGTGTCTTCCCTCATCTCCTCCGGTACCAAAAACCACCTACTGCCGTCATGGTAAAACGTCAGCAGCCACCTTGCGATGTTTTCATTAACCATCGTGGAATCGACACAAAGAAGAATGTCGCCGGACTTTTGTATAATCATCTCAAGAGGTTAACATTAAGGCCTTTCTTGGACAGCAAGAACATGAAACCAGGGGATAAGTTGTTCGATAAAATTGACTCTGCAATCAGCGG...

CDS

下载 CDS FASTA

588 bp · LXL04_010196|LXL04_010196|OH1004|CDS

ATGCAACGTTTAATTGCGTCAACCGAGAGTGTCTTCCCTCATCTCCTCCGGTACCAAAAACCACCTACTGCCGTCATGGTAAAACGTCAGCAGCCACCTTGCGATGTTTTCATTAACCATCGTGGAATCGACACAAAGAAGAATGTCGCCGGACTTTTGTATAATCATCTCAAGAGGTTAACATTAAGGCCTTTCTTGGACAGCAAGAACATGAAACCAGGGGATAAGTTGTTCGATAAAATTGACTCTGCAATCAGCGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

195 aa · LXL04_010196|LXL04_010196|OH1004|PROTEIN

MQRLIASTESVFPHLLRYQKPPTAVMVKRQQPPCDVFINHRGIDTKKNVAGLLYNHLKRLTLRPFLDSKNMKPGDKLFDKIDSAISGCKVSVAVFSPRYCQSYFCLHELARIMEARKKVIPVFCDVKPSELVVKNDWRCPKHELVRFQSALEEAKYTVGLTFDSSKGDWPGFLMTATEAIIENLIEVEEEEHRRC

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010196`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010196

位置 Chr02:141812474-141813758 (-)

描述 Similar to BRADI_1g24377v3: TIR-only protein

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g17880`	TIR-NB-LRR 类受体蛋白，在光形态发生发育中起作用。	A constitutive shade-avoidance mutant implicates TIR-NBS-LRR proteins in Arabidopsis photomorphogenic development.2006 · DOI: 10.1105/tpc.105.038810
`At1g72930`	抗病蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010196 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0010114 response to red light 生物过程

GO:0019677 NAD+ catabolic process 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0043068 positive regulation of programmed cell death 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G72930

ath:AT5G17880

bdi:100831488

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.383

排名 1 · LXL04_010196 · OH-1004

细胞膜0.323

排名 2 · LXL04_010196 · OH-1004

细胞核0.288

排名 3 · LXL04_010196 · OH-1004

内质网0.082

排名 4 · LXL04_010196 · OH-1004

质体0.077

排名 5 · LXL04_010196 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01582.26TIR35-130 aa

PF13676.12TIR_236-128 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010196	`PF01582.26`	TIR	35	130	5.1e-19	69.5
LXL04_010196	`PF13676.12`	TIR_2	36	128	1.8e-17	64.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4KIF3`	拟南芥	Disease resistance-like protein CSA1	31.373%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SSN3`	拟南芥	Toll/interleukin-1 receptor-like protein	36.634%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情