LXL04_010135 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010135

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 140827114-140828728 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1557 bp · LXL04_010135|LXL04_010135|OH1004|cDNA

ATGGTAGAAGAGAAAGCCGACCTCGCTGGAACAAACGCCGGAAGTTTAAGACTCCGGCAAGCCACGGATCAAATCTCTTCGCTAATCTTCCTCTCTCACTCCACCAAAGTCTTCTCATCAAAATGGAAACTGATAAGAAGCAAGCTAGACGAGATTCTCTCTATACTCGCCTCTCTCCCTCCGGAACTTCAAGCTTCCGCCGACAACAACCCAACTCTCTCCGGCATCATGCGGTCCATTGAAGAAACAACAGATTGTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1557 bp · LXL04_010135|LXL04_010135|OH1004|CDS

ATGGTAGAAGAGAAAGCCGACCTCGCTGGAACAAACGCCGGAAGTTTAAGACTCCGGCAAGCCACGGATCAAATCTCTTCGCTAATCTTCCTCTCTCACTCCACCAAAGTCTTCTCATCAAAATGGAAACTGATAAGAAGCAAGCTAGACGAGATTCTCTCTATACTCGCCTCTCTCCCTCCGGAACTTCAAGCTTCCGCCGACAACAACCCAACTCTCTCCGGCATCATGCGGTCCATTGAAGAAACAACAGATTGTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

518 aa · LXL04_010135|LXL04_010135|OH1004|PROTEIN

MVEEKADLAGTNAGSLRLRQATDQISSLIFLSHSTKVFSSKWKLIRSKLDEILSILASLPPELQASADNNPTLSGIMRSIEETTDCSTSLAQKCIEHSYTGKLLMQSDLDIIFVKFENNVKSLSEFINSEGLLSNGNYAIVVSRPAPAASRDDIQFYVKDLLCRFKIGRIEMKKQALASFNEVIQEDERYVKIAMEIEGLVHILMKFLNSKDIEIQEEALKSVATICGFDSYKTVLVGTGIISPLIRVLESGSDLGKELS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010135`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010135

位置 Chr02:140827114-140828728 (-)

描述 Similar to PUB4: U-box domain-containing protein 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g23140`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献
`At5g67340`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010135 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000011 vacuole inheritance 生物过程

GO:0000045 autophagosome assembly 生物过程

GO:0000425 pexophagy 生物过程

GO:0006629 lipid metabolic process 生物过程

GO:0006914 autophagy 生物过程

GO:0016236 macroautophagy 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0031503 protein-containing complex localization 生物过程

GO:0034497 protein localization to phagophore assembly site 生物过程

GO:0034517 ribophagy 生物过程

GO:0034614 cellular response to reactive oxygen species 生物过程

GO:0034727 piecemeal microautophagy of the nucleus 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ago:AGOS_AEL048W

ath:AT2G23140

ath:AT5G67340

cgr:2891501

sce:YEL013W

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.484

排名 1 · LXL04_010135 · OH-1004

细胞质0.433

排名 2 · LXL04_010135 · OH-1004

细胞膜0.120

排名 3 · LXL04_010135 · OH-1004

内质网0.047

排名 4 · LXL04_010135 · OH-1004

溶酶体／液泡0.034

排名 5 · LXL04_010135 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23005.2DUF703220-129 aa

PF24768.2ARM_ARMC5172-289 aa

PF24768.2ARM_ARMC5270-480 aa

PF25598.2ARM_PUB273-486 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010135	`PF23005.2`	DUF7032	20	129	6.2e-29	100.8
LXL04_010135	`PF24768.2`	ARM_ARMC5	172	289	7.4e-17	62.4
LXL04_010135	`PF24768.2`	ARM_ARMC5	270	480	7.4e-17	62.4
LXL04_010135	`PF25598.2`	ARM_PUB	273	486	5.9e-10	39.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O22193`	拟南芥	U-box domain-containing protein 4	26.014%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q5XEZ8`	拟南芥	U-box domain-containing protein 2	24.832%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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